Нецерковные настроения, захватившие значительную часть семинаристов, выливались порой в волнения и беспорядки, особенно в революцию 1905 года. В 18 семинариях произошли тогда забастовки, доходившие до покушений на ректоров, инспекторов и преподавателей.
Некоторые архиереи в своих «отзывах» давали самую мрачную характеристику всей системы духовного образования. Архиепископ Волынский Антоний (Храповицкий) писал: «Строй духовно-учебных заведений, как унаследованный из мира западных еретиков, приводит дело Духовной школы до крайнего безобразия». В своем «отзыве» он передает слова неназванного им маститого архиерея: «Должно всю ее разогнать, разломать, вырыть фундамент семинарских и академических зданий и взамен прежних на новом месте выстроить новые и наполнить их новыми людьми».
Но большинство архиереев, давая более умеренные оценки, склонялось к проекту, выдвинутому в свое время архиепископом Димитрием (Муретовым): разделить существующие Семинарии на школы двух типов: всесословные пастырские школы и общеобразовательные средние школы для детей духовенства. Ведь нецерковные, а часто и прямо нигилистические настроения вносили в Семинарии те выходцы из духовных семей, кто учился в них не потому, что хотел посвятить себя пастырскому служению, а потому, что в Семинариях, в отличие от гимназий, образование для них было бесплатным.
Особо обсуждался вопрос о высшей школе. Архиепископ Финляндский Сергий (Страгородский) высказался за широкую автономию Академий, но при этом он считал обязательным епископский сан для ректора, через которого Академия канонически подчинялась бы священноначалию. Митрополит Петербургский Антоний (Вадковский) приложил к своему «отзыву» записку профессора Н. Н. Глубоковского, предлагавшего открыть при университетах богословские факультеты «для свободного развития богословской науки», а Академии сохранить в качестве «научно-апологетических институтов Православной Церкви».
Архиепископ Волынский Антоний предлагал сократить в академических программах преподавание богословских систем и расширить изучение Священного Писания и отцов: «Система православного богословия есть еще нечто искомое, - писал он, - и потому должно тщательно изучать его источники, а не списывать системы с учений еретических, как это делается у нас уже 200 лет».
В 1908 году Синод назначил ревизию Духовных Академий. Петербургскую и Московскую Академии инспектировал архиепископ Херсонский Димитрий (Ковальницкий), казанскую - епископ Псковский Арсений (Стадницкий), Киевскую - архиепископ Волынский Антоний. Ревизоры обнаружили в Академиях слишком много «светского духа» и церковного либерализма, упадок дисциплины.
В результате этой ревизии частичная автономия, предоставленная Академиям в 1906 году, была отменена. В 1910 году вышел новый Устав Духовных Академий, некоторые дополнения были внесены в него в 1912 году. Устав предусматривал расширение преподавательского персонала, введение практических занятий для студентов, увеличение числа кафедр: вновь открывались кафедры истории Византийской и Славянских церквей. Особое внимание уделялось религиозному и нравственному воспитанию студентов и укреплению дисциплины. Посещение Богослужений стало обязательным и для студентов и для преподавателей. Устав отмечал важность соблюдения постов студентами. Для повышения авторитета администрации для ректора Академии устав предусматривал епископский сан, а для инспектора - сан архимандрита. От преподавателей Академий устав требовал читать лекции в строго православном духе. Предпочтение отдавалось профессорам и преподавателям в священном сане. То обстоятельство, что в профессорских корпорациях преобладали миряне, вызывало озабоченность Святейшего Синода: в Московской Академии из 27 преподавателей лишь 9 состояли в священном сане, а в Петербургской даже через 7 лет после издания нового устава из 33 преподавателей 27 оставались мирянами. Устав предоставлял более широкие административные права ректору Академии и усиливал власть епархиальных архиереев над высшими Духовными школами.
Научный уровень академического богословия в эту эпоху был весьма высок. На рубеже столетий богословская мысль переживала расцвет, который, однако, таил в себе серьезную опасность отрыва от церковного Предания.