Чтобы понять смысл резких слов и угроз, если только они действительно были произнесены митрополитом, надобно взять во внимание, что в это самое время король польский рассылал свои универсалы (от 21 февраля) к казакам и всем жителям Малороссии, убеждал их не следовать за изменником Хмельницким, оставаться верными Речи Посполитой, ждать от нее скорой воинской помощи и что в разных местах Польши действительно готовились тогда три рати с целию нагрянуть на Малороссию и снова завладеть ею. Коссов мог думать вместе с другими, что судьба Малороссии еще не окончательно решена и она может опять очутиться под владычеством Польши, и, выведенный из себя требованиями московских воевод, мог высказаться пред ними так, как высказался. Он мог сделать тогда на всякий случай и более смелый шаг, надеясь, что шаг этот останется в Москве неизвестным. Сохранилось известие, будто "в 1654 г., в Великий пост пред светлым Христовым Воскресением, присылали к королю на сейм митрополит и иные духовного чина люди двух чернецов говорить, что им с московскими людьми в соединении быть невозможно и они того никогда не хотели, а Москва хочет-де еще их перекрещивать, и король собрал бы войско и их высвобождал, как возможно, а они московских людей из Киева выбьют и будут под королевскою рукою по-прежнему"; хотя известие это передает только один грек Иван Петров Тафлара, который будто бы находился тогда узником в Варшаве и которому по освобождении из тюрьмы король будто бы поручил разносить его универсалы между казаками и сказал, что "малорусские духовные под его королевскою рукою быть хотят по-прежнему, и присылал к нему митрополит с духовенством старцев, прося себе его королевской милости".
Как бы то ни было, знали или не знали о всем этом московские воеводы, находившиеся в Киеве, но они поспешили написать о своем столкновении с митрополитом Сильвестром сперва к гетману Хмельницкому (27 февраля), а потом и к государю (14 марта). Хмельницкий как местный уроженец, лучше понявший поступок митрополита, чем могли понять московские бояре, отвечал им, что "на том месте острога не делать, потому что та земля митрополичья, софийская и св. церквей, и им, воеводам, прав церковных и даянья православных князей ломать не можно, что он вскоре пошлет о том гонца к государю". В Москве сначала очень прогневались на Коссова, и государь в грамоте своей к Хмельницкому от 27 марта наказывал прислать Киевского митрополита Сильвестра в Москву, чтобы он "в том деле дал о себе исправленье". Но через три дня государь писал уже воеводам в Киев: "Митрополиту Сильвестру, и иных монастырей архимандритам и игуменам, и всяких чинов людям, у которых земля их отойдет под город, скажите, чтоб митрополит о земле, которая у него взята под город, не оскорблялся; по нашему указу вместо тех земель велено им дать из иных земель". А в первых числах апреля государь извещал Хмельницкого в ответ на его ходатайство по делу митрополита: "Мы, великий государь, не только не велим ломать стародавних прав церковных, но и сверх прежнего нашею государскою милостию награждать будем... И митрополита Киевского Сильвестра мы пожаловали, велели дать ему взамен взятой у него земли под город в другом месте столько же и даже больше, где ему будет угодно, и он бы в том оскорбленья никакого не имел". Мало этого. Еще в марте, когда в Москве находилось посольство от гетмана Хмельницкого и запорожского войска с челобитьем об утверждении прав всего малороссийского народа, 14-го числа, "государь указал и бояре приговорили: митрополиту (Киевскому) на маетности его, которыми ныне владеет, дать жалованную грамоту" и тогда же пожаловал, чтобы "права, наданные из веков от княжат и королей как духовным, так и мирским людям, ни в чем не нарушены были". А 21 марта по ходатайству тех же послов "пожаловал митрополиту и всем духовного чина людем на маетности их, которыми они ныне владеют, свою государскую грамоту дать велел". Таким образом решен был общий вопрос о церковных имениях малороссийского духовенства, один из самых жизненных для него вопросов, и оно в этом отношении могло успокоиться.
