Другим постановлением Собора осуждено и отменено распоряжение Никона, сделанное в 1656 г., чтобы разбойников и татей, осужденных на смерть, священники не только не удостаивали святого причастия, но и не допускали к исповеди. Это распоряжение патриарха назвали "еретическим и пребеззаконным" и, приведши правила святых апостолов (52), святых Соборов: Лаодикийского (2), Карфагенского (46 и 55), Никейского (13), Анкирского (76) и святых отцов: Василия Великого (55) и Григория Нисского (5), заключили: "Отныне осужденные на казнь разбойники и тати, которые будут каяться, да исповедаются священниками и да причащаются Св. Христовых Тайн" (гл. 4. Вопрос и ответ 1).
Третье постановление касалось монастырей строения Никонова, их приписных монастырей и вотчин. Настоятели разных монастырей в прежние годы не раз жаловались государю на Никона, что он взял себе их вотчины, соляные варницы, рыбные ловли и всякие угодья на мену и без мены и из чужих епархий некоторые монастыри с вотчинами приписал к монастырям своего строения, Иверскому, Крестному и Воскресенскому, и просили те вотчины возвратить прежним монастырям, а приписные монастыри вновь сделать самостоятельными и оставить каждый в прежней епархии. Государь предложил патриархам и всему Собору рассудить о том по святым правилам и учинить указ. Патриархи со всем Собором, рассмотрев правила святых апостолов 34, Собора Карфагенского 26 и 33, Седьмого Вселенского Собора 12, святого Кирилла Александрийского 2, определили:
1. монаха Никона, как неправильно поступившего, осуждаем. По приведенным святым правилам он не имел права сам, без Собора архиереев, менять вотчины патриаршего дома, Коломенской епископии и разных монастырей, а также приписывать монастыри с вотчинами к монастырям своего строения. И если на все это он выпросил у государя жалованные грамоты, и притом с написанною в них клятвою, то также поступил незаконно, утаив от государя вышеприведенные святые правила. Почему мы те грамоты вменяем не в грамоты и ту клятву государю прощаем и разрешаем.
2. Монастыри Иверский, Крестный и Воскресенский, которые монах Никон во время своего патриаршества основал и построил без совета всего освященного Собора, неправильно, мы ради прошения великого государя вменяем отныне за монастыри, и утверждаем, и принимаем в чин правильно созданных монастырей.
3. На те вотчины, которые пожаловал государь этим монастырям, благоволит он вновь пожаловать свои грамоты, как ему, государю. Бог известит.
4. Вотчины, которые взял Никон из патриаршего дома, из Коломенской епископии и из разных монастырей на мену и без мены в монастыри своего строения, должны быть возвращены туда, откуда взяты, а купленные Никоном вотчины, которые он отдавал на промен в патриарший дом, должны быть переданы монастырям Никонова строения, какая которому пристойна.
5. Монастырям, которые с их вотчинами Никон приписал из иных епархий к монастырям своего строения, впредь оставаться в прежних епархиях под властию прежних своих архиереев, но вотчинами тех монастырей владеть не архиереям, а самим монастырям.
6. Монастыри строения Никонова должны состоять каждый в той епархии, в которой построены, под властию местных архиереев.
7. Меновые крепости на вотчины, которые по приказу Никона его приказные люди и монастыри его строения променивали на вотчины других монастырей, вменяем не в крепости. В заключение Собор перечислил по именам все те вотчины, какие должны оставаться за каждым из монастырей строения Никонова, Иверским, Крестным и Воскресенским (гл. 11). Это постановление, как замечено в самом его начале, состоялось в апреле.
Наконец, четвертое постановление вызвано было вопросом: "Как быть тем, кого Никон, находясь в Воскресенском монастыре, посвятил в архимандриты, игумены, попы и дьяконы для монастырей своего строения?" Патриархи дали ответ: "Тем архимандритам, игуменам, попам, дьяконам и всему церковному причту быть в том чине, кто во что посвящен, потому что все те церковники посвящены Никоном прежде извержения его с патриаршества, но впредь по извержении его никому от монаха Никона ни в какой священный чин не посвящаться" (гл. 7. Ответ на вопрос 5). Самому Никону, как мы видели. Собор вменил в вину то, что он, отошедши с своей кафедры в Воскресенский монастырь, священнодействовал там по-архиерейски и посвящал на разные церковные степени, но посвященных тогда Никоном не лишил сана.
