В 1645 году Михаил Романов умер. Особых успехов он ни в чём не достиг (за исключением некоторой пограничной стабилизации и возвращения Новгорода), и сохраняющиеся проблемы — в том числе территориальные с Польшей и Швецией, предстояло решать его сыну, царю Алексею Михайловичу Тишайшему (1629–1676).
1535 год — Разрядный приказ
1547 год — Приказ Большого Дворца
1556 год — Поместный приказ
1564 год — Приказ Большого прихода
1567 год — Ямской приказ
1571 год — Челобитный приказ, Холопий приказ, Разбойный приказ
1573 год — Постельный приказ
1579 год — Земский приказ
1582 год — Пушкарский приказ
1586 год — Иноземки приказ
1599 год — Конюшенный приказ,
Казанский приказ
1601 год — Стрелецкий приказ
1616 год — Казачий приказ
1619 год — Сыскной приказ
1620 год — Аптекарский приказ
1621 год — Приказ счётных дел 1628год — Приказ каменных дел
1634 год — Приказ сбора ратных людей
1634 год — Приказ сбора даточных людей
1637 год — Сибирский приказ
1646 год — Приказ тайных дел
1649 год — Монастырский приказ
1667 год — Торговый приказ
Шестнадцатилетний на тот момент новый царь начал с того, что распустил Боярскую думу, заменив её Ближней думой — узким кругом советников. В том же 1646 году появился приказ Тайных дел для исполнения «всяких царских и тайных дел». Это учреждение состояло из одних лишь дьяков и подъячих, вообще без бояр, а создал его царь для того, чтобы «царская мысль и дела исполнялися все по его хотению, а бояре и думные люди о том ни о чём не ведали». Цель его создания осталась непонятной.
В те года средством контроля над приказными были челобитья населения. Любой имел право подать лично царю челобитную с жалобой на любой судебный приговор, на любое действие приказных, и вообще на обидчиков. Неограниченное право контакта людей с царём позволяло ему узнавать, что делается в его царстве. Царь, взяв у просителя, как сказали бы сейчас, его жалобу, тут же передавал её челобитному дьяку с приказом пометить на ней милостивый царский указ. Челобитчик с этой резолюцией отправлялся в соответствующий приказ, который должен был исполнить государеву волю или доложить государю, если возникали какие-либо затруднения.
И вдруг молодой царь ни с того ни с сего создаёт Тайный приказ. Зачем? Полагают, он хотел узнавать мнение народа без влияния приказных и бояр — но ведь был у него уже Челобитный приказ, были Земские соборы. А функций тайной полиции на новый приказ возложено не было. Так и остаётся загадкой, зачем он был создан.
А вот что из этой затеи получилось, известно.
Тайный приказ быстро разросся в большое учреждение с многочисленным персоналом и широким кругом дел. Всё в нём несло печать личных вкусов и интересов Алексея: рядом с важными государственными делами, по непонятной причине переброшенными сюда из других приказов, вдруг почему-то соколиная охота, или личная переписка царя, или какое-то хозяйственное дело, вроде винокурения или откорма скота; рядом с делами благотворительности — смета приходов и расходов.
По мнению С. Б. Веселовского, молодой царь не чувствовал себя хозяином в разросшемся за века «приказном мире», ему хотелось иметь свою «опричнину», и он, отчаявшись стать хозяином в старом доме, решил построить себе особое жильё: Тайный приказ. И точно так же, как опричники Ивана Грозного, призванные стать неподкупными судиями в интересах государства, переродились в воров и насильников, так и дьяки Тайного приказа выродились в обычных коррупционеров. Близость к царю позволяла им совершать такие злоупотребления, какие прочим дьякам не могли бы и присниться. Злоупотребляли не только дьяки и подьячие Тайного приказа, но даже посторонние, если имели родство с подьячими этого органа.
Со смертью Алексея Михайловича Тайный приказ, как совершенно ненужный, был немедленно уничтожен…
Упомянем ещё одну новинку, пришедшуюся на время его правления. Было подготовлено и в 1649-м утверждено на Земском соборе Соборное Уложение, в котором в 25 главах из 967 статей содержалось объяснение государственного права, судоустройства и судопроизводства, вещного и уголовного права и ряда других норм. Этот документ действовал затем до 1830-х годов, когда его сменил Свод законов Российской империи.