В следующее воскресенье, 3 февраля, предполагали совершить наречение новоизбранного патриарха, но за продолжавшеюся болезнию Паисия Александрийского это было до времени отложено. А между тем в этот самый день, в который пришлась неделя о блудном сыне, состоялось под председательством Макария заседание Собора, на которое позваны были оба запрещенные архиереи, Павел Крутицкий и Иларион Рязанский. Выслушав наставление от Макария, они с раскаянием поверглись пред ним ниц, и он благословил их и изрек им полное прощение и разрешение. Все архиереи были рады, приветствовали их и братски лобызали. На другой день государь посетил патриархов, что делал он нередко, с целию испросить у них благословения, а патриархи во время его посещения пригласили к себе обоих накануне прощенных владык. И государь, сделав им с своей стороны сильный выговор за оказанное сопротивление власти, также простил их и отпустил с миром.
Когда Александрийский патриарх Паисий несколько поправился от своей болезни, то 8 февраля совершено было в палате у патриархов наречение новоизбранного Московского патриарха по Чиновнику; 9 февраля, после вечерни в Успенском соборе совершено благовестие новонареченного по тому же Чиновнику, а 10 февраля, в неделю мясопустную, и самое посвящение, или поставление, новонареченного в сан патриарха в Успенском соборе. В этот день по уставу пришлось быть "действу Страшного суда", и действо совершил патриарх Макарий пред литургиею на площади за алтарем Успенского собора в присутствии самого государя. Затем началась литургия, и обычным порядком происходило поставление Иоасафа на патриаршество. Ставили оба патриарха, Паисий и Макарий, с прочими архиереями, но Паисий, еще чувствовавший себя слабым, литургии не служил. По окончании литургии новый патриарх на амвоне посреди церкви говорил благодарственные речи сперва государю, потом патриархам, которые отвечали ему также речами. Патриархи возложили на него блестящую мантию, белый клобук с вышитыми золотом серафимами и драгоценную панагию, подаренные государем, а сам государь вручил своему новому патриарху пастырский жезл и поцеловал его руку. Стол по обычаю был у государя; новый патриарх вставал из-за стола и с крестом в руках ездил вокруг Кремля, только не на осляти, а в санях, вероятно, по причине холода. На другой день, в понедельник сырной недели, выслушав литургию в своей домовой церкви вместе со всеми архиереями, патриарх Иоасаф ездил также на санях вокруг Белого города и давал стол для всех властей в своей крестовой палате. На третий день, 12 февраля, день памяти святителя Алексия, совершал литургию в Чудовом монастыре с патриархом Макарием и другими архиереями и имел вместе со всеми властями стол у государя. На четвертый день ездил с крестом в санях вокруг остальной половины Белого города и давал в своей крестовой палате стол для обоих патриархов и для бояр. Этим и окончились обыкновенные церемонии, сопровождавшие поставление нового патриарха. Москва радовалась и торжествовала, что наконец Господь даровал ей первосвятителя, которого столько времени она не имела.
Патриархи Паисий и Макарий вместе со всеми другими архиереями, участвовавшими в рукоположении Иоасафа, дали ему настольную грамоту, весьма обширную. В первой, исторической, части грамоты патриархи рассказывали: мы пришли в царствующий град Москву в ноябре 1666 г., и причиною тому был Никон. Он в 10-й день июля 1658 г. самовольно оставил свой патриаршеский престол и отрекся патриаршеской власти, возжелав проводить тихое и безмолвное житие в Воскресенском монастыре. И хотя государь чрез своих бояр и окольничих, архиереи, весь освященный Собор и множество народа умоляли его не покидать патриаршего престола, но он отвечал, что не хочет более быть пастырем, а хочет быть пасомым и внимать самому себе. Все это видно из соборного деяния бывшего еще до нашего пришествия в Москву Собора русских архиереев и из собственноручного письма самого Никона, которое он прислал в январе 1665 г. к царю государю и в котором говорил, чтобы царь и священный Собор избирали и поставили себе иного патриарха, кого хотят, и что он, Никон, уже не будет именоваться Московским патриархом. Мы со всеми архиереями, русскими и греческими, много времени обсуждали это соборное деяние и это письмо Никона и, приняв во внимание, что Русская Церковь уже восемь лет и семь месяцев вдовствует без пастыря, признали за благо на основании Божественных правил избрать и действительно избрали, рукоположили и возвели на патриаршеский престол царствующего града Москвы мужа достойного, незлобивого, премудрого и святого, архимандрита Троицкой Сергиевой лавры Иоасафа, призвав его к тому "с великим принуждением". Затем во второй, и последней, части грамоты патриархи призывали Русскую Церковь и всех чад ее к духовной радости, довольно подробно излагали права и обязанности новопоставленного патриарха и, наконец, обязанности по отношению к нему как верховному архипастырю архиереев и всего духовенства, бояр, князей и всех православных христиан.