Осудил Большой Собор Московский самого патриарха Никона, осудил некоторые его распоряжения и действия, но не осудил важнейшего из его деяний - исправления церковных книг. Напротив, вполне одобрил и утвердил для всеобщего употребления исправленные по его распоряжению и напечатанные книги, а осудил тех, которые не хотели принимать этих книг и из-за них хулили Церковь, называли ее еретическою, отказывались повиноваться ей и чрез то самовольно отделялись от нее. Главное постановление Большого Собора об этом находится в первой главе книги соборных деяний под заглавием "Предел освященного Собора" и состоит из двух частей. В первой части говорят от себя одни только русские святители с архимандритами, игуменами и протопопами, действовавшие на Соборе 1666 г., повторяя дословно то же самое, за небольшими сокращениями, что прежде сказали об этом в своем общем определении, или "Наставлении", которое мы рассматривали в своем месте. Потом повторяют, большею частию также дословно, из того же "Наставления", что они долгое время подробно сличали новоисправленные печатные книги с старыми харатейными славянскими книгами и не нашли в первых ничего поврежденного и противного православной вере, напротив, обрели их во всем согласными с теми харатейными книгами. И наконец, присовокупляют: "Когда же благодатию Божиею по приглашению благочестивейшего государя прибыли в Москву святейшие патриархи Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий, мы, весь освященный Собор Всероссийский, возрадовались и известили их о всех наших соборных делах. И они, святейшие патриархи, признали наши соборные дела и рассуждения истинными и правыми и своим благословлением благословили и утвердили. А когда Господь даровал нам и своего патриарха, святейшего Иоасафа, мы представляли и ему те наши соборные деяния и писания на рассмотрение и утверждение, и он своим архипастырским благословением утвердил, как и патриархи Паисий и Макарий, согласно во всем". Во второй части под особым названием "Изречение" говорят от себя уже все архиереи, составлявшие Большой Собор 1667 г., т. е. все три патриарха с митрополитами, архиепископами и епископами, русскими и греческими, и прочими духовными лицами. Что же говорят? Они повторяют ту же самую заповедь архимандритам, игуменам, протопопам, поповским старостам, всему духовенству и всем православным христианам, какую изложил в своем "Наставлении" Собор 1666 г. И именно заповедуют и повелевают, чтобы все и во всем, без всякого сомнения и прекословия покорялись святой Восточной апостольской Церкви и, в частности, чтобы принимали новоисправленные и напечатанные при Никоне и после него Служебники, Требники и прочие церковные книги, и по ним правили все церковные службы чинно, немятежно и единогласно, и пели на речь; чтобы Символ веры содержали неизменно без прибавления "истиннаго", аллилуйю говорили трижды и потом "слава Тебе, Боже", крестное знамение на себе творили тремя перстами, молитву Иисусову в церковном пении и общем собрании произносили: "Господи Иисусе Христе, Боже наш, помилуй нас", а наедине, кто как хочет, и чтобы священники благословляли народ перстосложением именословным. Засвидетельствовав таким образом полное свое согласие и как бы единство с Собором 1666 г., Большой Московский Собор выразил в том же своем "Изречении" уже от себя следующее: "Сие наше соборное повеление и завещание повелеваем всем хранить неизменно и покоряться св. Восточной Церкви. Если же кто не послушает нашего повеления и не покорится св. Восточной Церкви и сему освященному Собору или начнет прекословить и противиться нам, мы такового противника данною нам властию, если будет от священного чина, извергаем и предаем проклятию, а если будет от мирского чина, предаем проклятию и анафеме как еретика и непокорника и от Церкви Божией отсекаем, дондеже уразумится и возвратится в правду покаянием". Очевидно, Большой Собор изрек анафему только на людей, которые не покорялись Церкви и сопротивлялись ей тем, что не хотели принять ее новоисправленные книги и обряды, называя их еретическими, но вовсе не изрекал анафемы или проклятия на самые книги старопечатные и мнимо старые обряды, которых держались эти люди, противники Церкви, да и на них наложил анафему только до тех пор, пока они не образумятся и не покаются. Относительно же излюбленных ими обрядов, которые отнюдь не старые, и утверждены большею частию только в половине XVI в. на Стоглавом Соборе, и потом внесены в старопечатные книги. Большой Собор под конец того же своего "Изречения" высказался так: "Что касается бывшего при царе Иване Васильевиче и Московском митрополите Макарии Собора, написавшего в книге Стоглаве о сложении двух перстов, о сугубой аллилуйе и о прочем нерассудно, простотою и невежеством и положившего клятву (на не крестящихся двумя перстами) без рассуждения и неправедно, то мы, православные патриархи, со всем освященным Собором ту неправедную и безрассудную клятву разрешаем и разрушаем и тот Собор вменяем не в Собор, как бы он и не был, потому что Макарий митрополит и бывшие с ним мудрствовали по своему неведению безрассудно, как хотели, сами собою, не согласясь с древними харатейными книгами, греческими и славянскими, и не посоветовавшись с Вселенскими патриархами. К тому же заповедуем, чтобы писанному в житии преп. Евфросина от сонного мечтания списателева о сугубой аллилуйе никто не верил, ибо все то писание лживое и писано от лживого писателя на прельщение благочестивым людям". Т. е. о мнимо старых обрядах Большой Московский Собор сказал только, что они несогласны с древними харатейными, греческими и славянскими, книгами и приняты при митрополите Макарии в Русской Церкви по невежеству, самовольно, без сношения с Восточными патриархами. Изложенное нами постановление свое, или "Предел", отцы Собора утвердили своими подписями и положили в вечное воспоминание в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы в 13-й день мая 1667 г., а для всеобщего сведения и руководства верующим напечатали при Служебнике того же 1667 г.