Собор, впрочем, не ограничился одним этим общим постановлением против раскольников, а в пояснение и как бы оправдание его сделал еще несколько частных постановлений. Так, в третьей главе книги соборных деяний находим "Толкование" патриархов Паисия и Макария, принятое всем Собором, об аллилуйе, о знамении святого креста, о святом Символе и о молитве Иисусовой. Здесь патриархи объясняли, почему надобно троить, а не двоить аллилуйю с прибавлением "слава Тебе, Боже", и сделали несколько критических замечаний на житие преподобного Евфросина и другие свидетельства, приводимые ревнителями сугубой аллилуйи; объясняли, почему надобно креститься тремя, а не двумя перстами, и сделали замечания против известных свидетельств, приписываемых святому Мелетию и блаженному Феодориту и доказывали, что Символ веры должно читать без прилога "истиннаго", а в молитве Иисусовой при церковном употреблении следует произносить "Боже наш", хотя не запрещали произносить и "Сыне Божий". В десятой главе той же соборной книги изложено "Увещание" от лица всех отцов Собора касательно Стоглавого Собора. Отцы говорили, что, желая принести "во единство и согласие веры и чина Великороссийскую Церковь со святою Восточною Церковию", они имели полное право отменить некоторые погрешности, принятые на Стоглавом Соборе и произведшие несогласие между этими Церквами, и в доказательство привели несколько примеров из Кормчей, как и в древности последующие Соборы исправляли и отменяли постановления предшествовавших, меньших. Соборов. А к тому присовокупили, что постановления Стоглавого Собора сделаны только русскими архиереями и не свидетельствованы ни Вселенским, ни прочими патриархами. В правилах, изложенных во второй главе соборной книги, патриархи Паисий и Макарий вместе со всем Собором: а) заповедали, чтобы крестные ходы вокруг церкви в Великую субботу с плащаницею и при освящении церквей с святыми мощами совершаемы были не по солнцу, как делают раскольники, а против солнца, по обычаю святой Восточной Церкви и согласно с тем, как и обхождение престола при хиротонии дьяконов и священников и каждение вокруг престола совершаются не по солнцу, а против солнца (правило 12); 6) запретили верить статье, составленной каким-то раскольником, тайным еретиком армянской веры, и напечатанной в следованной Псалтири и других книгах, о сложении перстов для крестного знамения по обычаю армянскому и повелели совсем исключить эту статью из печатных и рукописных книг (правило 22); в) повелели исправленный при Никоне и напечатанный Служебник, который теперь вновь прилежно был свидетельствован от всего освященного Собора, печатать и впредь и совершать по нем священнодействие без всякого прибавления, отъятия и перемены (правило 24); г) похвалили книгу "Скрижаль", переведенную с греческого и напечатанную при Никоне (правило 26); д) утвердили своим согласием известное послание Константинопольского патриарха Паисия в ответ на вопросы Никона о некоторых делах церковных (правило 26); е) одобрили книгу "Жезл правления", составленную и напечатанную тогда на обличение попов Никиты, Лазаря и их единомышленников (правило 27). Наконец, патриархи Паисий и Макарий в числе вопросов, предложенных им Московским патриархом и прочими русскими архиереями, решили и следующий вопрос: "Подобает ли еретиков и раскольников наказывать градским законом или только церковным наказанием?" "Ей, подобает наказывать их и градскими казнями", - отвечали патриархи. "На Втором Вселенском Соборе, бывшем в Константинополе при благочестивом царе Феодосии Великом на духоборца Македония, богоносные отцы по извержении и проклятии его последователей, 36 злочестивых епископов, определили наказать их и градским законом. И повелением царя Феодосия их били говяжьими жилами, позорили и, посадив на верблюдов, возили по торжищу, а потом сослали в сирский город Емекин, где они и скончались. На Четвертом Вселенском Соборе, Халкидонском, бывшем при благочестивом царе Маркиане на Диоскора и Евтихия и их последователей, богоносные отцы числом 630 вместе с царем повелели истребить огнем злочестивые книги этих еретиков, а их самих наказать говяжьими жилами, суковатыми палками и темницами и взять с них на царя по десяти гривен золота. Пятый Вселенский Собор, бывший при благочестивом царе Иустиниане Великом в Константинополе на Оригена и его единомышленников, по извержении и проклятии их повелел вместе с царем наказать злочестивых и по градскому закону разными томлениями и муками: одним отрезали языки, другим отсекли руки, иным уши и носы и позорили их на торжище, потом сослали в заточение до конца жизни... Много и других подобных примеров записано в церковных историях и в книге Арменопула, чего для краткости не приводим. Из всего этого узнаем, что еретики и раскольники должны быть наказываемы не только церковным наказанием, но и царским, т. е. по градскому закону". Этот ответ патриархов принят был всем Собором и внесен в книгу соборных деяний (гл. 7. Вопросы и ответы 4).
