Согласно Уставу 1910 г., было увеличено число кафедр и для студентов организованы по университетскому образцу практические занятия (семинары). Обязательные дисциплины делились на общеобязательные и дополнительные, которые объединялись в группы в зависимости от педагогической или научной специализации. В Уставе названо 14 общеобязательных предметов и 6 групп, но уже через год «Изменениями» от 29 августа 1911 г. были определены 17 общеобязательных предметов и 4 группы. Окончательный вариант учебной программы был рассчитан на четыре года и включал следующие общеобязательные дисциплины: 1) Новый Завет; 2) Ветхий Завет; 3) патрологию; 4) введение в богословие; 5) догматику; 6) нравственное богословие; 7) пастырское богословие, в том числе аскетику и гомилетику; 8) литургику (поначалу отнесенную к дополнительным дисциплинам); 9) церковную археологию и историю христианского искусства (также сперва дополнительный предмет); 10) историю и критику раскола; 11) историю и критику сектантства; 12) историю древней Церкви; 13) историю Русской Церкви; 14) церковное право; 15) систематическую философию (а), логику (б); 16) психологию; 17) греческий (в Московской и Петербургской Академиях) и латинский (в Киевской и Казанской Академиях) языки. Кроме того, студент должен был определиться между историей философии и педагогикой; факультативно преподавались языки: французский, немецкий и английский.
Студент был обязан выбрать одну из следующих четырех групп специализации. 1–я группа: история России, история Греко–Восточной Церкви с момента отпадения Западной Церкви до настоящего времени и сверх того: история славянских Церквей (для Киевской, Московской и Казанской Академий — обзорно, для Петербургской — подробно) и история Грузинской и Армянской Церквей (для Петербургской Академии), история Западнорусской Церкви (т. е. Киевской митрополии в XIV–XVII вв.) — только для Киевской Академии. 2–я группа: библейская история в совокупности с древней историей, древнееврейский язык и библейская археология (в Петербургской Академии — двухгодичный курс по 10 лекционных часов). 3–я группа: церковнославянский и русский языки, история русской литературы. 4–я группа: история и критика западных исповеданий в связи с историей Западной Церкви, начиная с 1054 г. В Казанской Академии имелись еще две дополнительные группы, или отделения, — татарская и монгольская. Татарская группа: история и критика ислама; этнография татар, киргизов, башкир, чувашей, черемисов, вотяков и мордвы; история распространения христианства среди названных народностей; арабский и татарский языки с общим филологическим обзором языков этих народностей. Монгольская группа: история и критика ламаизма; этнография монголов, бурят, калмыков, остяков, самоедов, якутов, тунгусов, маньчжур, коряков, гольдов, гиляков, корейцев и др.; история распространения христианства среди названных народностей; монгольский (бурятский и калмыцкий) язык; тибетский язык. Студенты Казанской Академии, выбравшие какую–то из этих групп, освобождались от изучения одного из следующих обязательных предметов: истории и критики раскола, истории и критики сектантства, истории философии и педагогики, систематической философии и логики, греческого или латинского языков (§ 132 и 133).