Перед кончиной святитель Митрофан принял великую схиму с именем Макария, кончина его последовала 23 ноября 1703 года. В погребении святого архипастыря участвовал Петр, который сам нес его гроб до могилы и сказал после погребения: «Не осталось у меня другого такого святого старца».
Сохранилось завещание святителя Митрофана, в котором есть замечательное поучение: «Для всякого человека таково правило мужей мудрых: употреби труд, храни мерность - богат будеши, воздержно пей, мало яждь - здрав будеши; твори благо, бегай злаго - спасен будеши».
Но несмотря на все уважение, с которым относился царь к таким достойным иерархам, как святители Митрофан, Иов, Афанасий или митрополит Казанский Тихон, его смущало недоверие всех их, даже архиепископа Афанасия, к западноевропейской учености, к инославной культуре. А главное, опасался Петр, эти архиереи могут воспротивиться его замыслу подчинить Церковь государственной власти. Поэтому всем им предпочтен был выходец из Малороссии митрополит Рязанский Стефан.
Митрополит Стефан (Яворский) родился в семье православного галицкого шляхтича в 1658 году. Образование получил в Киево-Могилянской Академии и в иезуитских коллегиях во Львове, Люблине, Вильне и Познани. Учение в католических школах предполагало для православного принятия униатства. Это была унизительная, но обычная тогда в западной Руси «кража науки». Вернувшись в Киев, будущий иерарх отрекся от притворного униатства и принял монашеский постриг. Его назначили профессором Академии, где он выделялся среди коллег даром проповедничества. Он умел соединить в своих проповедях и «предиках» изощренные приемы киевско-польской риторики с неподдельной искренностью религиозного чувства, воодушевлением и сердечностью.
В 1700 году митрополит Киевский Варлаам (Ясинский) послал архимандрита Стефана в Москву для рукоположения в сан викарного епископа. Но в Москве ставленнику случилось в присутствии царя тому же произнести «предику» при погребении боярина А. С. Шеина. Слово это привело Петра в восторг. Он увидел в ораторе человека европейской культуры, как ему казалось, превосходившего своей ученостью московских «начетчиков». Петр распорядился поставить его на древнюю митрополичью кафедру в Рязань. А менее чем через год после этого возвышения Собор иерархов, по указанию Петра, назначил митрополита Стефана «экзархом, блюстителем и администратором Патриаршего Стола».
«Экзарх и блюститель», мечтавший об архиерействе у себя на родине, принял свое назначение со скорбью. К тому же в Москве его встретили недружелюбно и даже враждебно, считали чужаком, обзывали «обливанцем, поляком, латынником». Возвышение митрополита Стефана встревожило и Православный Восток. Строгий ревнитель Православия патриарх Иерусалимский Досифей в 1702 году писал Петру, умоляя его не назначать на архиерейские кафедры «ни черкас, ни греков», а только православных москвичей, «аще и не мудрии суть», «чтобы и в Патриархи не попал ни грек, ни иные какие породы человек, сиречь от Малыя и Белыя России, которые вскормилися и учатся в странах и школах латинских и полонских». А еще через год патриарх Досифей прислал послание самому митрополиту Стефану, в котором сурово предупреждал его, что на Востоке не потерпят, чтобы он стал патриархом. Скоро однако выяснилось, что Петр ошибся в выборе местоблюстителя. Вероятно, тогда ему слишком упрощенно представлялся характер западного образования, и он не предполагал, что «западник и латынник» может оказаться более крутым противником церковной реформы на протестантский лад, чем великорусские архиереи. Митрополит Стефан, воспитанный в католических школах, был горячим поборником высокого авторитета Церкви и ее независимости от государства.
Как и великорусские архиереи, он мечтал об избрании патриарха. И ревнители старины в Москве вскоре поняли, что в лице столь нежеланного для них чужака они обрели если и не единомышленника, то союзника, к человека неуступчивого, твердого, мужественного. Вместе с ними местоблюститель не одобрял второго брака царя, заключенного при жизни насильственно постриженной царицы Евдокии Лопухиной. С негодованием узнал он об отмене постов в войсках, на что царь, в обход предстоятеля Русской Церкви, заручился разрешительной грамотой от Константинопольского патриарха. В своих проповедях митрополит Стефан стал открыто обличать не хранящих постов, обижающих Церковь и оставляющих своих жен, прозрачно намекая на личность самого царя.