Императрица Анна в домашнем быту была по-старинному благочестива. Но, по словам современников, обрядовое благочестие царицы не смягчило ее черствого сердца. А хуже всего было то, что, совершенно неспособная к государственным делам, самодержица передоверила управление Россией своему любимцу Бирону, который был хорошим знатоком лошадей, но в России не понимал и к русскому народу относился с презрением, и к кабинету министров, заменившему прежний Верховный Тайный Совет. В Кабинете большинство составляли немцы. Во главе его стоял «честный немец» Остерман, фанатичный приверженец петровских реформ, понятых им узколобо, в полицейско-абсолютистском смысле. «Честный» Остерман и бесчестный Бирон, гонитель и ненавистник Православия, развязали в стране настоящий террор, который проводился под знамением восстановления петровских начал правления. Всесильным орудием Кабинета была канцелярия тайных розыскных дел во главе с генералом Ушаковым, в которой допрашивали и пытали людей. Тысячи невинных жертв были брошены в тюрьмы по подозрению в недовольстве правительством. Сборы недоимок с помещиков и крестьян, производившиеся военными командами, по описанию современников, были подобны «нашествиям инопленных». Это была эпоха лютого насилия над Россией, которая получила в истории название бироновщины. Жертвой бироновщины пали лучшие русские люди, десятки тысяч невинных людей были умерщвлены, заточены или сосланы в остроги Сибири.
Умирая под топорами палачей, многие из них явили себя истинными христианами. Князь Иван Долгорукий, когда палач четвертовал его, отрубая одну за другой руки и ноги, в смертных муках проговорил: «Благодарю Тебя, Господи, яко сподобил мя еси познать Тебя, Владыко». К клике иностранцев, терзавших православный русский народ, примкнул и архиепископ Феофан, специальностью которого стало ведение «архиерейских процессов». Первым из иерархов был осужден архиепископ Воронежский Лев (Юрлов). Его обвинили в том, что на следующий день после получения известия об избрании на престол Анны, совпавший с празднованием Недели Православия, он не отслужил торжественного молебна, а за богослужением велел возносить имя бабки умершего царя, великой княгини Евдокии, без упоминания ее монашеского имени Елены. Дело это рассматривалось в Синоде. Архиепископа Льва поддержали митрополиты Георгий и Игнатий. Но Феофан постарался придать всему делу характер государственной измены, и пользуясь поддержкой кабинета, заставил Синод лишить обвиняемого священного и монашеского сана и предать его гражданскому суду. В постановлении Синода сказано: «А какого он, Лев – епископ телесного наказания и истязания достоин, о том суду духовному определять не надлежит». Архиепископа Льва расстригли и под именем Лаврентия сослали в Крестный монастырь на Белом море. В месте с ним по этапу отправлен был приказ: держать его там «за караулом, в келье неисходно, никого к нему не пускать, чернил и бумаги не давать и в церковь ходить под караулом».
Но Феофану было мало одной жертвы. Он готовил обвинительный материал против покровителей заключенного архиерея - митрополитов Игнатия и Георгия. Главной уликой против них была попытка замять дело архиепископа Льва. Митрополит Георгий в ходе расследования, не дожидаясь его конца, попросился на покой, но и этот шаг не спас его от расправы. 28 декабря 1730 года он был лишен архиерейского сана и простым монахом отправлен в Спасо-Каменный монастырь на Кубенском озере. Митрополита Игнатия после лишения священного сана сослали в Свияжский Богородицкий монастырь.
Архиерейские процессы шли своим чередом. Ссылаясь на неопределенность известий из столиц, молебен о воцарении Анны отказался служить Киевский архиепископ Варлаам (Вонатович). Феофан назначил розыск. По заключению следственной комиссии Синод лишил преосвященного Варлаама сана и выслал его простым монахом в Кирилло-Белозерский монастырь.
Осужденным архиереям не давали покоя и в местах заточения. За ними денно и нощно велась слежка. Феофан считал всего безопасней для себя сжить их со света. В 1731 года заведено было следствие о дружеском отношении митрополита Казанского Сильвестра к сосланному в Свияжский монастырь митрополиту Игнатию. Подслушаны были слова, сказанные в сердцах преосвященным Игнатием митрополиту Сильвестру об императрице: «Вот де лишили меня сана напрасно, а ей ли, бабе, архиерея судить». Взяли бумаги митрополита Сильвестра, и среди них обнаружили его заметки о неправославии Феофана, критические суждения, о петровских указах, о монастырских имениях. Тайная канцелярия приговорила перевести митрополита Игнатия в Никольско-Корельский монастырь в Архангельске, а митрополит Сильвестр, по постановлению Синода, был уволен на покой в Александро-Невский монастырь без права архиерейского служения, потом его лишили сана и заточили в Выборгскую крепость.