Патриархи велели читать святые правила по-гречески Амасийскому митрополиту Козьме, а по-русски Рязанскому архиепископу Илариону или, точнее, читать известный свиток четырех патриархов, в котором сведены были святые правила против Никона, и на основании их уже произнесен был над Никоном приговор всеми Восточными патриархами. Когда начали читать этот свиток и когда архиепископ Иларион прочел из 14-й главы свитка второе правило Собора, бывшего в храме святой Софии: "Аще кто (из архиереев) дерзнет сам себя устранить от архиерейского места, да не возвращается к прежнему достоинству, которое самым делом отложил", Никон возразил: "Те правила не апостольские, и не Вселенских, и не Поместных Соборов; я не принимаю тех правил и не хочу слушать".
Павел, митрополит Крутицкий: "Те правила приняла св. апостольская Церковь".
Никон: "Тех правил в русской Кормчей нет, а греческие правила непрямые; те правила патриархи от себя сочинили, а не из правил взяли; после Вселенских Соборов - все враки, а печатали те правила еретики; я не отрекался от престола, то на меня затеяли".
Павел митрополит: "Те правила находятся и в нашей русской Кормчей" (это совершенно верно). Никон: "Кормчая книга не при мне напечатана".
Архиереи: "Кормчая напечатана при Иосифе патриархе, а исправлена и роздана при твоем патриаршестве, как и свидетельствует о том сама Кормчая, и из той Кормчей книги сам ты велел выписывать по многим делам правила и градские законы и множество дел вершил".
Чтение правил было приостановлено, и патриархи предложили Никону еще несколько вопросов и выслушали его ответы.
Патриархи: "Сколько епископов судят епископа и сколько патриарха?"
Никон: "Епископа судят двенадцать епископов, а патриарха вся вселенная".
Патриархи: "А вот ты один осудил и изверг епископа Коломенского Павла не по правилам".
Никон: "Я его не изверг, а только снял с него пеструю мантию и сослал в монастырь под начало".
Патриархи: "Сослал его в монастырь, и там его мучили, и он из монастыря пропал без вести..."
Патриархи: "Для чего ты носишь черный клобук с херувимом и две панагии?"
Никон: "Черные клобуки носят греческие патриархи, и я от них взял, а херувим на клобуке ношу потому, что херувимы на белых клобуках у Московских патриархов. Две панагии ношу вот почему: с одной я отошел от патриаршества, а другую, как крест, в помощь себе ношу".
Архиереи: "Как отрекся Никон престола, то белого клобука с собою не взял, а взял простой греческий клобук, и ныне, однако ж, носит клобук с херувимом - то он собою учинил".
Патриархи: "Прежде ты не имел обычая носить пред собою знамение креста - откуда этому научился?"
Никон: "Крест есть победное знамя всех христиан против врагов видимых и невидимых".
Патриархи: "Правда, но как дерзнул ты, уже по отречении от престола и идя на суд, делать то, что не делал во время своего патриаршества?" Никон ничего не отвечал, и патриархи приказали своему архидиакону взять крест из рук Никонова дьякона, говоря: "Ни у кого из православных патриархов нет в обычае, чтобы пред ним носили крест; Никон взял то у латынников".
Патриархи вновь велели читать святые правила, а Никону сказали, чтобы он слушал.
Никон: "Греческие правила непрямые, печатали их еретики".
Патриархи: "Напиши и подпиши своею рукою, что наша Книга правил еретическая и правила в ней непрямые, и укажи, что именно в этой книге еретического". Никон никакой ереси в тех правилах не указал, и рукописания своего о том не дал. И патриархи говорили всем архиереям, греческим и русским, что греческие правила святы и православны. А архиереи, греческие и русские, сказали: "Которые правила читаны здесь - все православны".
Видя, что Никон не хочет подчиняться священным правилам, попытались подействовать на него авторитетом патриархов. И Макарий Антиохийский спросил его: "Ведомо ли тебе, что Александрийский патриарх - судия вселенский?"
Никон: "Там себе и суди. Но в Александрии и Антиохии ныне нет патриархов: Александрийский живет в Египте, Антиохийский в Дамаске".
Патриархи: "А где жили эти патриархи, когда утвердили вместе с двумя другими патриаршество в России?"
Никон: "Я в то время не велик был" (вернее, еще не родился).
Патриархи: "И тогда жили патриархи - Мелетий Александрийский и Иоаким Антиохийский в тех самых местах, где живем мы, и, однако ж, почитались истинными патриархами. Если же вы нас ради одного переселения не считаете законными патриархами, то так же незаконны были и те наши предшественники, а в таком случае нельзя считать законным и патриаршества в России, которое они утвердили". Государь спросил Никона: "Веришь ли ты всем Вселенским патриархам и что патриархи Александрийский и Антиохийский пришли к Москве по согласию с прочими патриархами? Вот свиток, подписанный их собственными руками". Никон посмотрел на подписи патриархов и сказал: "Я рук их не знаю".
Макарий Антиохийский: "То истинные руки патриаршеские". Никон Макарию: "Широк ты здесь, а как-то дашь ответ пред Константинопольским патриархом?" И все архиереи и бояре закричали к Никону: "Как ты не боишься Бога? Великого государя и патриархов бесчестишь и всякую истину ставишь во лжу". Антиохийский патриарх сказал: "Иногда и сатана по нужде говорит истину, а Никон истины не исповедует". Александрийский же патриарх, обратившись к Никону, произнес слова 84-го апостольского правила: "Аще кто досадит царю не по правде, да понесет наказание, и, аще таковый будет из клира, да будет извержен от священного чина".
