Не прекращались бедствия Армении, равно как Церкви Армянской, и в последние годы самобытного существования этого царства (387–428), когда, разделенное на две части между персами и греками, оно продолжало еще иметь своих государей, хотя не всегда из своих соплеменников. Почти непрерывные смуты и происки разных партий, несколько раз возобновлявшиеся междоусобия и гонения на христиан волновали несчастную страну и теперь, как прежде. Одно лишь отрадное явление представляет нам в сие время ее история. В царствование кроткого и мудрого Врамшапуха (с 392 г.) начался так называемый золотой век просвещения древней Армении, преимущественно духовного. Знаменитый Месроп изобрел (в 406 г.) армянские письмена и был основателем целой школы мыслителей и писателей; до сорока даровитейших юношей посланы были для лучшего образования в Константинополь, Афины, Александрию и по возвращении в отечество приступили под непосредственным надзором самого Месропа и ученейшего католикоса Исаака Великого к переложению на армянский язык Священного Писания по тексту семидесяти толковников, присланному от Греческого патриарха Максимилиана. Вскоре из этих юношей явились замечательные писатели, каковы Моисей Хоренский, Егише, Лазар Парбеци, Корюн и другие, которые красноречиво изложили историю своего отечества и Церкви, оставивши немало и других полезных сочинений.
В последующее затем время, когда Армения окончательно потеряла свою независимость и подпала под чуждое иго персов (428–632), бедствия ее достигли крайнего предела. Персы с самого начала воздвигли на христиан открытое гонение, продолжавшееся непрерывно в три преемственные царствования Иездигерда, Барарана и его сына. Целые тысячи исповедников вкусили тогда в Армении смерть за веру Христову, и в главе их доблестный архипастырь Иосиф. Многочисленные храмы и обители были разрушены или заключены, а в числе прочих подверглась разорению и резиденция Эчмиадзинских патриархов, которые с. тех пор (с 454 г.) перенесли ее на несколько веков (до 925 г.) в новую тогдашнюю столицу Армении Товин, или Тевин, находившуюся также в нынешних пределах наших, неподалеку от Арарата, где доселе видны ее развалины. Нельзя без горести читать описания всех этих и многих других нестроений и бед, оставленного современниками. «Рыдаю о тебе, земля гайканов! – взывает один из них, – рыдаю о тебе, знаменитая страна севера! Не стало царя, не стало священника, советодателя и мудрого наставника; спокойствие твое нарушено, везде возмущения, везде бунты, попрана святая вера, и место ее заступили беззакония и невежество! Плачу о тебе, Церковь Армении, лишенная велелепия престола, великодушного пастыря и мудрого его сподвижника... Антиох старается отвергнуть законы отечественные, и нет Маттафии, который бы ему воспрепятствовал. Отвсюду угрожают нам брани и внутренние возмущения, и нет Маккавеев, которые бы нас защитили... Кто сравнит горесть свою с нашею, и кто может изобразить ее словами? Восстали безумные епископы, похитители высокого сана, избранные по мзде, алчущие богатства... и учинились волками, терзающими и пожирающими свои стада. Священники горды, презирают свой сан, преданы роскоши и порокам... Жилища наши в развалинах, имущество в руках грабителей, вельможи в оковах, и простой народ в угнетении. Грады взяты, села преданы пламени и грабежу; везде голод, болезни и смерть. Благочестие в забвении, и скоро наступит ад, от которого да избавит нас Бог, Ему же слава во веки!..»
Ад этот действительно наступил, в некотором смысле, для злосчастной страны, когда (632–858) отяготели над нею деспотизм и фанатизм новых ее поработителей аравитян, – ад, описанный также современниками и очевидцами. «Сей новый народ, – восклицает в плаче своем первосвятитель Нерсес III, – как дракон, пожрал, как лев, сокрушил все наши кости, и до того уже изможденные прежними нашими поработителями. Несчетны жертвы, коих неповинная кровь пролита. Одни обречены рабству или отданы на продажу; другие, лишенные всего имущества, отведены в плен; третьи заключены в вечные оковы... Мы изгнаны из отечества и блуждаем посреди народов чуждых, забывши о родине; страну нашу пожирают враги пред очами нашими... Седалище первосвященническое, от коего прежде исходил свет, ныне окружено мраком; первосвятители удалились от него и скитаются в пределах чуждых». К чести этих первосвятителей должно заметить, что, несмотря на все бури, свирепствовавшие в их отечестве, они непрестанно старались поддерживать в нем свет наук для пользы Церкви. Для сего учредили они даже особый чин в своей церковной иерархии, средний между епископами и священниками, имеющий, впрочем, назначение чисто учебное и существующий доныне под именем вартабедов, которые при патриархе Моисее II (551–594) соединенными усилиями составили для армян новую систему летосчисления, начинающуюся со времени ее изобретения (с 551), и вообще были постоянно главнейшими двигателями просвещения в Армении.
