По характеру своему она была, как пишут современники, очень русской, и, несмотря на господствовавшие при дворе французские моды, совершенно похожей на боярынь допетровской эпохи. После десятилетнего засилья немцев при дворе стали видны почти одни только русские люди. Став императрицей, Елизавета много жертвовала на монастыри, особенно на Троице-Сергиеву Лавру. Для ее благочестия характерна такая черта: на доклад Сената о допущении евреев на ярмарки в Россию для подъема русской торговли она наложила резолюцию: «От врагов Христовых не желаю интересной прибыли».
С воцарения Елизаветы сразу же началось возвращение из тюремных уз и ссылок неправедно осужденных страдальцев. На волю вышел митрополит Игнатий (Смола), скончавшийся вскоре после освобождения. Святителю Льву (Юрлову) после освобождения было возвращено архиерейское достоинство, скончался он в 1755 году на покое в Московском Знаменском монастыре. Из сибирской ссылки вернулся святитель-исповедник Платон (Малиновский), которому тоже был возвращен епископ-ский сан. Скончался он в 1754 году в сане архиепископа Московского.
Для предотвращения беззаконных расправ над священнослужителями в 1742 году вышел указ, по которому первоначальный суд над духовными лицами даже по политическим обвинениям передавался Святейшему Синоду. С упразднением кабинета министров возвышено было значение Святейшего Синода. Он переходил в непосредственное подчинение верховной власти и, наряду с Сенатом, вновь становился высшей административной инстанцией в государстве.
С началом перемен к лучшему в положении Церкви члены Синода архиепископ Новгородский Амвросий и митрополит Ростовский Арсений (Мацеевич) подали доклад, в котором писали, что если государыне не угодно будет восстановить Патриаршество, то по крайней мере, необходимо восстановить должность Президента Синода; предлагалось также упразднить должность обер-прокурора и Коллегию экономии. Но Елизавета не согласи-лась пойти на эту реформу, ибо, несмотря на свою любовь к Церкви, она твердо придерживалась тех основ государственного строя, которые были заложены ее отцом: все законы Петра она объявила своими законами, а в предложенных мерах она узрела противоречие этим законам. Императрица согласилась лишь на подчинение Коллегии экономии Синоду - при Анне II апартамент, переименованный в Коллегию экономии, был передан в ведение Сената.
Митрополит Арсений вскоре после этого был выведен из состава Синода. Включенный в Синод по представлению архиепископа Амвросия, этот мужественный архиерей отказался присягать по установленной форме, заявив, что текст присяги, составленный Феофаном, унизителен и кощунствен, что неприлично именовать крайним судей монарха. В этом он находил «недостойное ласкательство во унижение или отвержение истинного Крайнего Судии - Самого Христа». Взамен этого святитель предлагал такую формулу: «Исповедаю же с клятвою Крайнего Судию и Законо-положителя духовного сего церковного правительства быти Самого Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, полномочного Главу Церкви и Великого Архиерея и Царя, надо всеми владычествующего и всем имущего посудити - живым и мертвым». В конце царствования Елизаветы первоприсутствующим в Синоде был архиепископ Новгородский Димитрий (Сеченов). В Синод входили также архиепископ Санкт-Петербургский Вениамин (Григорович), епископ Псковский Гедеон (Криновский), архиепископ Крутицкий Амвросий (Зертис-Каменский), преосвященные Палладий Рязанский, Порфирий Коломенский и архимандрит Троице-Сергиевой Лавры Лаврентий.
До 1753 года обер-прокурором Синода служил князь Я. П. Шаховской, честный служака, ревнитель государственного интереса. Он оставил после себя «Записки», которые содержат много любопытных сведений о деятельности Синода. Князь Шаховской был человеком, не чуждым Церкви, но, увлекаясь буквой закона, он постоянно вступал в распри с членами Синода, сталкиваясь с ними из-за мелочных финансовых вопросов. Обер-прокурор, блюдя интересы государственной казны, протестовал то против увеличения жалования синодальным архиереям, то против перерасхода средств, поступавших от монастырских вотчин. Но позиции обер-прокурора в ту эпоху были еще весьма шаткими, и Синоду, опираясь на личные контакты его членов с императрицей, на поддержку духовника Елизаветы протоиерея Феодора (Дубянского) и благоволившего к духовенству графа Разумовского, часто удавалось с успехом противодействовать административному рвению обер-прокурора.