Едва прошло две недели со времени поставления патриарха Иоасафа и окончилась первая седмица Великого поста, как вновь открылись заседания Большого Московского Собора. Во вторник второй седмицы поста, в день святого Порфирия, епископа Газского, 26 февраля, в кельи патриархов Паисия и Макария пришел государь с патриархом Московским Иоасафом, со всеми епископами и с знатнейшими из своих бояр и сам предложил Собору несколько вопросов, требовавших его обсуждения и решения. За этим заседанием, на котором еще не было сделано никакого постановления, а епископы только совещались между собою, последовали и другие заседания в марте, апреле, мае, июне и позднее, хотя дни заседаний большею частию остались неизвестными. Где и каким образом происходили заседания, известий также не сохранилось, но зато сохранились самые постановления Собора. Одни из них изложены от лица всего Собора, а другие от лица только двух патриархов, Паисия и Макария, то в виде правил, то в виде ответов на вопросы, то в виде толкований, но приняты всем Собором. Постановления эти сначала писались отдельно одно от другого, на особых свитках и скреплялись подписями отцов Собора, а потом переписаны были вместе, в одной книге под заглавием "Книга соборных деяний", расположены в одиннадцати главах и вновь подписаны отцами Собора. Рассматривать эти постановления по порядку глав в книге представляется неудобным, потому что постановления расположены здесь не в хронологическом порядке, и, тогда как, например, в первой главе помещено постановление 13 мая, в шестой находится постановление 15 марта. Да и расположить ныне эти постановления в хронологическом порядке не представляется возможности, потому что на некоторых совсем не означено ни дня, ни месяца, когда они состоялись, а на других означен только месяц, когда они состоялись или когда были подписаны. Потому мы считаем за лучшее расположить постановления Собора 1667 г., находящиеся в "Книге соборных деяний", по предметам и сначала рассмотреть постановления, относившиеся к бывшему патриарху Никону и послужившие как бы окончанием соборного суда над ним; потом - постановления против русского раскола, послужившие продолжением и окончанием таких же постановлений Собора 1666 г.; наконец, постановления, направленные против разных других нестроений и недостатков Русской Церкви и послужившие к ее благоустройству.
Постановлений первого рода, т. е. относившихся к бывшему патриарху Никону, весьма немного: всего четыре.
Одним из них было осуждено и отменено распоряжение Никона, сделанное еще в конце 1655 г., чтобы в день Богоявления водосвятие совершалось только однажды, в навечерис праздника, а на самый праздник в другой раз отнюдь никем не совершалось под опасением проклятия. Против этого патриархи Паисий и Макарий в своих правилах, предложенных на Соборе, сказали: "Повеление и клятву, которую нерассудно положил Никон, бывший патриарх, о действе освящения воды на св. Богоявление, разрешаем, разрушаем и ни во что вменяем, а повелеваем и благословляем творить по древнему обычаю св. Восточной Церкви и по преданию святых и богоносных отцов в навечерие праздника освящение воды в церквах и после утрени - на реке, как повелевают и все церковные уставы" (гл. 2. Прав. 23).