Были еще два весьма важные недостатка в нашем церковном управлении и суде. Первый состоял в том, что как у патриарха в его приказах, так и у прочих архиереев все епархиальные дела ведали и решали преимущественно, если не исключительно, архиерейские бояре и другие светские чиновники. Такой обычай, утвердившийся у нас еще до Стоглавого Собора, оставался в силе и после него, хотя Стоглавый Собор и постановил, чтобы при каждой архиерейской кафедре существовал суд из духовных лиц кроме суда боярского, которому назначен был особый круг дел. Против этого глубоко укоренившегося у нас недостатка отцы Большого Московского Собора определили: "В патриаршем доме быть духовному человеку, архимандриту, с другими искусными мужами, и судить им в духовных делах духовные лица священнического и монашеского чина, да не привлекают отныне священников и монахов в мирские судилища и да не судят мирские люди освященного и монашеского чина и всякого церковного причта, как запрещают св. правила... Равно и во всех архиерейских домах быть духовным искуснейшим мужам и судить духовные лица и духовные дела, как в патриаршем доме судит духовный судия, архимандрит, с клевретами, да судят архимандритов, игуменов, монахов, протопопов, попов, дьяконов и всех церковных причетников и инокинь во всяких делах, а мирян да судят по делам о беззаконных браках и духовных завещаниях. Прочие же духовные дела, какие бывают между мирскими людьми мужеского и женского пола, да судят патриарший боярин с дьяками и его товарищи" (гл. 2. Правило 37 - 39). Другой недостаток был тот, что все духовенство, начиная с митрополитов, во всех исковых делах судилось по Уложению царя Алексея Михайловича мирскими людьми в Монастырском приказе. Русские архиереи, крайне тяготившиеся таким подчинением мирскому судилищу, не могли не обратить на это внимания Восточных патриархов и в числе других вопросов предложили им и следующий: "Довлеет ли мирским людям судить архиереев, архимандритов, игуменов, священников и дьяконов, монахов и инокинь и весь церковный и духовный чин и их людей?" Патриархи Паисий и Макарий дали ответ: "Архиереев, архимандритов... и весь церковный чин и их людей мирским людям ни в чем не судить, а судить их во всяких делах архиереям, каждому в своей епархии, или кому повелят от духовного чина, а не от мирских" (гл. 7). Этот ответ был принят и утвержден всем Собором и послужил основанием к упразднению Монастырского приказа, который, впрочем, в действительности упразднен был, как увидим, еще не так скоро.
Относительно богослужения и его принадлежностей правила, данные на Большом Московском Соборе, весьма разнообразны. Между ними находятся:
Правила касательно Божественной литургии. Патриархи Паисий и Макарий рассмотрели соборне и свидетельствовали весь "чин архиерейского совершения литургии на Востоке", написанный в 1653 г. по-гречески бывшим Цареградским патриархом Афанасием Пателарием для патриарха Никона и тогда же переведенный на славянский язык. Этот чин по освидетельствовании его в новом славянском переводе, целиком внесенный в книгу соборных деяний (гл. 5), а в следующем году и напечатанный в Москве, преподан был патриархами как бы в правило и руководство русским архиереям при совершении ими литургии. Вместе с тем патриархи, указывая на некоторые частные отступления, какие допускаемы были в России при совершении литургии, соборне постановили: а) на одной литургии не хиротонисать по три, по пяти, по десяти и более дьяконов и попов, как поступали некоторые архиереи (в Малой и Великой России), а хиротонисать только одного дьякона, и одного пресвитера, и одного епископа, как держит чин и предание от святых отцов святая Восточная Церковь; б) на горнем месте во время чтения Апостола за литургией не садиться ни священнику в своей церкви, ни настоятелю в своем монастыре, ибо место то есть седалище местного епархиального архиерея, почему и архиерею, даже патриарху, в чужой епархии не садиться на горнем месте ни в какой церкви; в) если случится двум или трем патриархам или другим архиереям совершать вместе литургию, то местный архиерей не садится на горнем месте, но ради братской любви и равночестия садится наравне с прочими архиереями в креслах; г) за литургией ни архиерей архиерея, ни священник священника, ни архимандрит архимандрита не причащают, но только патриарх причащает архиереев и митрополит своих епископов, а архимандрит священников своей обители; причащаться архиереям, священникам и дьяконам из святого потира по трижды, а мирян причащать лжицею по единожды; д) во время великого входа при перенесении Святых Даров не следует брать потир левою рукою, как делают священники в России вопреки устава (гл. 2. Правило 1 5); е) изволением благочестивых царей в России некоторые архимандриты совершают литургию по-архиерейски, осеняют свечами и носят митры, чего нет в святой Восточной Церкви, и мы хотя ради прошения великого государя не возбраняем этого, но только подобает, чтобы архимандрит не совершал литургии по-архиерейски и не благословлял со свечами, если за литургией будет находиться архиерей (гл. 2. Правило 11); ж) в некоторых монастырях и церквах по самочинному обычаю погашают за литургией свечи после херувимской песни, а иные и после "Достойно есть", чего не должно быть, а погашать свечи в конце литургии, по заамвонной молитве (правило 35); з) если служит литургию архиерей, то проскомидию совершать одному священнику, а не всем приглашенным к священнослужению (гл. 7).
