7 сентября пожар начал утихать, и Наполеон снова переехал в Кремль, где и оставался до конца своего пребывания в Москве.
Переход русской армии на старую Калужскую дорогу. 2 сентября, в то время как Мортье занимал Кремль (около 5 часов пополудни), арьергард Милорадовича выходил из Москвы; кавалерия Себастиани, двигавшаяся наперерез Рязанской дороге, остановилась по требованию Милорадовича и пропустила последние наши войска и обозы. На ночь наши аванпосты стали в 4 верстах от Москвы, авангард — у Вязовки, а главные силы — между селениями Панки и Жилина; Винценгероде стал на Петербургской дороге, у с. Пешковского, оставив небольшой отряд на Ярославской дороге.
3 (15) сентября армия оставалась на том же месте, а 4-го (16) отступила к Боровскому перевозу, на правый берег Москвы-реки. Главная квартира была в Кулакове; 5-го, по правому берегу реки Пахры, Кутузов перешел на Каширскую дорогу, прикрываясь оставленным у Боровского перевоза арьергардом Раевского (7-й пехотный, 4-й кавалерийский корпуса), 6-го достиг Подольска, а 9-го — селения Красной Пахры, на старой Калужской дороге.
Этот смелый фланговый марш Кутузова с Рязанской на Калужскую дорогу был продолжением его основного плана — создать из Москвы для армии Наполеона ловушку и заморить в ней, прервав сообщения с базой. Расположением на старой Калужской дороге прикрывались: Тула, Калуга, Брянск и хлебородные южные губернии, наша же армия угрожала неприятельскому тылу на пространстве между Москвой и Смоленском.
Расположение нашей армии у Красной Пахры прикрывалось со стороны Москвы: авангардом Милорадовича (8-й пехотный и 1-й кавалерийский корпуса) — у Десны, корпусом Раевского — между Калужской и Тульской дорогами — у Луковня, кавалерией Васильчикова — у Подольска.
В Петербурге в это время общество страшно волновалось: ликование при получении известия об удачном для нас сражении при Бородине сменилось унынием, когда узнали, что армия продолжает отступать. 7 (19) сентября государь получил донесение графа Ростопчина о том, что Кутузов решил оставить Москву, и на следующий день, 8 (20) сентября, трагическая весть о занятии Наполеоном Москвы подтвердилась донесением фельдмаршала от 4 (16) сентября из с. Жилина.
В донесении этом Кутузов очерчивает обстановку после Бородинского сражения, объясняет рискованность сражения под Москвой и заверяет, что «вступление неприятеля в Москву не есть еще покорение России». Далее он утверждает, что принятое им расположение армии на Тульской дороге облегчит связь с армиями Чичагова и Тормасова, и, в частности, пишет: «Начиная с дорог Тульской и Калужской партиями моими буду пресекать всю линию неприятельскую, растянутую от Смоленска до Москвы, и тем самым отвращая всякое пособие, которое неприятельская армия с тылу своего иметь могла, и, обратив на себя внимание неприятеля, надеюсь принудить его оставить Москву и переменить всю свою операционную линию… Теперь, в недалеком расстоянии от Москвы собрав свои войска, твердой ногой могу ожидать неприятеля, и, пока армия Вашего Императорского Величества цела и движима известной храбростью и нашим усердием, дотоле еще возвратная потеря Москвы не есть еще потеря отечества. Впрочем, Ваше Императорское Величество всемилостивейше согласиться изволите, что последствия сии нераздельно связаны с потерей Смоленска и с тем расстроенным совершенно состоянием войск, в котором я оные застал».
Печальное известие о гибели Москвы не поколебало решимости императора Александра продолжать войну и не вступать с неприятелем в переговоры.
Письмо Наполеона к государю от 8 (20) сентября из Москвы, в котором он отклонял от себя ответственность за сожжение столицы, было оставлено без ответа.
Кутузову было воспрещено вступать в переговоры о мире.
Пожар Москвы, а также искусные действия двух казачьих полков под командованием полковника Ефремова, оставленных на Рязанской дороге, чтобы обмануть Мюрата относительно действительного движения нашей армии, повели к тому, что до 14 (26) сентября Наполеон не знал, где находится армия Кутузова. Казаки, отступая по Рязанской дороге, увлекли за собой Мюрата на два перехода, до Бронниц. Французы потеряли нашу армию совсем из виду, и только появление казаков на Можайской дороге, напавших на французский транспорт, побудило Наполеона в ночь на 10 (22) сентября выслать корпус Понятовского к Подольску и отдать приказание Мюрату преследовать нашу армию по пятам. Бессьер со сводным корпусом двинут был сперва по Тульской дороге, но потом переведен на старую Калужскую, к Десне.