1. Никон сам сложил с себя все архиерейское облачение среди великой Церкви, вопя: "Я более не патриарх Московский и не пастырь, а пасомый и недостойный грешник"; потом с великим гневом и поспешностию отошел и оставил свою кафедру и вверенную ему паству самовольно, без всякого понуждения и нужды, увлекаясь только человеческою страстию и чувством мщения к некоему члену синклита, ударившему его патриаршего слугу и прогнавшему от царской трапезы.
2. Никон хотя с притворным смирением удалился в созданный им монастырь будто бы на безмолвие, на покаяние и оплакивание своих грехов, но и там (вопреки 2-му правилу Собора, бывшего во храме святой Софии) совершал все архиерейское и рукополагал невозбранно и назвал тот свой монастырь Новым Иерусалимом и разные места в нем Голгофою, Вифлеемом, Иорданом, как бы глумясь над священными названиями, а себя хищнически величал патриархом Нового Иерусалима.
3. Хотя совершенно оставил свою кафедру, но коварно не допускал быть на ней иному патриарху, и государь, архиереи и синклит, понимая это лукавство, не осмеливались возвести на Московский престол иного патриарха, да не будут разом два патриарха, один вне столицы, другой внутри, и да не явится сугубое разноначалие, что и заставило государя пригласить в Москву Восточных патриархов для суда над Никоном.
4. Анафематствовал в неделю православия местных архиереев без всякого расследования и соборного решения и двух архиереев, присланных к нему от царя, назвал одного Анною, другого Каиафою, а двух бывших с ними царских бояр - одного Иродом, другого Пилатом.
5. Когда был позван нами, патриархами, на Собор дать ответ против обвинений, то пришел не смиренным образом и не переставал осуждать нас, говоря, что мы не имеем своих древних престолов, а обитаем и скитаемся, один в Египте, другой в Дамаске.
6. Наши суждения, изложенные в свитке четырех патриархов против его проступков, и приведенные там святые правила называл баснями и враками; отвергал вообще вопреки архиерейской присяге правила всех Поместных Соборов, бывших в православной Церкви после Седьмого Вселенского Собора, а наши греческие правила с великим бесстыдством именовал еретическими потому только, что они напечатаны в западных странах.
7. В грамотах своих к четырем Восточным патриархам, попавших в руки царя, писал, будто христианнейший самодержец Алексей Михайлович есть латиномудреник, мучитель, обидчик, Иеровоам и Озия.
8. В тех же грамотах писал, будто вся Русская Церковь впала в латинские догматы и учения, а особенно говорил это о Газском митрополите Паисии, увлекаясь чувством зависти.
9. Низверг один, без Собора, Коломенского епископа Павла и, рассвирепев, совлек с него мантию и предал его тягчайшему наказанию и биению, от чего архиерею тому случилось быть как бы вне разума, и никто не видел, как погиб бедный, зверями ли растерзан или впал в реку и утонул.
10. Даже своего отца духовного велел безжалостно бить и мучить целые два года, вследствие чего он сделался совершенно расслабленным, как то мы сами видели своими глазами, и, живя в Воскресенском монастыре, многих людей, иноков и бельцев, наказывал градскими казнями, приказывая одних бить без милости кнутами, других палками, третьих жечь на пытке, и многие от того умерли, как свидетельствуют достоверные свидетели.
"Узнав из всего этого, - продолжали патриархи вместе со всем Собором в своем приговоре, - что Никон действовал не по-архиерейски и с кротостию, а неправедно и тиранически, мы на основании канонов святых апостолов и святых Соборов, Вселенских и Поместных, совершенно низвергли его от архиерейского сана и лишили священства, да вменяется и именуется он отныне простым монахом Никоном, а не патриархом Московским, и определили назначить ему местопребывание до конца его жизни в какой-либо древней обители, чтобы он там мог в совершенном безмолвии оплакивать грехи свои". Надобно заметить, что приговор, прочитанный над Никоном, не был еще подписан никем, он подписан, как увидим, членами Собора уже впоследствии, спустя более месяца, и что последняя статья, касающаяся духовника Никонова, внесена в приговор после прочтения его, потому что духовник этот представился Собору только 13 декабря. По прочтении приговора патриархи велели через переводчика Никону, чтобы он снял с себя клобук с жемчужным серафимом, но Никон не согласился. Тогда Александрийский патриарх как судия вселенский тихо подошел к Никону и сам снял с головы его патриарший клобук, а надел на нее простой клобук, который снял с находившегося вблизи греческого монаха. Потом сняли патриархи с Никона и сребропозлащенную панагию, украшенную жемчугом и другими драгоценными камнями, и Никон сказал: "Возьмите все это себе, бедные пришельцы, и разделите на ваши нужды". Но патриархи не взяли, а передали как клобук, так и панагию Никона стоявшему при нем монаху его Марку. "Возьмите и мою мантию, если желаете", - сказал Никон. "Следовало бы, - отвечали ему, - снять с тебя теперь же и архиерейскую мантию, но по сильному ходатайству великого государя дозволяем тебе носить ее, пока не прибудешь в назначенную тебе для жительства обитель". Т. е. мантии и посоха не взяли теперь у Никона, "страха ради всенародного". Наконец, объявив ему, что он уже не патриарх, а простой инок и должен идти на место своего покаяния в Ферапонтову обитель в Белозерских пределах, отпустили его из церкви.
