В грамоте было написано о Мефодии, епископе Мстиславском, что его послали из Москвы митрополитом на Киевскую митрополию, которая изначала была под благословением Константинопольского патриарха.
Государь: "Епископ Мефодий послан в Киев не митрополитом, но блюстителем нужды ради: Киевский митрополит, оставя свою кафедру, ушел в Польшу из Киева, а тамошняя страна без пастыря быть не может: городов и людей в ней много, от Москвы она далеко. И о том поставлении Мефодия я писал к Константинопольскому патриарху. Сам же Никон, как был на патриаршестве, поставил в Полоцк епископа, хотя Полоцкая епархия также исстари под благословением Цареградского патриарха".
Никон: "В Полоцк и прежде, при царе Федоре Ивановиче, ставили епископов Московские патриархи".
В грамоте было написано о Питириме митрополите, что он стоял на патриаршеском месте и сидел на патриаршем седалище, чего и приходившие к нам Восточные патриархи не делывали. Питирим отвечал: "По отшествии Никона патриарха я стоял и сидел в соборной церкви во время служб там, где мне подобало стоять и сидеть, но на патриаршем месте не стаивал и не сиживал, а в неделю ваий я действовал по указу государя, а не собою".
Никон: "Тебе не следовало так действовать, то действо патриаршеское".
Государь: "Когда Никон был в Новгороде митрополитом, он и сам так действовал, и, когда был на патриаршестве, при нем так действовали в Новгороде, и в Казани, и в Ростове".
Никон: "То-де я делал по неведению".
В конце грамоты было написано: "Писася в строении нашем, в Новом Иерусалиме Воскресенского монастыря". Тут патриархи спросили Никона: "Зачем он так написал?" Никон сначала сказал, что то переведено неверно, а потом присовокупил, что хотя у него и написано "в Новом Иерусалиме", только намерение его к горнему Иерусалиму, и назвал себя священником того Иерусалима.
Когда чтение грамоты и все возражения против нее окончились, Никон обратился к государю и сказал: "Бог тебя судит; я еще на избрании своем узнал, что тебе, государю, быть добру ко мне только до шести лет, а потом быть мне возненавиденным и мучимым". "Допросите его, - сказал царь патриархам, - как он то узнал на избрании своем". Но Никон на вопрос патриархов ничего не отвечал. "Сказывал Никон, - заметил Рязанский архиепископ Иларион, - что видел звезду метлою, и от того будет Московскому государству погибель; он бы поведал, от коего духа то узнал".
Никон: "И в древнем законе такие знамения бывали; авось-де на Москве то и сбудется. Господь пророчествовал на горе Елеонской о разорении Иерусалима за четыреста лет". И патриархи велели Никону идти на подворье.
Заседание было слишком продолжительно. Начавшись в третьем часу дня, оно окончилось во втором часу ночи и более всех должно было утомить царя и патриарха Никона, которые одни почти и действовали и все время оставались на ногах. Все заседание посвящено было только допросам Никона. Обвинения, по которым допрашивали его, указывал сам царь, и главных обвинений было два. Первое состояло в том, что Никон самовольно отрекся от престола и оставил Церковь, от чего в ней произошли многие смуты и она девятый уже год оставалась без архипастыря. Второе - в том, что Никон в своих письмах к Восточным патриархам изрек многие бесчестия и укоризны на государя, оклеветал его. Из расспросов по первому обвинению уяснилось, что Никон оставил свою кафедру и Церковь единственно из-за гнева государя к нему лично - причина совершенно недостаточная; если и был на него гнев государя, то ему, Никону, следовало, как справедливо заметили ему патриархи, посоветоваться с архиереями и бить челом государю, просить у него прощения, а не покидать Церкви, и на такое долгое время. Из допросов по второму обвинению, или, что то же, из чтения грамоты Никоновой к патриарху Дионисию, хотя обнаружилось, что не все Никон написал про царя неправду и по некоторым делам объяснения, высказанные на Соборе царем, нельзя признать удовлетворительными, но обнаружилось также, что Никон действительно написал про государя важные укоризны, клеветы, неправды, которые и подтвердить чем-либо отказался, например, будто царь вмешивался в архиерейские дела, будто он из-за Никона многих мучил, посылал в заточение, будто за нападки на Уложение, его, Никона, много раз хотели убить и пр. Обнаружилось еще, что Никон сам собою, без Собора низложил и подверг жестокому наказанию епископа Коломенского Павла и нанес в своей грамоте к Дионисию бесчестие не одному государю, но и всем сынам Русской Церкви, якобы они уклонились от Восточного православия и соединились с Римским Костелом. Патриархи Паисий и Макарий мало говорили в этом заседании, лишь изредка предлагали вопросы и делали замечания. Из русских архиереев и из чинов царского синклита говорили немногие и немного, когда признавали то нужным и уместным, а из греческих архиереев не говорил никто, даже Паисий Лигарид, вероятно, потому, что они не понимали русского языка, на котором происходили все допросы Никону и его ответы, равно как и все объяснения царя.