Таким образом, что начал Московский Собор 1666 г. по отношению к расколу, то окончил Большой Московский Собор 1667 г. Первый призывал одного за другим расколоучителей, выслушивал и обличал их учение, убеждал их покаяться и, кто не хотел каяться и покориться Церкви, тех, каждого порознь, предавал анафеме и отсылал под начало или даже в заключение в какой-либо монастырь. Последний Собор произнес общий приговор, общую анафему на всех последователей раскола и постановил по примеру древней Церкви общее правило - подвергать их наказанию не только церковному, но и по градским законам. И нельзя не признать, что эта общая анафема на раскольников была неизбежна и совершенно справедлива. Раскольники еще прежде, до соборной на них анафемы, сами, так сказать, изрекли на себя анафему и отсекли себя от Церкви. Сущность их учения, как уже достаточно открылось из их писаний и словесных заявлений на Соборе 1666 г., состояла не в том только, что они хотели держаться одних старопечатных книг и мнимо старых обрядов и не покорялись Церкви, не принимали от нее новоисправленных печатных книг, но вместе и в том, что они считали эти последние книги исполненными ересей, самую Церковь называли еретическою и утверждали, что Церковь более не Церковь, архиереи ее не архиереи, священники не священники и все ее таинства и чинопоследования осквернены антихристовою скверною; раскольники не только противились Церкви, но совсем отрицали ее, отрицались от нее и по своим убеждениям были уже совершенно отделены от нее. Необходимо было, чтобы и Церковь с своей стороны всенародно объявила, что она не признает их более своими чадами, т. е. чтобы она анафематствовала и отсекла от себя тех, которые еще прежде самовольно отпали от нее и сделались ее врагами. Со времени этой-то анафемы, произнесенной на раскольников Большим Московским Собором, и начал существовать в России раскол как особое общество верующих, именующих себя старообрядцами, совершенно отдельное от православной Церкви и враждебное ей. Не Церковь отвергла их и отвергает, но они сами еще прежде отверглись Церкви и не перестают упорно отвергать ее, называя ее в своем жалком ослеплении духовною блудницею, а всех верных чад ее, всех православных, - сынами беззакония, слугами антихриста.
Кроме раскола, производившего смуты и нестроения в Русской Церкви, немало было в ней и других нестроений и вообще недостатков, требовавших соборного уврачевания. На одни из этих недостатков обратил внимание Восточных патриархов, Паисия и Макария, сам государь; на другие указывали русские архиереи; некоторые же недостатки замечены были самими патриархами. И вследствие этого они вместе со всем Собором постановили для Русской Церкви множество определений и правил, касавшихся: а) ее управления и суда, б) богослужения и в) духовенства.
По отношению к церковному управлению и суду сами патриархи заметили тот недостаток, что в России не соблюдалось древнее апостольское и соборное правило: да собираются дважды или по крайности однажды в лето архиереи каждой страны ради исправления церковных дел. "В здешних странах Великороссийского государства, - сказали патриархи, - не обыкли архиереи собираться часто, и творить Соборы, и исправлять священнические распри и прочее, отчего и учинилось столько раскольников и мятежников, возмутивших все государство, погубивших многие души и прельстивших едва не весь народ. Потому весьма подобает, чтобы архиереи Российского государства как можно чаще собирались в царствующий град Москву ради всяких добрых совещаний и исправления нужных церковных дел" (гл. 2. Правило 41).
Другой важный недостаток в Русской Церкви, способствовавший также распространению в ней раскола, состоял в малочисленности архиерейских кафедр и излишней обширности некоторых из существовавших уже епархий. На этот недостаток указал отцам Собора сам государь и велел предложить им грамоту Московского Собора, бывшего при царе Федоре Ивановиче, об учреждении патриаршества и устроении других архиерейских кафедр в России. Грамота была прочитана. Узнав из нее, что тогда было положено быть в Русской Церкви осьмнадцати епархиям кроме патриаршей, и именно: четырем митрополиям, шести архиепископиям и осьми епископиям - и назначены самые места для них, отцы Собора с радостью согласились открыть те из этих епархий, которые доселе не были открыты, а некоторые из предположенных тогда епархий, открыты ли они или еще не открыты, возвести из епископий в архиепископии и определили: учредить епископские кафедры в Ржеве Володимирове, на Белеозере и в Дмитрове и архиепископские в Нижнем Новгороде и Великом Устюге, а епископии, уже существовавшие, в Чернигове и Коломне возвести в архиепископии. Затем с соизволения государя или даже по заявленному им желанию возвели на степень митрополий архиепископии: Астраханскую, Рязанскую, Тобольскую - и учредили новую митрополию в Белгороде, куда и назначили митрополитом известного Сербского митрополита Феодосия, проживавшего в Москве при Архангельском соборе; утвердили архиепископство в Пскове и положили учредить архиепископские кафедры в Архангельске и на Холмогорах; утвердили епископскую кафедру в Вятке и благословили учредить такие же кафедры в Перми, Томске и на Лене и вообще благословили поставлять митрополитов, архиепископов и епископов в те города, где по усмотрению государя и Московского патриарха с прочими архиереями признано будет то нужным, "да управляется и расширяется православием в род и род богохранимое Российское царство". Наконец, определили, чтобы в епархиях некоторых митрополитов существовали подручные им епископы, и именно в епархиях: Новгородской - один епископ в Каргополе, другой в Городецке или Устюжне, Казанской - в Уфе, Ростовской - в Угличе, Крутицкой - в Ливнах, Рязанской - в Воронеже и другой в Тамбове - и чтобы эти епископы жили в назначенных им городах и монастырях, владели вотчинами тех монастырей и все творили по благословению и повелению своих митрополитов, а без воли их ничего не творили, кроме священнодействия, хиротонии и прочего, что дозволяют святые правила. Постановление это утверждено подписями отцов Собора в июне 1667 г. (гл. 8).