Но, утверждая за Киевским митрополитом и всем его духовенством, равно и мирянами, их древние маетности, государь в той же самой статье, как читается она в окончательной редакции всех статей, данных тогда по указу государеву гетману Хмельницкому, присовокупил: "А митрополиту Киевскому, также и иным духовным Малой России, быть под благословением святейшего патриарха Московского и всея Великия, и Малыя, и Белыя России, а в права духовные святейший патриарх вступати не будет". Этим затрагивался другой, еще более важный вопрос для всего малороссийского духовенства, вопрос, который беспокоил не одно духовенство, но и мирян. "Немалую печаль, - писал (от 16 марта 1654 г.) православный шляхтич Олекшич к брацлавскому полковнику Богуну, - наводит на нас и всех братий наших, от одной крови идущих и едину Церковь Восточную за матерь почитающих, когда слышим, что патриарх Московский духовным нашим и всему миру христианскому на повиновение себе присягать велит и отступить от пречестнейшего отца, святейшего патриарха Константинопольского, которому в область от св. отцов и от предков наших церкви наши отданы; ради того мы не захотели принять унии и с Костелом Римским, чтобы не противиться пастырю нашему старейшему, которого дал нам Бог". Указывая на это обстоятельство, Олекшич убеждал Богуна, еще не принявшего присяги московскому царю, не принимать ее и оставаться верным польскому королю. Малороссийское духовенство, желая по-прежнему оставаться в подчинении Цареградскому патриарху и исходатайствовать на то соизволение московского государя, а вместе изложить пред ним и другие свои ходатайства и просьбы, решилось отправить к нему от себя особое посольство по примеру того, как прежде ходило в Москву посольство от гетмана и запорожского войска. Приготовления к духовному посольству начались еще в конце мая, когда ездили в Чигирин к гетману для совещаний об этом сам митрополит и печерский архимандрит, и продолжались в течение июня и отчасти июля, как свидетельствуют обозначения времени на грамотах, врученных посольству. Во главе посольства поставлен был игумен киевского Никольского монастыря Иннокентий Гизель; в товарищи ему назначены по одному и по два старца от киевских монастырей: Софийского, Печерского, Архангельского Златоверхого, Братского училищного и Выдубицкого. Посольство отправилось не в Москву, а под Смоленск в стан государя, находившегося тогда в походе против поляков, и прибыло туда 26 июля. А через два дня (28 июля) оно уже было принято государем и поднесло ему грамоты.
Главная грамота была от Киевского митрополита, в подкрепление которой гетман Хмельницкий приложил и от себя грамоты. Митрополит в грамоте своей прежде всего выражал общую радость всех сынов Малой России, которые после многих гонений от иноверных обрели, наконец, милостию государя тихое пристанище под его крепкою рукою, и особенно выражал радость свою как пастырь этих духовных овец, который вместе с ними смиренно и доброхотно преклоняется под крепкую руку государя, вместе с ними присно благодарит Бога "о нынешнем соединении" и непрестанно молит Его, да пособит довести до конца начатое благое намерение. Затем митрополит старался оправдать себя пред государем: "Я известился, что Ваше царское величество, по оглаголанию некоторых, положил на меня гнев за то, что я сначала не позволил присланным в Киев воеводам строить твердыню на земле, принадлежащей церкви св. Софии, престолу моей митрополии. Да будет же ведомо Вашему величеству, что я поступил так не из какого-либо сопротивления Вашему величеству, как некоторые оклеветали меня пред ним, а потому, что земля та уделена моей митрополии от лет древних; землю ту защищали со многими страданиями от хотевших взять ее и прежде меня бывшие митрополиты и утвердили ее на судах крестным целованием. Потому и я, наследник престола митрополии и земли ее, не захотел, чтобы она взята была от Церкви Божией, ибо и прокормление идет ныне мне только от той земли. Я спрашивал у воевод, имеют ли они письменное повеление Вашего величества, а как они письменного повеления не имели, то я и не соглашался уступить им церковного места. Прости меня, всемилостивый царь, я сделал это из ревности к св. месту церковному, а не из сопротивления Вашему величеству. К тому ж и от гетмана Богдана Хмельницкого, ныне нашей земли начальника и повелителя, я имел повеление, чтобы я не дозволял без его повеления никому ничего от нас брать. А как указа от гетмана у меня не было, чтобы отдать воеводам землю митрополии, то я немедленно и послал к нему с известием о том. И когда гетман, посоветовавшись с своими полковниками, прислал мне указ уступить то место под твердыню, я не только не возбранял воеводам, но и благословил их строить город, который вскоре, к нашей общей радости, и устроился. Да и не одно то место, но и другие, какие угодно будет, я готов уступить по повелению Вашего величества, нимало не сомневаясь, что ты благоволишь воздать нам больше... Если были на меня и какие-либо другие клеветы, молю, государь, не верь им, ибо думаю, они сделаны из одной ненависти. Посланников же моих я доселе не посылал к Вашему величеству с челобитьем моим и всех моих духовных не по нерадению моему или презрению Вашей пресветлой державы: мы хотели послать, но гетман не велел, пока не возвратятся его посланники от Вашего величества. Когда же возвратились, то дал указ, чтобы и мы посылали своих..." В заключение митрополит, сказав несколько слов о своих послах, умолял государя, чтобы он по своему царскому обещанию, объявленному чрез боярина Бутурлина и чрез гетманских посланников, а наиболее по своей великой милости благоволил утвердить прежние права и привилегии малороссийского духовенства, о чем статьи письменно изложены на особом листе и вручены послам. Нельзя оставить без внимания, что Сильвестр Коссов, митрополит Киевский и Галицкий, подписался под этою грамотою митрополитом не всей России, а только Малой России и так начал уже нередко титуловаться и подписываться.