Между тем, лишенный сана исповедник, в одеянии простого монаха, был под караулом отвезен на Север, в Николо-Корельский монастырь, в тот самый, где в заточении скончался архиепископ Феодосий (Яновский), переименованный в Федоса.
Ненависть царицы к исповеднику не угасла даже после расправы над ним. В 1767 году, когда стало известно, что митрополит Арсений не переменил своих взглядов и считал себя беззаконно осужденным, Екатерина потребовала предать его новому суду. На этот раз страдальца лишили монашества и заточили в Ревельскую крепость в крохотную камеру под именем «преступника Андрея Враля». Коменданту крепости Тизенгаузену Екатерина писала: «У вас к крепкой клетке есть важная птичка. Береги, чтоб не улетела». Офицерам и солдатам запрещено было вступать в разговор с заключенным. По некоторым сведениям, узнику затыкали рот.
28 февраля 1772 года муки узника закончились - великий страдалец за Церковь отошел на суд Нелицеприятного Судии. Священник, напутствовавший его перед смертью, в страхе вышел из каземата со словами: «Вы мне говорили, что надо исповедовать и приобщать преступника, а предо мной стоит на коленях архипастырь». На стене его тюрьмы остались слова, которые узник начертал углем: «Благо, яко смирил мя еси». Несмотря на все старания правительства изгладить имя исповедника из народной памяти, православный народ тайно чтил страдальца за Церковь. Поместный Собор 1917-1918 гг. отменил неправедный приговор Синода о митрополите Арсении и посмертно возвратил ему архиерейское достоинство.
Страшная участь этого ревнителя произвела жуткое впечатление на иерархию и позволила правительству без всякого риска провести секуляризацию церковных земель в великорусских епархиях. В 1786 году такого же рода реформа была проведена в Малороссии, а через два года - в Слободской Украине. Деятельным помощником правительства в проведении секуляризации на юге России был Киевский митрополит Самуил (Миславский).
После секуляризации церковных земель и расправы над митрополитом Арсением правительство стало относиться к Церкви с бесцеремонностью, которая заставляла вспомнить о временах бироновщины. Обер-прокурором в Синод назначен был И. И. Мелиссино, который не скрывал своих деистских воззрений. В 1767 году, когда подавались всякого рода законодательные проекты в Комиссию по Новому уложению, Мелиссино представил на рассмотрение Синода проект, в котором, помимо введения неограниченной веротерпимости, предлагал ослабить и сократить посты, отменить вечерни и всенощные, а вместо них ввести краткие молитвы с поучениями народу, прекратить содержание монахов, епископов и белого духовенства из казны, епископам дозволить «с законными женами сожитие иметь», отменить «поминовение усопших» и даже воспретить причастие младенцев в возрасте до 10 лет. Нелепость этого проекта потрясла членов Синода, и они попросту отказались принимать этот враждебный Православию документ на рассмотрение.
В 1768 году Мелиссино был уволен с поста обер-прокурора. Его заменил П. П. Чебышев, невежественный солдафон в чине бригадира, который, понаслышке узнав о «современных идеях», открыто щеголял атеизмом, и в присутствии членов Синода не сдерживался от употребления «гнилых слов». Чебышев всячески препятствовал изданию апологетических сочинений, направленных против деизма и неверия. По подозрению духовенства в «фанатизме» из ведения Синода изъяты были все дела о нарушении благочиния, о богохульстве, о колдовстве и суевериях. Мнения членов Синода часто не принимались во внимание при решении важных для Церкви вопросов.
Большим авторитетом зато пользовался духовник Екатерины протоиерей Иоанн Памфилов. По существу это был один из временщиков. Своё влияние он часто использовал для заступничества за белое духовенство против архиереев и монашествующих, которых сильно недолюбливал. Духовник царицы первым из протоиереев был награжден митрой, что воспринято было иерархией что воспринято было иерархией как унижение архиерейского сана.
В царствование Екатерины II окончательно рушится прежняя монополия малороссийского монашества на занятие архиерейских кафедр. События церковной жизни убедили правительство в том, что малороссы проявляют больше упорства, меньше гибкости и уступчивости. Епископы из великороссов ближе к сердцу принимали государственные интересы России, они проявляли больше терпения и смирения в отношениях с правительством и потому не вызывали у власти особых опасений. А главное, с расцветом Московской Академии, с подъемом уровня образования в семинариях отпала нужда в подборе ставленников на архиерейство исключительно из числа киевских «академиков».