Государственная власть не оставила вниманием и внутренний строй монастырской жизни. «Прибавление» требовало во всех обителях вводить общежительный устав. Инокам запрещалось составлять завещания: все, что оставалось от почившего брата, переходило во владение монастыря или Синода. Строго-настрого запрещен был переход из одной обители в другую. Настоятелям вменялось в неукоснительную обязанность вести учет братии. Беглых иноков по задержании заковывали в кандалы. Родственников и знакомых насельников не дозволялось впускать в келии. Сами монахи могли посещать своих родных только четыре раза в год; а монахини не имели и этой возможности - только в случае тяжкой болезни или смерти родных они могли выходить из обители, и непременно в сопровождении пожилых инокинь.
Чтобы лишить монахов возможности составлять подметные письма, жалобы и челобитные, им воспрещалось держать в келиях писчую бумагу, чернила и перья. В случае нужды они могли писать в покоях настоятеля под его присмотром. Настоятелей обязывали давать присягу не держать в монастырях «затворников и ханжей» и не «распложать суеверий».
Лишь ученые монахи пользовались благоволением царя. Большей частью это были выходцы из Киевской Академии. Они то и становились кандидатами на замещение высших церковных должностей, в том числе и архиерейских кафедр. Ученым монахам полагалась иная, лучшая, чем простым братиям, еда и одежда. С немалой щедростью им выдавалось денежное содержание. Рассадником ученого монашества в Великороссии должен был, по замыслу Петра, стать основанный в 1712 году в Петербурге Александриевский монастырь. Но ученое монашество поставлено было при Петре в крайне суровые условия, оно подвергалось жестким стеснениям, почти гонениям.
Для аскетических подвигов, столь мало ценимых царем-реформатором, вроде бы не оставалось места. Но и в эту эпоху, охваченную горячкой преобразований, в эпоху бесцеремонного натиска на Церковь и развала монастырей, русские обители не оскудели иноками высокого молитвенного духа. Одни из них остались сокрытыми от мира, подвиги других были явлены людям и сохранились в церковной памяти.
В суровое петровское время подвизались первоначальник Саровской пустыни иеросхимонах Иоанн и основатель Белобережского монастыря схимонах Симеон. А на далеком Севере, в древней Соловецкой обители, спасался муж святой жизни иеросхимонах Иисус. Он родился в 1635 году и в миру носил имя Иоанн. Многие годы служил приходским священником в Москве. Своей молитвенностью, чистотою жизни, своим даром рассуждения отец Иоанн привлекал в свой храм многих богомольцев. За советом и поучением к нему приходили люди со всей Москвы. Молва о его подвижнической жизни дошла до Петра, и царь определил его священником в одну из придворных церквей, и вскоре назначил своим духовником.
Свое новое высокое и влиятельное положение отец Иоанн употребил на то, чтобы заступаться за нищих и сирот, за обиженных и неправедно осужденных. Особенно полюбил он посещать тюрьмы и богадельни. Содержавшихся в них узников и убогих утешал дарами и беседами. Духовничество в царской семье не мешало ревностному пастырю принимать еще больше людей, чем он это делал прежде. В беседах с посетителями он проводил дни и ночи, а прощался со всеми со скорбью, в которой потом угадали предчувствие близкой беды. Беда разразилась над ним в 1701 году. Духовник царя был оговорен Талицким, осужденным за составление сочинений, в которых Петр именовался антихристом. Несмотря на очевидную невинность своего духовника, царь распорядился отослать его «с Москвы на Холмогоры для пострижения и неисходного пребывания в Соловецком монастыре».
Архиепископ Холмогорский Афанасий принял узника ласково и любовно, дал ему несколько дней отдохнуть в архиерейском доме, а потом отправил его на Соловецкий остров. Соловецкий архимандрит Фирс постриг отца Иоанна и нарек его Иовом. Ему назначили послушание в братской поварне. Семидесятилетний старец рубил дрова, носил их на плечах по крутым лестницам и целые ночи проводил в молитве. Братию он изумлял смирением и покорностью всем, строгостью своего постничества: он не вкушал ничего, кроме воды и хлеба. За это его прозвали Иовом Постником. Узнав о его великих подвигах, настоятель снял с него все послушания и предоставил ему отдельную келию, где бы он мог заниматься рукоделием, читать Священное Писание и творить Иисусову молитву. До Петра I дошел слух о святой жизни его бывшего духовника. К тому времени Петр узнал о непричастности старца Иова к делу Талицкого и стал звать его обратно к себе. Но старец не захотел возвращаться в мир: ему предстоял новый подвиг - скитское житие.