Шестое заседание Собора, судебное третье, происходило в той же столовой избе государевой 3 декабря, в понедельник. Присутствовали как патриархи с архиереями и прочим духовенством, так и сам царь с своим синклитом, но Никон не был приглашен, вероятно, потому, что теперь не предлагалось никаких новых обвинений против него, а только подтверждались, пояснялись и обсуждались прежние, по которым он уже был допрошен в предшествовавшем заседании, и только доканчивалось то, чего тогда не успели кончить: суд теперь был заочный. Лишь только заседание открылось, государь сошел с своего царского места и говорил к патриархам: "Приношу жалобу вместе с митрополитами, архиепископами и епископами и всем освящ. Собором, с боярами, окольничими и со всем синклитом на Никона, бывшего патриарха, что он, бранясь с митрополитом Газским, в письме своем к Цареградскому патриарху назвал меня, и весь освященный Собор, и всего моего царства людей еретиками, будто мы отложились от св. Восточной апостольской Церкви и приложились к Римскому Костелу. А св. мать наша соборная наша Церковь имеет в себе многоцелебную ризу Спасителя нашего и Бога, и мощи святителей и чудотворцев Московских, и мы веруем истинно, по преданию св. апостолов и св. отцов, и должны умирать за свою православную веру и за св. Божии Церкви. Рассудите нашу жалобу и очистите меня, и освящ. Собор, и всех православных христиан нашего царства от того Никонова названия". И, окончив речь, государь поклонился патриархам, а за ним и весь Собор, и весь синклит поклонились патриархам до земли. Патриархи в ответ на эту жалобу, которая была приносима и в предшествовавшем заседании, сказали: "То дело великое, и за то дело надобно стоять крепко. Если Никон назвал тебя, государь, и весь Собор, и всех в вашем царстве еретиками, то назвал также еретиками и нас, будто мы к еретикам пришли творить суд. Но мы в Московском государстве видим православных христиан, имеющих истинную веру греческого закона. По правилам св. апостолов и св. отцов, кто на кого клевещет или кого обвиняет в каком-либо злом деле и не докажет обвинения, тот сам подвергается наказанию, какого заслуживал бы обвиняемый им, если бы оказался виновным, а кто взведет на кого еретичество и не докажет, такой клеветник достоин, если священник, извержения, а если мирянин, проклятия. Никон назвал тебя, государя, и всех у вас православных христиан еретиками, и мы будем судить его по правилам св. апостолов и св. отцов". Тут государь рассказал патриархам, что вчера, 2 декабря, он посылал к Никону яства и питье, но Никон не принял и сказал, что у него и своего есть много и будто он о том государю не приказывал. Патриархи заметили: "Никон делает все, исступя ума своего".
Последовали и другие дополнения и пояснения к тому, что говорилось в предшествовавшем заседании.
Тогда говорили и свидетельствовали, что Никон отрекся от своего патриаршего престола, а Никон утверждал, что не отрекался, теперь государь представил патриархам три письма к нему Никона, в которых последний сам называл себя бывшим патриархом, и письма эти были прочитаны в собрании. Представил также государь и письмо к нему Никона, присланное с стольником Матвеем Пушкиным, где Никон излагал свое согласие, чтобы в Москву избран был новый патриарх при известных условиях. И это письмо было прочитано.
Государь сказал в прошлом заседании, что он не писал про Никона никаких укорительных слов в своих грамотах к Восточным патриархам, тогда как Никон в своих грамотах к ним написал про него многие бесчестия и укоризны; теперь государь велел прочитать вслух всех для примера грамоту, посланную им к Александрийскому патриарху Паисию, об отшествии Никона с престола и, когда грамота была прочитана, вновь жаловался на клеветы и укоризны, какие написал про него Никон. Патриархи Паисий и Макарий сказали: "Никон писал такие укоризны, думая, что и все таковы, каков он сам. В царственных книгах написано: кто обличится во лжи однажды и трижды, тому впредь верить ни в чем не должно. А бывший патриарх Никон обличился во многих лжах, и ему не подобает ни в чем верить".
Никон назвал в прошлом заседании митрополита Питирима и Павла своими недругами, будто они хотели его отравить; теперь оба митрополита подали патриархам свое письмо, очищая себя от клеветы, и патриархи велели своему переводчику, архимандриту Дионисию, принять эту бумагу. А государь приказал прочитать письмо к нему патриарха Никона, в котором последний так несправедливо и так резко порицал Питирима и самого царя за совершенное Питиримом действо в неделю ваий. И письмо было прочитано.