После неудачи с митрополитом Стефаном Петр I лучше разобрался в настроениях киевского ученого монашества. Подыскивая исполнителей задуманной реформы, он выбирал теперь из этой среды людей особого духа - противников латинского, «папежеского» направления, от которых он мог ожидать сочувствия своим видам. В Новгороде Петр обратил внимание на выходца из Малороссии архимандрита Хутынского монастыря Феодосия (Яновского), который бежал туда из Москвы во время «гонения на черкас» при патриархе Адриане. Митрополит Иов, собиравший вокруг себя ученых мужей, приютил беглеца, приблизил его к себе и сделал одним из главных своих помощников. Феодосий был сыном шляхтича и отличался высокоумием, заносчивостью. Петра он обворожил аристократическими манерами и искусством светского разговора. В 1712 году Петр назначил его архимандритом новосозданного Александро-Невского монастыря и правителем церковных дел Петербургской области, а в 1721 году, через пять лет после кончины митрополита Иова, он в сане архиепископа был поставлен на Новгородскую кафедру. Из нового архиерея, однако, не вышло серьезного церковного деятеля. Это был человек не особенно ученый, маскировавший пробелы в образовании блеском светского красноречия. В среде духовенства и народа возникали соблазны от его скорее магнатского, чем архиерейского образа жизни, от его корыстолюбия. Петру стало ясно, что особую ставку на этого тщеславного честолюбца делать нельзя.
Другой киевлянин - Феофан (Прокопович) - покорил сердце Петра. Сын киевского купца, в крещении он был наречен Елеазаром. С успехом закончив Киево-Могилянскую Академию, Елеазар обучался во Львове, Кракове и в Римской коллегии св. Афанасия. В Риме он стал базилианским монахом Елисеем. Вернувшись на родину, он отрекся от униатства и был пострижен в Киево-братском монастыре с именем Самуила. Его назначили профессором Академии, и вскоре в награду за успехи в преподавании удостоили имени его покойного дяди Феофана - ректора Могилянской Академии. Из Рима Прокопович вынес отвращение к иезуитам, к школьной схоластике и ко всей атмосфере католицизма. В своих богословских лекциях он пользовался не католическими, как это принято было в Киеве до него, а протестантскими изложениями догматики.
В день Полтавского сражения Феофан поздравлял царя с победой. Слово, произнесенное им за богослужением на поле битвы, потрясло Петра. Оратор использовал день победы 27 июня, на который приходится память преподобного Самсона, чтобы сравнить Петра с библейским Самсоном, разодравшим льва (герб Швеции складывается из трех львиных фигур). С тех пор Петр не мог забыть Феофана. Отправляясь в Прутский поход, он взял его с собой и поставил во главе войскового духовенства. А по окончании похода Феофан был назначен ректором Киевской Академии. В 1716 году его вызвали «на чреду» в Петербург, и там он произносил проповеди, которые посвящал не столько богословским и церковным темам, сколько прославлению военных побед, государственных свершений и преобразовательных планов Петра. Феофан стал одним из кандидатов на архиерейскую кафедру. Но у ревнителей православия его богословские воззрения вызывали серьёзные опасения. Хорошо знавшие его по Киеву ректор Московской академии архимандрит Феофилакт Лопатинский и префект архимандрит Гедеон Вишневский ещё в 1712 году отважились подать государю открытое обвинение Феофана в протестантизме, который они обнаружили в его киевских лекциях. После вызова архимандрита Феофана в Петербург его обличители не замедлили послать на него новый донос, направив его Петру через местоблюстителя, который присовокупил к докладу московских профессоров своё мнение, что Феофана никак нельзя ставить во епископа. Но Феофан сумел так ловко оправдаться в возведенных на него обвинениях, что митрополиту Стефану пришлось просить у него извинения.
В 1718 году Феофана хиротонисали во епископа Псковского с тем, однако, чтобы резиденцией его был Петербург. В отличие от своего менее удачливого соперника в борьбе за близость к. царю, Феодосия, епископ Феофан был образованным ученым, богословом, писателем, человеком ясного и сильного ума. Ему удалось стать советником и незаменимым помощником Петра I не только в церковных, но и в государственных делах. Он служил Петру неиссякаемым источником самых разнородных знаний, его живой «академией и мозгом». Именно Феофан стал главным исполнителем задуманной Петром церковной реформы, и ему она больше чем кому бы то ни было, обязана своим протестантским оттенком. Многое в поступках и воззрениях этого иерарха подтверждало правоту выдвинутых против него обвинений в неправославии. На своих противников, ревнителей Православия Феофан с церковного амвона возводил обвинение в затаенной вражде на монарха: «Суть нецыи,… или тайным бесом льстимии или меланхолией помрачаеми, которые таковаго некоего в мысли своей имеют урода, что все им грешно и скверно мнится быти, что-либо увидят чудно, весело, велико и славно… И сии наипаче славы безчестити не трепещут и всякую власть мирскую не точию не за дело Божие имеют, но в мерзость вменяют».