«Духовный регламент» провозгласил обязательность обучения для детей священнослужителей и причетников. Необученные недоросли подлежали исключению из духовного сословия. «Регламент» поучал: «Когда нет света учения, нельзя быть доброму Церкви поведению, и нельзя не быть нестроению, и многим смеха достойным суевериям, еще же и раздорам, и пребезумным ересям». Согласно «Регламенту», духовные училища содержались на средства архиерейских домов и сборов с монастырских земель.
В латинские училища принимались уже грамотные мальчики, получившие начальное образование у себя дома или в цифирных школах. Курс обучения разделялся на 8 классов, с преподаванием в первом классе - латинской грамматики, географии и истории, во втором - арифметики и геометрии, в третьем - логики с диалектикой, в четвертом - риторики и пиитики, в пятом - физики и метафизики, в шестом - политики, в седьмом и восьмом - богословия. Языки - латинский, греческий, еврейский, церковнославянский, должны были изучаться во всех классах. А на деле преподавался один только латинский язык, который и стал языком обучения. В новооткрытых школах ученики отвыкали от славянского языка, даже Священное Писание они изучали по Вульгате.
Для воспитанников вводились строгие правила жизни. Общежития при училищах назывались «семинариями»; впоследствии этим словом стали называть и самые духовные школы. Свидания с родными дозволялись семинаристам крайне редко. Школа была закрытой, подобно военным «корпусам». «Таковое младых человек житие, - сказано в «Регламенте», - кажется быть стужительное и заключению пленническому подобное: но кто обвыкнет так жити, хотя чрез един год, тому весьма сладко будет». Ректор, префект, надзиратели и учителя обязаны были жить вместе с воспитанниками.
Во исполнение проекта, изложенного в «Регламенте», духовные училища семинарского типа стали открываться в разных городах России. В Санкт-Петербурге в 1721 году открыты были сразу две школы: одна - в Александро-Невском монастыре архиепископом Феодосием, другая - на Карповке архиепископом Феофаном. В том же году открылась семинария в Нижнем Новгороде, в 1722 году - в Харькове и Твери, в 1723 году - в Казани, Вятке, Холмогорах, Коломне, в 1724 году - в Рязани и Вологде, в 1725 году - в Пскове.
Но дети духовенства по-прежнему неохотно шли в семинарии. В школах не хватало учителей, не хватало книг, из-за недостатка средств жизнь семинаристов оказалась на самом деле крайне «стужительной» и часто полуголодной. И всё же главной причиной недоверия к латинским семинариям и страха перед ними была их оторванность от церковной жизни. Великорусское духовенство смотрело на латинскую школу как на чуждую «латино-польскую колонию» в родной земле. Многих смущало и то обстоятельство, что почти все учителя были «черкасами» - выходцами из Малороссии и Польши. К тому же эти учителя порой смотрели на своих питомцев высокомерно, смеялись над ними и презирали их.
Детей часто свозили в школы под стражей, чтобы они не разбежались по дороге. Некоторые убегали; беглецов укрывали родители, которым новые школы казались хуже острога. Иные из догадливых «дезертиров» науки прикидывались юродивыми. В предвидении этих уловок «Регламент» требовал, чтобы неспособных учеников испытывали в семинарии целый год, «не притворяют ли они себе тупости», как другие «притворяют себе телесную немощь от солдатства», и только по годичным испытании исключались те, кто окажутся «детинами непобедимой злобы». Но несмотря на все полицейские строгости, несмотря на то, что беглецов ловили и возвращали в семинарию в кандалах, в списках учащихся против многих фамилий значилось «semper fugitiosus» (постоянно в бегах). Лишь немногие из воспитанников дотягивали до последних богословских классов. Большинство же уходило либо на приходы, либо на светскую службу, не пройдя и половины семинарского курса. И часто выпускники духовных школ, ученые «латынники», оказывались хуже подготовленными к пастырскому служению, чем «псалтирники», обученные при родном храме по церковным книгам.
В петровскую эпоху в руках ученых киевских монахов оказалась не только духовная школа, но и богословская наука. Одним из самых замечательных сочинений этой эпохи явился «Камень веры» митрополита Стефана (Яворского), направленный против протестантских доктрин и, косвенным образом, против замыслов захваченных протестантским духом реформаторов Русской Церкви. В полемике с враждебной Православию реформацией митрополит Стефан часто повторяет аргументы католических богословов. Как и все почти выученники Киевской школы, в своих догматических воззрениях он близок к Фоме Аквинату и Беллярмину.