Правила касательно некоторых других таинств и чинов церковных, в особенности касательно чина принятия латинян в православную Церковь. Патриархи с Собором постановили: а) при священнодействии крещения читать молитвы и править всю службу должен сам священник, а не поручать того дьякону или причетнику, как делают некоторые, и б) в начале этого священнодействия не погружать свечей в купель по суемудрию, а ставить только вокруг купели три свечи на свещниках, чтобы они горели до самого окончания священнодействия (гл. 2. Правило 8, 9); в) пред совершением брака, когда жених и невеста идут из дома в церковь, священник не должен ехать впереди их верхом на коне в епитрахили с крестом в руках, а безумные люди не должны производить нелепые и бесстыдные козлогласования и другие бесчиния, как было в обычае (правило 19, 20); г) освящать церковь по чину и уставу не подобает никому, кроме архиерея, но по нужде он может поручать освящение церкви архимандриту, игумену, протопопу и священнику, только предварительно должен сам освятить антиминс для той церкви (гл. 5); д) при освящении воды в день Богоявления и 1 августа никто не должен погружать свечей в воду прежде погружения честного креста - это бесчиние и противно уставу святой Восточной Церкви, а после погружения креста, когда вода будет уже освящена, желающие могут погружать и свечи и другие вещи для освящения их (гл. 2. Правило 10); е) не дьякону следует кропить святою водою народ и в домах, а священнику, который и освящает ее (гл. 2. Правило 6); ж) в день Пятидесятницы коленопреклонные молитвы читать, обратясь на запад к народу, хотя иные читают и обратясь на восток (гл. 7. Ответ 1); э) когда провожают умершего из дому в церковь, архиерею и священникам ходить впереди гроба, а прочим людям позади гроба; прилично также носить впереди гроба великий крест (гл. 2. Правило 33). Чин принятия латинян в православную Церковь был теперь совершенно изменен. Известно, что по соборному уложению патриарха Филарета Никитича у нас перекрещивали латинян. И хотя при патриархе Никоне по настоянию бывшего тогда в Москве Антиохийского патриарха Макария два раза определяли на Соборах, чтобы впредь латинян не крестить, но укоренившийся обычай перекрещивания оставался еще в силе. Потому царь Алексей Михайлович предложил Большому Собору вновь обсудить и решить этот вопрос. Отцы Собора сначала внимательно рассмотрели уложение патриарха Филарета Никитича и пришли к заключению, что приведенные там правила истолкованы и применены к латинянам неверно. Потом привели другие соборные правила, по которым запрещено было перекрещивать даже ариан и македо-ниан в случае обращения их к православию, а тем более, говорили отцы, не должно перекрещивать латинян; сослались на Собор четырех Восточных патриархов, бывший в 1484 г. в Константинополе, и определивший не перекрещивать латинян при обращении их к православию, а только помазывать их святым миром, и даже составивший самый чин принятия их в Церковь; сослались на премудрого Марка Ефесского, который в своем окружном послании ко всем православным преподает то же самое учение, и постановили: "Не должно перекрещивать латинян, но только после проклятия ими своих ересей и по исповедании согрешений помазывать их святым миром и сподоблять Св. Пречистых Тайн и таким образом приобщать их св. соборной Восточной Церкви по свящ. правилам" (гл. 6).