Противоречие, какое услышал Никон от епископа Павла на самом Соборе, рассуждавшем о необходимости исправления наших церковных книг и обрядов, вразумило Никона, что в таком важном деле недостаточно опираться на одном только Соборе своих русских архиереев и духовенства, а нужно призвать на помощь и Собор восточных православных иерархов. Сохранилась в двух списках грамота Никона к Цареградскому патриарху Паисию от 12 июня 1654 г. Здесь Никон, сказав о священном долге каждого духовного пастыря и предстоятеля церковной области хранить "опасно, чисто и непорочно" все преданные догматы и благочиние православной Церкви, писал: "Ныне же мы, рассмотривше прилежно в книгах наших, разнство в них обретохом от преписующих ли или от переводников, не ведущих языка греческаго, не вемы". Потом просил патриарха Паисия рассудить вместе с прочими патриархами и архиереями соборне и со всяким вниманием о замеченных в наших книгах разностях и новинах, для чего и перечислял эти новины, те же самые и в том же порядке, какие прежде предлагал на обсуждение Московского Собора. В заключение, упомянув, что некоторые у нас, неученые и не знающие греческого языка, считают эти новины не за разности, а за истину, дышат непокорством, заводят прения с благочестивыми и возжигают огнь ненависти, Никон просил Паисия ускорить ответом и советом как относительно исчисленных новин, так и о том, "что сотворити соблазняющимся о сих и непокорно прящимся". Грамота послана была к Цареградскому патриарху с Мануилом греком, может быть, эта самая, но только в посланной Никон вместо перечня немногих новин, указанных им на недавно бывшем Московском Соборе, изложил до 27 вопросов, на которые и просил ответа, в том числе и относительно этих новин, и прямо назвал епископа Павла Коломенского и протопопа Ивана Неронова как людей непокорных, которые держатся иных книг, литургии и знамения. Грек Мануил Константинов с дядею своим Юрием Володимеровым и другими товарищами прибыл в Путивль 17, а в Москву 28 февраля 1654 г. и 8 марта представлялся государю. Мануил привез из Царьграда по поручению Алексея Михайловича множество узорочных товаров и драгоценных камней, за которые и получил из государевой казны несколько тысяч рублей. В мае он начал уже собираться в возвратный путь, и 11 мая последовал указ дать Мануилу греку подводу и проводников до Путивля и до границы, а 15 мая приготовлена царская грамота гетману Хмельницкому, чтобы Мануила нигде в Малороссии не задерживали и проводили до волошской границы. Отсюда можем заключить, что Мануил грек выехал из Москвы отнюдь не позже июня или июля и что грамота Никона к патриарху Паисию, подписанная 12 июня, отправлена в Царьград, вероятно, вскоре после ее подписания.
Одновременно с тем, как отправлена была в Царьград грамота патриарха Никона, и даже прежде, чем она была отправлена из Москвы, здесь уже начали подготовлять все меры, необходимые для того, чтобы исполнить Уложение Московского Собора об исправлении наших церковных книг. Собор решил: исправлять эти книги по старым, харатейным славянским спискам. Царь и патриарх приказали собрать в Москву из всех древних русских книгохранилищ славянские книги, писанные на хартии, и такие книги были высланы из монастырей: Троице-Сергиева, Иосифо-Волоколамского, новгородских - Юрьева и Хутыня и из пр. Собор решил: исправлять наши церковные книги не по одним славянским харатейным спискам, но вместе и по древним греческим. Царь и патриарх, находя, что старых греческих книг в России мало, отправили за ними со многою своею милостынею на Афон и в другие старожитные места на Востоке известного уже нам старца Арсения Суханова. Мы видели, что из первой своей поездки на Восток он возвратился в июне 1653 г. и привез с собой свой "Проскинитарий", из которого русские действительно могли убедиться, что православные Востока во многом разнятся от них при отправлении церковных служб и в некоторых церковных обычаях. Теперь на Арсения возлагалась совсем другая задача: ему поручалось не то, чтобы описать, как отправляли церковные службы и соблюдали церковные обряды тогдашние греки, около уже двух столетий страдавшие под невыносимым игом мусульман, а то, чтобы собрать древние греческие книги, из которых можно было бы видеть, как совершали церковные службы древние православные греки и по примеру их должны совершать все православные. Мы видели также, что при первой своей поездке на Восток Арсений вел жаркие прения с греками о вере, резко отстаивал употреблявшееся в России двуперстие для крестного знамения, укорял греков в разных отступлениях, и тогда же заметили, что не один Арсений, а и другие современные ему русские книжники точно так смотрели и на двуперстие и на греков. Теперь Арсений, проживши по возвращении с Востока довольно долго в Москве в то самое время, как Никон, прежде также смотревший на греков и крестившийся двумя перстами, сознал появившиеся в нашей Церкви новины, начал обличать их и старался восстановить древнее наше троеперстное крестное знамение, теперь Арсений изменился в своих мыслях, стал вместе с другими на сторону патриарха Никона, а не его противников и сделался ему совершенно единомысленным. Потому-то Никон и возложил на Арсения новое свое поручение, а по исполнении этого поручения Арсением определил его одним из справщиков церковных книг и вскоре сделал келарем Сергиевой лавры. Арсений отправлен был за греческими книгами со многою казною в самом начале 1654 г., и следовательно, еще до Московского Собора, бывшего в этом году, потому что 4 февраля он уже находился в Яссах, откуда и прислал царю отписку, сохранившуюся доселе, а в июле уже находился в Константинополе, как извещал (от 29 июля 1654 г.) нашего государя патриарх Паисий чрез грека Юрия Константинова. Арсений не ограничился одною Афонскою горою, а посетил и в этот раз кроме Царьграда Иерусалим и другие места Востока. Более всего книжных сокровищ нашел Арсений на Афоне в монастырях Ватопедском, Хиландарском, Иверском, Пантократоровом, Русском, Павловском и других, и оттуда доставлено было в Москву до 500 древних греческих книг. В числе их находились книги библейские, творения святых отцов и книги собственно богослужебные: Служебники, Требники, Уставы, Часословы, Триоди, Минеи и другие. Некоторые из этих книг писаны были за 400 лет, другие за 500, или 600, или 700 лет и более, а одно Евангелие даже за 1050 лет. Кроме того, не менее 200 древних книг прислали иерархи Александрийский, Антиохийский, Халкидонский, Никейский, Пекский, Охридский, Сербский и другие, которым посланы были просьбы из Москвы, а из Иерусалима прислал патриарх Евангелие, писанное за 600 лет прежде. В ноябре 1654 г. Арсений прислал к государю отписку из Волошской земли, и следовательно, находился уже на возвратном пути, а в январе 1655 г., вероятно, возвратился уже в Москву, по крайней мере в это время прибыл в Москву архимандрит Эсфигменского монастыря Анфим и привез с Афона книги и грамоту, в которой игумены, священники и старцы всех монастырей Святой горы писали, что "они от государя посланного старца Арсения приняли и отпустили честно, и его государское повеление исполнили, и книжные сокровища показали, и дали 498 книг, и с теми книгами послали к государю эсфигменского архимандрита Анфима". Впрочем, не все книги с Афона привезены теперь: настоятели некоторых монастырей, например Павловского, Хиландарского, сами доставили из своих монастырей книги уже в июле того года.