Митрополит Филофей родился в 1650 году в Малороссии в дворянской семье. Образование получил в Могилянской Академии, потом священствовал, а овдовев, принял постриг в Киево-Печерской Лавре. В обители он исполнял должность эконома. Потом назначили его наместником приписанного к Лавре Брянского Свенского монастыря. В 1702 году архимандрита Филофея возвели в сан митрополита Тобольского на место не выехавшего в Сибирь по болезни святого Димитрия.
Из Тобольска святитель писал Петру I: «Пришед в Сибирские страны, в церквах Божиих обрел великое нестроение… А чинится то за великою простотою (священников) и нищетой». Архиерейский дом стоял в развалинах, церквей не хватало; некоторые поселения находились в сотнях верст от приходского храма. Духовенство было сплошь малограмотное. За время пребывания на кафедре митрополита Филофея в епархии построено было 288 церквей. Для подготовки священников устраивались школы, где обучались дети «духовного звания», и содержались они на средства архиерейского дома. Святитель добился от властей выдачи жалования городским священникам, а сельских священнослужителей, по его ходатайствам, стали наделять землей. В 1708 году митрополит Филофей тяжко занемог и принял схиму с именем Фёодора в Тюменском Троицком монастыре. Он мечтал вернуться в родную Киевскую Лавру и умереть там. Но Бог судил иначе. Когда он неожиданно для себя поправился, губернатор Сибири князь Гагарин предложил ему отправиться миссионером к остякам и вогулам (хантам и манси). И святитель увидел в этом желание воли Божией. Он взял с собой гребцов, переводчиков, казаков для охраны и отправился на малом судне вниз по Иртышу и по Оби в селения остяков.
Остяки были кочевниками, занимались звероловством и рыбной ловлей. Они поклонялись идолам, обожествляли не только духов, но и вредивших им зверей. Останавливаясь в остяцких юртах, святитель объяснил язычникам бессилие их идолов, проповедовал им истинного Бога. И многие идолопоклонники, пораженные силой проповеди, сжигали свои кумирни и принимали крещение. Успеху проповеди содействовали чудеса. Однажды крестили немощную девочку, которую для погружения в реку несли на руках, но, выйдя из воды, она сама пошла домой, и с этих пор даже тяжелая работа, была ей по силам. Не один раз отправлялся святитель в миссионерские путешествия по сибирским рекам. Он побывал и в алатымских юртах, и в Пелыми, где сам крестил 400 вогулов, и в Березове, и на Конде, и среди чулымских татар. Уже глубоким старцем великий миссионер побывал в далеком Иркутске и за Байкалом, плавал по рекам Ангаре, Тунгуске и Кеше.
В этих путешествиях не раз его жизнь подвергалась опасности. В Буренинских юртах в него стрелял остяцкий старшина. Но пуля, пронзив одежду подвижника, не повредила ему. Старшину схватили и привезли в Тобольск, а там митрополит взял его к себе домой, простил и научил его истине христианской веры, и язычник принял святое крещение.
В 1715 году, по кончине святого Иоанна, митрополит Филофей снова занял Тобольскую кафедру и оставался на ней до 1720 года. За время своих миссионерских подвигов он крестил около сорока тысяч остяков, вогул, татар и тунгусов (эвенков), С заботой и любовью он опекал новокрещенных, оберегал их от произвола мирских начальников. Священников митрополит обязал не менее трех раз в году объезжать селения новокрещенных. Способных мальчиков из крещенных инородцев он отправлял на обучение в монастыри и в архиерейский дом, где их готовили к священству.
После ухода на покой во второй раз, схимитрополит Филофей-Феодор поселился опять в Тюменском Троицком монастыре. В зимнее время он учил русской грамоте инородческих детей. Преставился он 31 мая 1727 года в своей обители. Тело его погребли у входа в монастырь.
С 1711 по 1715 годы Тобольскую кафедру занимал святой Иоанн (Максимович). Родился он в 1651 году в Нежине. У его отца, малороссийского дворянина Максима Васильевича, было семеро сыновей. Образование будущий святитель получил в Могилянской Академии, после окончания которой его оставили преподавателем латинского языка. В 30 лет он принял постриг в Лавре и проходил послушание проповедника и эконома. В 1685 году братией Лавры он был отправлен посольством в Москву просить у царя Федора войско для защиты Лавры от турок. В Москве патриарх Иоаким поставил Иоанна наместником Брянского Свенского монастыря, который был приписан к Лавре. Через 10 лет архиепископ Черниговский святой Феодосий вызвал к себе Свенского наместника и поручил ему управление Черниговским Елецким монастырем - он наметил его в преемники себе по кафедре.