После этого патриархи спросили архиереев и весь освященный Собор: какому наказанию подлежит патриарх Никон по канонам Церкви? И все архиереи, сперва греческие, потом русские, и весь освященный Собор отвечали: "Да будет извержен от священного чина".
Тогда оба патриарха, поднявшись с своих мест, от имени всех четырех Восточных патриархов и всего освященного Собора сказали Никону: "Ныне тебя, Никона, бывшаго патриарха, по правилам св. апостол и св. отец извержем, и отселе не будеши патриарх, и священная да не действуеши, но будеши, яко простой монах". И сказали ему главные вины его: а) ты патриаршеского престола отрекся с клятвою и отошел без всякой правильной вины, сердитуя на великого государя; б) ты писал ко Вселенскому Константинопольскому патриарху Дионисию, что на Руси престало соединение с св. Восточною Церковию, и от благословения святейших Вселенских патриархов отлучились, и приложились к Западному Костелу, и тем ты, Никон, святую православную (Русскую) Церковь обругал, и благочестивого государя царя и великого князя Алексея Михайловича, всея Великия, и Малыя, и Белыя России самодержца, и весь священный Собор, и всех православных христиан обесчестил, и назвал всех еретиками; в) ты же, Никон, и нас, истинных православных патриархов, бесчестил, называл не патриархами и правила соборные Церкви называл ложными, и враками, и будто еретики их печатали; г) да ты же, Никон, Коломенского епископа Павла без Собора, вопреки правил изверг, и обругал, и сослал в ссылку, и там его мучил, и он пропал безвестно - и то тебе извержение вменится в убийство".
Сказав Никону вины его, патриархи, замечает современная запись, "велели ему идти на подворье и быть там до указу. А как святейшие патриархи кир Паисий и кир Макарий бывшего патриарха судили, в то время великий государь стоял у своего государева места".
Приговор, произнесенный теперь над Никоном, был только словесный и указывал лишь главные вины его. Необходимо было, чтобы приговор был изложен в письмени, с возможною полнотою определял виновность Никона и подписан был всеми членами Собора. И патриархи еще пред выходом из последнего заседания дали приказ написать соборный приговор этот на двух языках, греческом и русском. Спустя два дня, именно 8 декабря, патриархи, как замечено в современной записи, сидели у государя три часа наедине. О чем совещались они, неизвестно. Но вечером того же числа, точнее, ночью под 9 декабря, Павел, митрополит Крутицкий, с доклада великого государя писал архимандриту рождественскому Филарету да дьяку Авраму Кащееву следующее: "Ведомо учинилось святейшим патриархам и всему освященному Собору, что Никон, бывший патриарх, находясь в монастырях Воскресенском, Иверском и Крестном, чинил градское наказание старцам тех монастырей, службникам, крестьянам и сторонним людям, приказывал бить их кнутьем, ломать им руки и ноги, а иных пытать и казнить казнями градскими, так что иные, пытанные и казненные, и померли. И вам бы розыскать накрепко тихим обычаем, чтоб нешумно было, кому именно из старцев и других людей в тех монастырях Никон чинил градское наказание, кого бил кнутом, у кого ломал руки и ноги, кого пытал и казнил градскими казнями, где ныне те люди и не умер ли кто из них, да и разыскать бы про все тихим образом и подлинно". Архимандрит Филарет и дьяк Кащеев отправились в Воскресенский монастырь, и скоро прислан был оттуда в Москву один из старцев, испытавших на себе тяжелую руку Никона, и представлен патриархам и всем архиереям. Это был духовник Никона старец Леонид, уже расслабленный и с избитыми ногами, около двух лет содержавшийся по приказанию Никона в сырой тюрьме под стражею, в тяжелых оковах и терпевший истязания. Он трогательно рассказывал, как и за что подвергнут был таким страданиям, и все не без слез внимали его рассказу. Это обстоятельство послужило новым обвинением против Никона, которое и внесли в составлявшийся тогда письменный о нем приговор.
Когда приговор был написан по-гречески и по-русски, состоялось 12 декабря осьмое, и последнее, собрание Собора, производившего суд над Никоном. Все архиереи и прочие духовные особы собрались не в столовой избе государя, а в кельях патриархов, в Чудовом монастыре, куда переехали они с прежней своей квартиры, с Кирилловского подворья, еще 25 ноября. От лица государя присланы были - сам он не пожаловал в это собрание - бояре: князь Никита Одоевский, князь Григорий Черкасский, князь Юрий Долгорукий, князь Иван Воротынский, думный дворянин Елеазаров, стольник князь Петр Прозоровский и многие другие чиновники. Патриархи послали епископа Мстиславского Мефодия и нижегородского Печерского монастыря архимандрита Иосифа позвать Никона, а сами со всеми духовными и светскими лицами отправились в церковь Благовещения Пресвятой Богородицы, находившуюся подле их келий над задними воротами Чудова монастыря. Здесь все архиереи, уже одетые в мантии, возложили на себя епитрахили, омофоры и митры, а архимандриты и игумены облачились в свои священные одежды. Как только вошел Никон в церковь, сделал поклонение иконам и по обычаю присутствующим в церкви, патриархи, совершив со всем духовенством краткое молебствие, приказали читать соборный приговор, или "Объявление о низложении Никона". Сначала приговор прочитан был по-гречески пресвитером и экономом великой Церкви Антиохийской Иоанном, а потом читан был громогласно по-русски Рязанским архиепископом Иларионом. Слушая последнее чтение, Никон, замечает Лигарид, по временам ворчал и подсмеивался. В этом письменном приговоре вины Никона указаны были подробнее и обстоятельнее, нежели прежде в приговоре словесном, и именно следующие: