Печальное зрелище представлял собою Смоленск для православных москвичей, когда после сорокалетнего пребывания под властию Польши снова перешел в их руки. В этом издревле православном городе не оставалось теперь ни одной православной церкви и монастыря: все были обращены в униатские и латинские, и здесь имел свою кафедру униатский архиерей. Но в тот же день, как Смоленск сдался, государь приказал всем литовским людям, которые не хотят оставаться под его рукою, удалиться из города куда угодно в Литву, и тогда удалились многие униаты и латиняне с своим духовенством, а некоторые бежали из города еще прежде. На другой день (24 сентября) после сдачи Смоленска Алексей Михайлович велел поставить для себя тафтяную церковь во имя Воскресения Христова пред своим государевым станом против Молоховских ворот города, которая на следующий день и освящена Казанским митрополитом Корнилием. Вслед за тем быстро начали восстановляться в Смоленске православные храмы и монастыри, и православие сделалось господствующею верою, как было издревле. Устроение церковных дел в Смоленске могло быть на время поручено патриархом Никоном находившемуся там при царе Алексее Михайловиче с марта по декабрь 1655 г. Тверскому архиепископу Лаврентию. А в 1656 г. по определению Московского Собора назначен был в Смоленск и постоянный епископ, бывший Суздальский, Филарет, которому велено было царским указом взять с собою туда из Переславля половину архиерейской ризницы и несколько человек певчих и детей боярских, служивших при суздальском архиерейском доме. Филарет немедленно обратил в Смоленске униатский собор, построенный по приказанию Сигизмунда III на месте древлеправославного, в собор православный и восстановил монастыри Авраамиев и Вознесенский, которыми при польском владычестве владели латиняне.
Еще плачевнее было положение православных в Полоцке. Здесь они не только не имели, но и не могли иметь ни одного храма в силу известной грамоты Владислава IV, подтвержденной в 1652 г. Яном Казимиром. Кроме того, здесь издавна господствовали иезуиты с своим коллегиумом; здесь покоились останки особенно чтимого униатами ярого фанатика и гонителя православных Иоасафа Кунцевича; здесь имел пребывание сам униатский митрополит Антоний Селява. Но еще прежде, чем московские войска приблизились к Полоцку, из него бежали иезуиты, как и прочие латинские и униатские монахи, вместе со многими другими латинянами и униатами; бежал и митрополит Селява, забрав с собою церковные сокровища и останки Кунцевича, которые сначала положены были в Жировицком монастыре, а потом перенесены в Замостье. Потому неудивительно, если Полоцк за удалением из него этих врагов православия добровольно сдался московской рати. Государь тотчас по сдаче Полоцка пожаловал жителям его грамоту (от 7 сентября 1654 г.) на разные права и льготы, а затем начал жаловать своими грамотами восстановлявшиеся в Полоцке монастыри и церкви. Наиболее оказал он своих милостей полоцкому Богоявленскому монастырю и не только утвердил за ним его прежние владения, но и наделил его новыми благодаря преимущественно тому обстоятельству, что игуменом в этом монастыре с 1656 г. сделался умный и ловкий Игнатий Иевлевич, который неоднократно встречал тогда в Полоцке государя, совершал в присутствии его молебствия и литургию, сказал ему несколько речей и умел заслужить его благоволение. Патриарх Никон для управления Полоцкою епархиею на первых порах назначил только наместника Полоцкой епископской кафедры, избрав на эту должность одного из местных монастырских настоятелей, именно игумена витебского Марковского монастыря Каллиста. Этому наместнику Никон дал грамоту, или инструкцию (13 марта 1656 г.), в которой предоставлял ему власть править духовными делами в Полоцке, Витебске и во всех пределах, находившихся под ведением прежних Полоцких епископов, и завещевал: а) иметь повиновение и послушание во всем только ему, патриарху Московскому и всея Великия, и Малыя, и Белыя России; б) во всех важных делах и недоумениях обращаться к нему же, патриарху; в) учить народ во всей Полоцкой епархии правоверию и заповедям Христовым, а для обучения детей чтению и доброгласному пению заводить училища и избирать для них благонадежных учителей; г) судить духовенство епархии, белое и монашествующее, и мирян по духовным делам, как судили прежние Полоцкие епископы; д) освящать церкви, новые и прежние, еще не освященные или оскверненные и запустелые, равно и монастыри, и назначать в них, как и во все церкви и монастыри епархии, священников и настоятелей, и отставлять их от мест, если окажутся бесчинными; е) иметь жительство и пребывание в Полоцке при Софийском соборе, где жили прежние епископы, в братском Богоявленском монастыре, и в Витебске при церкви Успения Пресвятой Богородицы, в монастыре Алексия, человека Божия, и владеть всеми дворами и маетностями, какими владели прежние Полоцкие епископы. Но спустя год с небольшим патриарх Никон вызвал Каллиста в Москву и рукоположил его в епископа. В июне 1657 г. его встречал в Полоцке приветственною речью богоявленский игумен Игнатий Иевлевич как пастыря правоверного, дарованного церквам белорусским ревностию Богом венчанного царя, "благословением же высочайшего архиерея святейшего Никона, отца отцам". Вскоре по прибытии на свою кафедру Каллист дал указ (от 23 июня) всем архимандритам, игуменам, священникам и диаконам епархии представить ему свои настольные и ставленые грамоты для подписи и утверждения, равно и униатским попам представить ставленые грамоты для исправления. А в следующем месяце, 18-го числа, послал в Могилев игумена Игнатия Иевлевича и поручил ему, чтобы он определил там в Спасский монастырь нового наместника, кого признает способным, и сам обревизовал в городе соборную церковь и монастыри, а для обозрения приходских церквей в городе и уезде назначил по своему усмотрению какого-либо священника и диакона и чтобы велел всем священнослужителям Могилева и его уезда являться с своими ставлеными грамотами в Полоцк для засвидетельствования их, а униатских попов с подвижными антиминсами немедленно выслал из Могилева. Все это показывает, что епископу Каллисту временно отдан был в управление и Могилев с уездом. В 1648 г. патриарх Никон по просьбе богоявленского игумена Игнатия и всей братии изъял своею грамотою от 27 марта этот монастырь из-под власти Полоцкого епископа Каллиста и взял в свое непосредственное ведение в качестве патриаршей ставропигии, а царь Алексей Михайлович пожаловал тому монастырю новую грамоту (от 11 сентября) на вотчины.
Желая прочнее утвердить и оградить православие в новопокоренном Западном крае, царь Алексей Михайлович приказывал совсем удалять из городов и из сел последователей унии, чтобы они не соблазняли и не увлекали православных. И когда в 1657 г. он услышал, что униаты начали возвращаться в Вильну и другие города и уезды и отправлять службу по своему обычаю, то послал грамоту своим воеводам, находившимся в том крае, чтобы они тотчас же выслали из Вильны и иных городов и мест всех униатов и впредь высылали вон и нигде не принимали. Виленский воевода князь Шаховской, получив эту царскую грамоту, собрал в съезжую избу всех державшихся унии бурмистров, райцев и мещан и объявил им, чтобы они или принимали православие, или удалились вон из города по указу государеву. И те виленские бурмистры, райцы и мещане, пришедши чрез несколько времени к воеводе в съезжую избу, сказали, что они готовы принять православие. Воевода, переписав имена их, отдал эту рукопись в Свято-Духов монастырь наместнику Даниилу Дорофееву, чтобы он принял их в православную Церковь. Подобное могло случиться и в других городах и местах края. Это сильно встревожило униатских епископов. Епископы Холмский Яков Суша и Полоцкий Гавриил Коленда обратились с просьбою к самому папе (от 12 марта 1658 г.), а вслед за ними и все униатское духовенство и монашество (от 14 июля и 3 августа), чтобы он заставил короля Яна Казимира заступиться за них пред царем московским и объяснить ему, что униаты неразрывно связаны с Римскою Церковию и что если московское правительство терпит, не преследует в Вильне римских католиков, то должно терпеть и униатов, причем выражали желание, чтобы царь дозволил устроить Собор униатского духовенства с московским, и уверенность, что они докажут на Соборе истинность своей веры и, может быть, обратят самую Москву к унии. Достойно замечания, что царь приказывал тогда виленскому воеводе отыскать и прислать в Москву чудотворную икону Богоматери, писанную, по преданию, евангелистом Лукою, вероятно, ту самую, которою некогда благословил великий князь московский Иван Васильевич III дочь свою Елену, отпуская ее в землю Литовскую. Но этой иконы, сколько ни искали не только в Вильне, но и по другим местам, отыскать не могли: униатские монахи ее куда-то скрыли.