Особую остроту отношения между монархом и местоблюстителем приобрели после дела Тверитинова. Московский лекарь Дмитрий Тверитинов, учившийся в Немецкой слободе, собрал кружок вольнодумцев, увлеченных протестантским учением. Его сторонники отвергали почитание святых угодников, мощей, икон, отвергали авторитет иерархии, не признавали таинств и предания святых отцов. В то же время в тверитиновском кружке, по богословскому невежеству, отвергали и краеугольный камень протестантизма - учение о спасении единой только верой. Повторяя древних стригольников, Тверитинов думал, что человек спасается не верой, а своими делами и заслугами, без посредничества Церкви. «Я сам себе Церковь», - говорил ересиарх. Самым рьяным из еретиков оказался родственник Тверитинова цирюльник Фома Иванов.
В 1713 году существование ереси обнаружилось: первым обличен был в неправославии ученик Московской Славяно-греко-латинской Академии Максимов. Митрополит Стефан немедленно организовал расследование, которое велось гласно и было известно в Москве. Петр, опасаясь, что этот шумный процесс повредит столь любезным его душе немцам, распорядился перевести розыск из Москвы в Петербург в новоучрежденный тогда Сенат. В Сенате дело закончилось быстро и легко для подсудимых. От них потребовали отречение от ереси и препроводили их обратно в Москву. Местоблюстителю было приказано присоединить раскаявшихся к Церкви. Митрополит Стефан, подозревая вероотступников в лицемерии, велел разослать их по монастырям для проверки искренности их покаяния. Тогда-то и обнаружилась обоснованность его недоверия к столь легко избавившимся наказания еретикам. Заключенный в Чудовом монастыре Фома Иванов, одержимый неистовством, бросился с косарем на резной образ святителя Алексия и изрубил его. После этого злодеяния митрополит Стефан созвал освященный Собор для суда над преступниками. Новоявленные иконоборцы были преданы анафеме, а Фому, как злостного и нераскаявшегося еретика, сожгли на костре. Гнев Петра, узнавшего об исходе нового розыска, был страшен. Он подозревал местоблюстителя в том, что своим суровым судом над вероотступниками, впавшими в ересь под влиянием Немецкой слободы, он подстрекает москвичей на погром иностранцев. Петр приказал объявить местоблюстителю выговор через Сенат.
Все недовольные царем-реформатором с надеждой смотрели на царевича Алексея, который сочувствовал настроениям ревнителей старины. С большой теплотой относился к царевичу и митрополит Стефан. В слове, произнесенном в 1712 году на день ангела наследника, он не без вызова его отцу назвал именинника «единой надеждой России». Недвусмысленно намекая на царя, проповедник продолжал: «Море свирепое, море - человече законопреступный, - почто ломаеши, сокрушаеши и разоряеши берега? Берег есть закон Божий, берег есть - во еже не прелюбы сотворити, не вожделети жены ближнего, не оставляти жены своея; берег есть во еже хранити благочестие, посты, а наипаче четыредесятницу». А через шесть лет открылось два страшных дела: в заговоре против царя обвинялись вначале царевич, а потом и его мать Евдокия. К этим делам оказались причастными и духовные лица. Духовник царевича протопоп Иаков Игнатов, когда Алексей каялся ему в желании смерти отцу, успокоил исповедника словами: «Мы все желаем ему смерти». К делу были привлечены духовник царицы Феодор Пустынный, Ростовский епископ Досифей, юродивый Михаил Босой, а также митрополиты: Киевский - Иосаф (Кроковский) и Крутицкий - Игнатий (Смола), которые состояли в переписке с наследником. На следствии епископ Досифей говорил, оправдываясь: «Только я один попался… Посмотрите, и у всех что на уме. Извольте пустить уши и в народ, что в народе говорят».
Розыск закончился казнями. Сенат приговорил к смерти царевича Алексея, казнили епископа Досифея, протопопов Иакова Игнатова и Феодора Пустынного. Митрополит Иоасаф скоропостижно скончался до окончания расследования на пути из Киева. Митрополита Игнатия пощадили по старости и уволили на покой. Против местоблюстителя улик не оказалось. Но Петр подозревал его в сочувствии заговорщикам. В конце розыска у Петра окончательно созрел план: во-первых, провести церковную реформу и упразднить патриаршество, а во-вторых, отодвинуть митрополита Стефана от кормила церковного управления.
§ 2. Учреждение Святейшего Синода