За пределами России на рубеже веков с особенным успехом действовала Японская Духовная Миссия. Ее основателем был святой равноапостольный Николай (в миру Иван Дмитриевич Касаткин) Он родился 1 августа 1836 года в семье диакона в Березовском погосте Смоленской епархии. В пятилетнем возрасте мальчик потерял мать. По окончании Смоленской Духовной семинарии в 1857 году Иван Касаткин поступил в Петербургскую Духовную Академий.
В 1860 году Синод решил направить в Японию священником консульской церкви иеромонаха-миссионера. К студентам Петербургской Академии обратились с предложением поехать в далекую, тогда почти неизвестную в России страну, где и власти и народ были заражены многовековой неприязнью к христианству. Отправиться в Японию вызвался Иван Касаткин. 24 июля состоялся его постриг с наречением имени Николай, через 6 дней инока хиротонисали в иеромонаха.
Он был назначен настоятелем консульской церкви в городе Хакодате. Сначала проповедь Евангелия в Японии представилась ему совершенно немыслимой. Он писал: «Тогдашние японцы смотрели на иностранцев, как на зверей, а на христианство, как на злодейскую церковь, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи». 8 лет ушло на изучение японского языка, истории и культуры страны, нравов, обычаев и психологии японцев.
Со временем консульскую церковь стали посещать местные жители: одни из любопытства, другие от неудовлетворенности национальным синтоизмом и буддизмом. Хакодатский жрец Савабе до того возненавидел православного русского священника, что собирался убить его, но после нескольких бесед с мудрым миссионером серьезно и глубоко заинтересовался христианством. Наконец он уверовал во Христа, был крещен и при крещении получил имя апостола Павла. Павел Савабе стал первым православным японцем: за ним последовали новые обращенные. К 1868 году японская паства святителя Николая насчитывала уже 20 человек.
В конце 1869 года иеромонах Николай докладывал в Петербурге Синоду о первых результатах своей проповеднической деятельности и ходатайствовал об учреждении Миссии. Синод принял решение «образовать для проповеди между японскими язычниками слова Божия особую Российскую Духовную Миссию». Начальником ее назначили возведенного в сан архимандрита отца Николая.
Вернувшись в Японию, святитель Николай передал хакодатскую паству иеромонаху Анатолию, а сам перебрался в Токио, чтобы устроить там центр Миссии. В 1871-1873 года по Японии прокатилась волна гонений на христиан. Японские христиане, среди них ревностный миссионер Павел Савабе, подверглись преследованиям. Но после того как гонения стихли, просветитель Японии приступил к строительству церкви и православной школы в Токио. Ему удалось также открыть в японской столице Духовное училище, которое в последствии было преобразовано в семинарию.
В 1874 году в Токио прибыл епископ Камчатский Павел, чтобы рукоположить в диаконы и пресвитеры нескольких православных японцев, рекомендованных ему архимандритом Николаем. Среди них был и Павел Савабе.
В 1880 году отец Николай был возведен в Петербург, где состоялась его хиротония во епископа. Снова вернувшись в Японию, он с еще большим усердием и размахом продолжал свои апостольские труды; завершил строи-тельство Воскресенского собора в Токио, составил на японском языке право-славный богословский словарь, переводил на японский Богослужебные книги.
В 1889 году в Японии была объявлена полная веротерпимость. В связи с этим Миссия смогла шире развернуть свою деятельность. Крещение принимали тысячи японцев, и к концу столетия в стране насчитывалось уже около 25 тысяч православных, объединенных в 226 общин с 28 священниками. Общины были необычайно самодеятельны. При них открывались общества содействия религиозно-нравственному воспитанию. На собраниях обществ читались Священное Писание и жития святых, общества занимались благотворительными делами. В стране подвизалось 149 катехизаторов.