В написанном по поручению: Петра сочинении «Правда воли монаршей» епископ Феофан, повторяя: Гоббса, формулирует абсолютистскую теорию государственного права: «Могуществу монарха основание есть… что народ правительской воли совлекся» и передал эту волю монарху. «Сюда надлежат всякие обряды гражданские и церковные, перемена обычаев, употребление платья, домов строения, чины и церемонии в пированиях, свадьбах, погребениях и прочая и прочая».
В «Розыске о понтифексах», играя этимологией слов, Феофан ставит вопрос: «Христианские государи могут ли нарещися епископы, архиереи?» - и без смущения отвечает, что могут; более того, государи - это «епископы епископов» для своих подданных.
В 1718 году митрополит Стефан подал прошение отпустить его из Петербурга в Москву, откуда удобнее управлять Московской и Рязанской епархиями Царь наложил на прошение резолюцию с рядом укоризненных замечаний, а в конце добавил: «А для лучшего впредь управления мнится быть Духовной коллегии, дабы удобнее такие великие дела исправлять было возможно». Епископу Феофану Петр поручил составить проект учреждения Духовной коллегии. К февралю 1720 года проект под названием «Духовный регламент» был готов. Царь просмотрел «Регламент» и внес в него исправления. «Регламент» разделен на три части:
1) описание и вины синодального управления;
2) дела, ему подлежащие;
3) самих управителей должность и сила.
О «Регламенте» метко было сказано, что «это рассуждение, а не уложение». Это скорее объяснительная записка к закону, нежели самый закон. Он весь пропитал желчью, напоен страстью политической борьбы со стариной. В нем больше злых обличений и сатиры, чем прямых положительных постановлений. «Регламентом» провозглашалось учреждение Духовной коллегии вместо единоличной власти патриарха. Основания для такой реформы приводились разные: коллегия может скорее и беспристрастней решать дела, она якобы имеет более авторитета, чем патриарх. Но не скрывается в «Регламенте» и главный резон упразднения патриаршества - коллегия не опасна для власти монарха: «Простой народ не ведает како разнствует власть духовная от самодержавной, но великого высочайшего пастыря честию и славою удивляемый, помышляет, что таковый правитель есть вторый государь, самодержцу равносильный или и больший его и что духовный чин есть другое и лучшее государство». И вот, чтобы унизить в глазах народа духовную власть, в Регламенте провозглашается: «коллегиум правительское под державным монархом есть и от монарха уставлено». Монарх же с помощью соблазнительной игры слов вместо обычного наименования «помазанника» именуется в «Регламенте» «Христом Господним».
Документ представлен был на обсуждение в Сенат и только потом предложен вниманию освященного Собора из оказавшихся в Петербурге - шести архиереям и трем архимандритам. Под давлением светской власти духовные сановники подписались, что все «учинено изрядно». Чтобы придать «Регламенту» больший авторитет, решено было отправить архимандрита Антония и подполковника Давыдова во все концы России для сбора подписей от архиереев и «степенных монастырей архимандритов и игуменов». На случай отказа в подписи в указе Сената без обиняков, с откровенной грубостью, предписывалось: «А буде кто подписыватца не станет, и у того взять за рукою, какой ради причины оной не подписываетца, чтоб о том показал имянно». За семь месяцев гонцы объездили всю Россию и собрали под «Регламентом» полноту подписей.
25 января 1721 года император издал манифест об установлении «Духовной коллегии, то есть Духовного соборного правительства». А на другой день Сенат передал на высочайшее утверждение штаты создававшейся коллегии: президент из митрополитов, два вице-президента из архиепископов, четыре советника из архимандритов, четыре асессора из протопопов и один из «греческих черных священников». Предлагался и личный состав коллегии во главе с президентом-митрополитом Стефаном и вице-президентами-архиепископами Феодосием Новгородским и Феофаном Псковским. Царь наложил резолюцию: «Сих призвав в Сенат, объявить». Для членов коллегии составлен был текст присяги: «Исповедую же с клятвою крайнего судию Духовной сей коллегии быти самого Всероссийского монарха государя нашего всемилостивейшего». Эта противоканоническая присяга, оскорблявшая архиерейскую совесть, просуществовала почти 200 лет, до 1901 года.