Ко всем этим внешним бедствиям Армянской Церкви присоединились еще внутренние, касавшиеся существа веры. С самого начала своего Церковь сия свято держалась вселенского православия. Ее католикосы от святого Григория до Исаака (302–439), приемля рукоположение и находясь в зависимости от архиепископа Кесарийского, пребывали в союзе и единении чрез Кесарийскую Церковь со всею Церковию Греческою. А в делах важнейших они относились в особенности к Цареградскому патриарху, чему неоспоримым доказательством служит то, что Собор епископов Армянских, осудивший в 437 г. сочинения Диодора Тарсийского и Феодора Мопсуестского, посылал для окончательного рассмотрения свой приговор к Константинопольскому патриарху Проклу, от которого и получил потом утвердительное послание. Во все это время Армянская Церковь принимала непосредственное участие и во Вселенских Соборах, на которых решалась участь всего христианства. Так, на Первом Вселенском Соборе от лица ее присутствовали патриарх Аристакес и святой Иаков, епископ Низибийский, на Втором – патриарх Нерсес Великий, на Третьем – по крайней мере читано было письменное исповедание патриарха Исаака. Но с тех пор как Армения подпала под иго персов (428), ее главам духовным запрещено было от персидского правительства отправляться за пределы отечества в Кесарию для принятия рукоположения, чем первая внешняя связь Армянской Церкви с Греческою Православною уже пресеклась. Отяготевшие с того времени над Армениею бедствия воспрепятствовали ее епископам принять какое-либо участие в Соборе Халкидонском (451), рассматривавшем и осудившем ересь Евтахия; это послужило уже началом и для внутреннего разрыва ее с Церковию вселенскою. Некоторые злонамеренные сирийцы распространили слухи в Армении, будто Собор Халкидонский, отвергши ересь Евтихиеву, принял и утвердил противуположную ей ересь Нестория, которая осуждена была еще прежде на Третьем Вселенском Соборе (431). Новые слухи о волнениях и смутах, последовавших в Греции за Халкидонским Собором касательно смысла его догматического определения, и попытки двух византийских императоров, Зенона и Анастасия, определить этот смысл произвольными толкованиями или запретить всякие споры о нем еще более утвердили армян в предубеждении насчет православия Халкидонского Собора. Не желая более оставаться в недоумении и нерешимости, католикос Бабкен созвал в 491 г. поместный Собор своих епископов в Вагаршапате, чтобы лучше рассмотреть дело. Но поелику собравшимся не от кого было узнать сущую истину о Соборе Халкидонском и они не имели о нем других известий, кроме указа Зенонова, в котором немало было искажено определение сего Собора, то, основываясь только на этом документе, они заключили 1) будто Собор Халкидонский уважил сочинения Феодора Мопсуестского и сообщников его; 2) будто он разделил Иисуса Христа, подобно Несторию, на два лица и на два сына; и вслед за тем 3) произнесли анафему на Собор Халкидонский или, справедливее, на то учение, какое, по мнению их, было одобрено на сем Соборе. Очевидно, что все это вначале произошло только от недоумения и недостатка точных сведений об истине и предан проклятию собственно не Собор Халкидонский, а такое учение, которое ему совершенно чуждо. Но в последующее время армяне, будучи убеждены, что предки их весьма хорошо исследовали все, относящееся до сего предмета, еще при католикосе Бабкене на созванном им Соборе (491), не хотели снова разобрать запутанное дело, а усилившаяся мало-помалу взаимная неприязнь между греками и армянами еще более воспрепятствовала открыться истине. Через сто лет (в 596 г.) последовал новый Собор иерархов Армянской Церкви в Товине под председательством католикоса Авраама Агбатанийского, когда еще с большею решительностию преданы анафеме все, державшиеся Халкидонского Собора, а в числе прочих и католикос Грузинской Церкви Кирион со всею своею паствою, и окончательно совершилось отпадение армян от вселенского православия.