В Соловецком монастыре за Арсением внимательно следили, подробно его расспрашивали и составили о нем краткое биографическое известие. Оказывается, что он в молодые годы, когда обучался в латинских училищах, действительно переменял веру и был в унии, как сознался на исповеди духовнику своему священнику Мартирию, потому что иначе не принимали в те училища. Но, возвратившись в Грецию, снова принял православие и даже посвящен был во священника, постригшись в монашество. В Соловках прожил Арсений около трех лет "в добром послушании у инока Никодима" и успел научиться славянской грамоте и русскому языку. После столь продолжительного испытания иноки соловецкие убедились, что Арсений вовсе не еретик и "что в нем обрели здраво, в том его и похвалили: обрели в нем здравое исповедание веры, без приложения и без отъятая". Но заметили, что он плохо исполнял внешние обряды: поклоны, посты и пр. Он даже будто бы молился не тремя, а двумя перстами, как молились тогда иноки соловецкие, и вообще восхвалял русские церковные обряды, а о греках говорил: "У нас много потеряно в неволе турецкой... нет ни поста, ни поклонов, ни молитвы келейной..." Такие добрые отзывы о вере Арсения Грека Никон мог услышать в самом Соловецком монастыре, когда приходил туда за мощами святителя Филиппа, и потом мог передать и государю. Да и власти монастырские обязаны были донести в Москву, каким нашли Арсения, который прислан был оттуда в их обитель собственно на испытание. Наконец, и сам Арсений Грек бил челом государю: сослан-де он в Соловецкий монастырь, и, по правилам св. отец, урочные лета в запрещении ему прешли, по Второму Поместному Собору, и государь бы пожаловал велел его из-под начала свободить и быти в монастыре, где государь укажет. Неудивительно, если Никон, основываясь на свидетельстве соловецких иноков о правоверии Арсения после трехлетнего его испытания, лишь только сделался патриархом, решился с соизволения государя вызвать Арсения к себе как человека ученого, правоверного и способного послужить своими знаниями на пользу Церкви; дал ему келью в своем патриаршем доме, сделал его библиотекарем своей патриаршей библиотеки и одним из справщиков и переводчиков книг с греческого языка. А Неронов, может быть не зная об этом свидетельстве о правоверии Арсения или по одному лишь озлоблению против Никона, уже в 1654 г. ставил ему в укор, зачем он взял к себе в справщики книг грека Арсения, которого патриарх Паисий назвал будто бы еретиком. Надобно присовокупить, что для удобнейшего наблюдения за печатанием новоисправленных книг царь приказал еще в 1654 г. передать Печатный двор со всеми его учреждениями и справщиками книг, доселе находившийся в ведении Приказа Большого дворца, патриарху Никону в его непосредственное и полное распоряжение.
Весьма важным обстоятельством для Никона в деле исправления книг послужило последовавшее тогда прибытие в Москву двух новых патриархов: Антиохийского Макария и Сербского Гавриила. Макарий еще в 1653 г. от 15 марта писал царю Алексею Михайловичу, что прибыл в Молдавию и проживает у молдаванского воеводы Иоанна - Василия, а после Пасхи, если даст Бог здоровье, намерен отправиться в Россию, почему и просил, чтобы государь разрешил ему это и приказал путивльским воеводам принять его и проводить к Москве. В феврале следующего года в Москве получена была весть, что патриарх Макарий находился уже в Мутьянской земле у воеводы Матфея, что туда же прибыл патриарх Сербский и Болгарский, архиепископ Пекский Гавриил и оба патриарха живут в одном монастыре. Здесь они познакомились и положили между собою, чтобы прежде ехал к царю Сербский патриарх. К 1 мая 1654 г. он уже приехал в Путивль и, называя себя ватопедского Вознесенского монастыря архиепископом, патриархом Сербским и Болгарским, объявил, что едет в Москву за милостынею по жалованной грамоте царя Михаила Федоровича, данной означенному монастырю еще в 1641 г., почему немедленно и был отпущен из Путивля в Москву воеводою Степаном Пушкиным. Но когда известие об этом получено было в Москве, то отсюда послан был путивльскому воеводе указ, чтобы он впредь никого из греческих властей в Москву не пропускал, потому что государя