Нравственным испытанием для новорожденной Японской Церкви стала русско-японская война 1904-1905 годов. Мудрый архипастырь, оставаясь русским патриотом, келейно молился за победу своего Отечества и в общественных Богослужениях, на которых возносились молитвы о победы Японии, не участвовал, но православным японцам он благословил оставаться верноподданными своего правительства, чтобы не дать повода для обвинения их в измене родине. Благодаря этому, православные приходы не подвергались преследованиям, а сам святитель снискал глубокое уважение со стороны японцев. Ему разрешили посещать лагеря русских военнопленных. Духовным окормлением пленников занимались и православные пастыри японской национальности. За свои подвижнические труды в годы войны святитель был удостоен сана архиепископа.
Святой равноапостольный Николай скончался 3 февраля 1912 года. Созданная им Японская Церковь насчитывала тогда более 33 тысяч человек. Японская паства чтила почившего святителя как праведника, молитвенника и святого. Велико было уважение к его памяти и со стороны японцев, не принадлежавших к Православной Церкви. Его могила на Токийском городском кладбище даже язычниками и поныне почитается как национальная святыня. В 1970 году святитель Николай причислен к лику святых Православной Церкви с титулом равноапостольного.
Преемником просветителя Японии стал епископ Сергий (Тихомиров) († 1945), впоследствии удостоенный сана митрополита. Вступая на кафедру, епископ Сергий сказал: «Все, что есть в Японской Церкви доброго, до последнего христианина в церквах, до последнего кирпича в постройках, до последней буквы в Богослужебных переводах, есть дело просвещенного ума, широкого сердца и твердой, как скала, воли почившего святителя, счастливо сочетавшихся с непоколебимой верою его в святость своего дела и с благочестивым его жизненным подвигом».
В 1897 году была основана Русская Духовная Миссия в Корее. Цель Миссии состояла в окормлении русских православных людей, проживавших в этой стране, и, по возможности, в проповеди христианской веры местному населению. В состав Миссии вошли архимандрит Амвросий, иеродиакон Николай и псаломщик Красин.
Вскоре состав Миссии был обновлен. В Сеул направили архимандрита Хрисанфа, назначенного вместо отца Амвросия. Первым шагом архимандрита Хрисанфа в его миссионерском служении было обращение с проповедью Евангелия к русским подданным корейской национальности, проживавшим в Сеуле. Многие из них были переводчиками. Впоследствии с их помощью удалось осуществить перевод церковных книг на корейский язык. Благодаря трудам архимандрита Хрисанфа в октябре 1900 года открылась первая школа Миссии, в которой воспитывались дети корейцев.
Со временем христианская проповедь из столицы была перенесена в провинцию, где устраивались миссионерские станы, ставшие своего рода форпостами Православия в Корее. Положение Духовной Миссии осложнилось во время русско-японской войны. По обстоятельствам времени деятельность ее была временно прекращена и возобновилась лишь по окончании войны, в 1906 году.
Тогда же был назначен новый состав миссии из трех штатных и четырех нештатных членов. Во главе Миссии поставили архимандрита Павла (Ивановского). Архимандрит Павел много потрудился над христианским просвещением корейцев. Он завел такой порядок, что перед крещением оглашаемые сдавали экзамены по Краткому катехизису и Священной истории, и к купели допускались те, кто успешно сдавал экзамены. Архимандрит Павел продолжал труды своих предшественников по переводу Богослужебных книг на корейский язык. При нем продолжалось расширение миссионерских станов и школ в Корейской провинции. В 1912 году отца Павла в Корее сменил архимандрит Иринарх. В 1925 году при архимандрите Феодосии (Перевалове) Русская Духовная Миссия а Корее отмечала 25-летие со дня освящения первой церкви Миссии. В это время среди корейцев насчитывалось около 350 православных христиан.
§ 2. Духовная школа и церковная наука на рубеже веков
В «Отзывах» архиереев на предложение Святейшего Синода высказаться о состоянии церковной жизни, поступивших в конце 1905 года, с пристальным вниманием обсуждалось состояние Духовных школ. Веских оснований для тревог епископата скопилось немало. Чрезвычайно велик был «отсев» Духовных школ - уход выпускников Семинарий в университеты, а кандидатов богословия на светскую службу. С 1900 по 1910 года Духовные Академии окончило более 1600 человек, но в 1911 году во всей России на приходах и в безприходных церквах служило менее 700 священников с академическим образованием, из которых добрая половина прошла академический курс еще в XIX веке.