Сохранилось хотя краткое, но драгоценное суждение о суде и приговоре над Никоном одного из лиц, участвовавших в этом суде и подписавших этот приговор, именно Черниговского епископа Лазаря Барановича, мужа, сколько просвещенного, столько же благочестивого и не имевшего никаких побуждений относиться к Никону неприязненно и несправедливо. В письме своем к киево-печерскому архимандриту Иннокентию Гизелю тотчас по возвращении с Московского Собора Баранович писал: "Бывшего патриарха низложило собственное ему упорство. Он самовольно отказался от престола, всенародно, в виду клира и народа, сложил с себя патриаршеские отличия, и что он сам отказался, в том дерзновенно и признание учинил, слагая причину удаления своего с престола на гнев царский, но смирение все бы победило. Надобно было изумляться благодушию и кротости царя: заливаясь слезами, он исторгал слезы у зрителей. Доказано было со стороны царя, что Никон, не подвергаясь никакому преследованию, незаконно оставил свою паству. Смирение одержало бы верх, но оно вовсе оскудело: в порыве гнева Никон укорял и Восточных патриархов в том, что они, лишившись своих престолов, беззаконно требуют его к суду, - всех против себя восставил... Изложены были (пред Собором) противозаконные его поступки, жестокое управление его клиром, низвержение им собственною своею властию одного епископа, что послужило причиною скоропостижной смерти его от умопомешательства. Приговор Собора прочитан был всенародно, сперва на греческом, а потом на славянском языке, в домовой церкви у патриархов. После того велели Никону снять свой клобук, украшенный серафимом, но он не послушался. Тогда Александрийский патриарх как вселенский судия сам сбросил с него клобук и надел на него простой, дабы показать, что с этого времени он монах-простец. Зрелище было изумительное для глаз и ужасное для слуха. Я страдал и издыхал от ударов, переносил ужасы и упал духом, когда погасло великое светило".
Выходя из церкви, в которой выслушал соборный приговор над собою, Никон говорил вслух народа, толпившегося вокруг: "Погибла ты, правда, господствует ложь; не следовало тебе, Никон, так смело говорить правду царю и боярам, а льстить бы им и угождать, и ты не дожил бы до такого осуждения". Сел в свои сани и в сопровождении двух архимандритов, назначенных от Собора, и своих приближенных отправился на подворье, где проживал. На другой день ранним утром пришел к Никону от царя окольничий Иродион Стрешнев и принес серебряных денег и различных одежд, собольих и лисьих, для дороги. Но Никон ничего не принял и велел возвратить царю. Стрешнев сказал еще Никону, что царь просит у него благословения себе, царице и всему своему дому. Никон отвечал: "Если бы благоверный царь желал от нас благословения, он бы не явил нам такой немилости" - и благословения царю не дал. Пришли затем посланные от патриархов и всего Собора взять у Никона его клобук и панагию, врученные вчера его монаху Марку, и Никон велел отдать, а архиереи передали тот клобук и панагию в соборную церковь, в патриаршую казну. Пришел, наконец, от царя полковник Аггей Шепелев и сказал Никону, что назначен провожать его в Ферапонтов монастырь и что велено немедленно отправляться в путь. В Кремле собралось множество народа, но между собравшимися пустили слух, что Никон поедет из Кремля в Спасские ворота по Сретенке, и, когда народ отхлынул в Китай-город, чтобы там удобнее видеть проезд Никона, его быстро повезли из Кремля в Арбатские ворота на Каменный мост. Двести стрельцов с своими начальниками сопровождали поезд за самый Земляной город, а отсюда поехал провожать Никона только полковник Шепелев с пятьюдесятью стрельцами. С Никоном отправились из Москвы в Ферапонтов монастырь два иеромонаха, два иеродиакона, один монах и два человека-бельца, а патриархи и Собор с соизволения государя велели ехать вслед за Никоном нижегородскому печерскому архимандриту Иосифу и как в дороге, так и по приезде в монастырь строго наблюдать, чтобы Никону никакого оскорбления никто не чинил, а сам Никон никаких писем не писал и никуда не посылал. К 21 декабря Никон прибыл с своими спутниками в Ферапонтов монастырь еще до рассвета и встречен был одним лишь игуменом, который и отвел ему для помещения две больничные кельи, так как все прочие кельи монастыря повреждены были незадолго пред тем случившимся пожаром. С наступлением утра к Никону явились сопутствовавшие ему архимандрит Иосиф и полковник Шепелев и объявили, что по указу царскому и благословению патриархов и Собора они должны взять от него, Никона, архиерейскую мантию и посох. Никон отдал без всякого прекословия, и мантия и посох отправлены были в Москву с одним ферапонтовским иеромонахом, а сами архимандрит Иосиф и полковник Шепелев с стрельцами остались жить при Никоне для охраны его впредь до государева указа.