нет в Москве, он пошел на войну против своего недруга, польского короля, а навстречу Сербскому патриарху Гавриилу отправлен был толмач Посольского приказа Афанасий Букалов, чтобы остановить его и воротить в Путивль. Из Путивля Гавриил обратился с просьбою к патриарху Никону и только по его ходатайству получил позволение ехать в Москву, куда и прибыл к 28 мая. Затем 5 июня в Посольском приказе патриарх Гавриил объявил, что в области его было 8 митрополитов и 32 епископа; выехал он из своей земли от насилия неверных на житье в Россию, и теперь место его никем не занято; привез он с собою грамоты к царю и патриарху Никону от Антиохийского патриарха Макария и от гетмана Хмельницкого да кроме того привез письменные книги - Типик и Сборник патриарха Цареградского Михаила Кавасилы на латинскую ересь да жития и повести святых сербских царей и патриархов с целию, не найдет ли патриарх Никон полезным напечатать эти книги; еще привез три книги, которыми кланяется латриарху Никону: свиток житий святых сербских, тетради Кирилла, философа и учителя славян, и книгу святого Василия Великого с тремя напечатанными литургиями. Государя в Москве Гавриил действительно уже не застал, а через полтора месяца с небольшим по случаю открывшегося в Москве морового поветрия удалился из нее и Никон с царским семейством. Гавриилу пришлось здесь быть свидетелем того страшного опустошения, какое производила свирепствовавшая эпидемия. В числе других жертв она похитила и многих из духовенства, так что некоторые церкви оставались без пения. За отсутствием Никона стали обращаться с просьбами к Сербскому первосвятителю, чтобы он ставил новых попов и диаконов. Он отнесся к Никону, и Никон прислал ему (в декабре 1654 г.) грамоту, которой уполномочивал его рукополагать ставленников в попы и диаконы согласно с действовавшими в Москве патриаршими указами. К 20-му числу июля того же 1654 г. прибыл в Путивль и Антиохийский патриарх Макарий и чрез несколько дней отправился далее. Но когда он проехал уже Калугу, его встретил присланный из Москвы переводчик Посольского приказа Иван Боярчиков, объяснил ему, что в столице свирепствует поветрие и от имени государя просил остановиться на время в Коломне, а между тем от 4 августа государь дал указ приготовить в Коломне для помещения Антиохийского патриарха и его свиты "Коломенского епископа двор" и давать патриарху и его свите "хлебные и рыбные запасы из запасов Коломенского епископа". Прожить в Коломне патриарху пришлось более пяти месяцев. И так как в городе этом не было тогда своего епископа (Павел был уже сослан в заточение), то патриарх Макарий часто совершал службы в коломенских церквах, а по прекращении эпидемии, которая опустошила и Коломну с ее округом, рукоположил многих священников и диаконов для Коломенской епархии. В Москву прибыл Макарий только 2 февраля 1655 г., за восемь дней до возвращения в нее государя из Литовского края. По назначению царя Алексея Михайловича оба патриарха представлялись ему в один и тот же день - 12 февраля. Сначала представился Антиохийский Макарий, и принят был в Золотой палате с величайшими почестями, как прежде принимались Иерусалимские патриархи Паисий и Феофан, и тут же получил от государя разрешение идти для представления к патриарху Никону. После Макария представился государю и патриарх Сербский Гавриил, но принят был так, как прежде принимались митрополиты и архиепископы, и такие же получил от государя дары, а затем пошел также явиться Никону и еще застал у него Макария. Здесь все трое вместе приглашены были они к царскому столу по случаю бывших в тот день именин царевича Алексея Алексеевича. Антиохийскому патриарху, естественно, оказывали у нас полное предпочтение пред Сербским, так как последний не был признаваем в патриаршем достоинстве всею Восточною Церковию. Оба патриарха, Антиохийский и Сербский, оставались у нас долго; оба с позволения государя путешествовали в Троице-Сергиев и другие монастыри, а также в Новгород; оба весьма часто приглашаемы были Никоном совершать с ним богослужения. Но, самое важное, оба, особенно же Антиохийский, послужили Никону как могли в деле исправления церковных книг и обрядов.
Случай к тому скоро представился. Настала неделя православия. Богослужение в этот день совершалось в Успенском соборе с необыкновенною торжественностию. В нем участвовали три патриарха, Московский, Антиохийский и Сербский, пять других русских архиереев и множество архимандритов, игуменов и прочего духовенства. Храм был переполнен молящимися, в числе которых находился и сам царь. Когда литургия окончилась, вместе с обрядом православия, происходившим тотчас после Трисвятого, патриарх Никон, сопровождаемый духовенством, вышел на амвон, где уже приготовлен был аналой. "Один из диаконов, - как описывает очевидец события Павел Алеппский, словами которого мы и воспользуемся, - открыл пред патриархом книгу Бесед, из которой он и начал читать Беседу, соответствующую дню, о поклонении св. иконам. А прочитав ее всю от начала до конца, присоединил к ней еще собственные объяснения и увещания очень обширные: он говорил против новых икон. Некоторые московские живописцы мало-помалу при писании икон переняли манеру польских и франкских живописцев, и иконы, написанные таким образом, назывались новыми. Никон, будучи великим ревнителем и до крайности любя греческие обряды, послал своих людей, которые и позабрали иконы нового письма отовсюду, где их ни находили, даже из домов самых знатных сановников, и принесли к патриарху. Это происходило в прошлое лето (т. е. 1654 г.) в отсутствие царя, до появления морового поветрия. Никон приказал своим служителям выколоть глаза у собранных новых икон и в таком виде носить их по городу и объявлять царский указ, угрожавший строгим наказанием тем, кто впредь осмелится писать подобные иконы. Москвитяне, весьма приверженные к иконам, как бы они ни были написаны... увидя это, пришли в сильное негодование и говорили, что патриарх тяжко погрешил. Осыпая его бранью, они делали сходбища, на которых прямо называли его иконоборцем. Когда же при таком настроении умов обнаружилась моровая язва и случилось солнечное затмение, то все стали говорить, что это наказание Господне за нечестие патриарха, ругающегося над св. иконами. Озлобление на Никона было так велико, что покушались даже убить его... Теперь, когда царь находился уже в Москве и присутствовал в церкви, патриарх смело повел речь против новых икон и пространно доказывал, что писать иконы по франкским образцам беззаконно. При этом, указывая на некоторые новые иконы, вынесенные к аналою, ссылался на нашего владыку патриарха во свидетельство того, что иконы те написаны не по греческим, а по франкским образцам. Затем оба патриарха предали анафеме и церковному отлучению всех, кто впредь будет писать или держать у себя в доме франкские иконы. Причем Никон брал одну за другою подносимые ему новые иконы и, каждую показывая народу, бросал на железный пол с такою силою, что иконы разбивались, и наконец велел их сжечь. Тогда царь, человек в высшей степени набожный и богобоязненный, слушавший в смиренном молчании проповедь патриарха, тихим голосом сказал ему: "Нет, батюшка, не вели их жечь, а лучше прикажи зарыть в землю". Так и было поступлено. Каждый раз, когда Никон брал в руки какую-либо из незаконных икон, он приговаривал: эта икона взята из дому такого-то вельможи, сына такого-то (все людей знатных). Он хотел пристыдить их всенародно, чтобы и другие не следовали их примеру". Можно судить, до какой степени должна была поразить присутствовавших в церкви проповедь Никона, сопровождавшаяся такими действиями и свидетельством Антиохийского патриарха. Но Никон этим не ограничился: вслед за проповедью против новых икон он начал проповедь еще против другого новшества - против двуперстного крестного знамения. "Он говорил, - продолжает Павел Алеппский, - с таким же жаром, как прежде, о том, что москвитяне неправильно полагают на себя знамение креста: крестясь, они складывают персты руки не так, как складываем мы, а как святители благословляют. В подтверждение своих мыслей Никон опять сослался на нашего владыку: он-то и сказал Никону еще прежде, что не так следует креститься, как крестятся москвитяне. Владыка наш, призванный теперь Никоном во свидетели, обратившись к народу, сказал через переводчика: "В Антиохии, а не в другом месте последователи Христа начали в первый раз называться христианами, и оттуда пошли все церковные обряды. Но ни там, ни в Александрии, ни в Константинополе, ни в Иерусалиме, ни на горе Синае, ни на Св. горе, ни в Молдавии, ни в Валахии, ни у казаков никто не крестится так, как вы, а все согласно употребляют иное перстосложение".