Когда таким образом восточные иерархи, находившиеся в Москве, изрекли свой приговор на крестящихся двумя перстами не только устно в неделю православия, но и письменно, Никон счел благовременным созвать на Собор своих русских архиереев, чтобы и они постановили решение по тому же вопросу. Собор состоялся 23 апреля 1656 г. Присутствовали на Соборе кроме патриарха три митрополита: Новгородский Макарий, Казанский Корнилий, Ростовский Иона; четыре архиепископа: Вологодский Маркелл, Тверской Лаврентий, Астраханский Иосиф, Псковский Макарий; один епископ Коломенский Александр; двадцать два архимандрита, семь игуменов, один строитель и один наместник. Никон открыл заседания Собора довольно обширною речью. Сказав сначала, как зазирали и поносили его приходившие в Москву Восточные святители, Афанасий Константинопольский, Паисий Иерусалимский, Гавриил Назаретский и другие за разные неисправности в церковных книгах и обрядах, в том числе и за употребление двуперстия в крестном знамении; как приступил он к исправлению книг, собрал множество древних харатейных рукописей, славянских и греческих, Никон объявил, что на основании их он уже исправил некоторые церковные книги, а вместе с ними велел перевести и напечатать с нужными приложениями и книгу "Скрижаль", представляемую им теперь на рассмотрение Собора. В особенности обратил Никон внимание отцов Собора в своей речи на учение о двуперстии и говорил, что оно внесено в наши книги "от Феодоритова писания неведением" и в недавнее время: "Прежде бо того вей треми первыми персты изображали во образ Св. Троицы, якоже и ныне многих еще видети есть, елицы не ведают Феодоритова писания, якоже в простых мужех и во всех женах, от древняго обычая держащих"; объяснял, что соединением, по Феодоритову писанию, великого перста с двумя малыми неправо исповедуется таинство Пресвятой Троицы, а совокуплением двух перстов, указательного и среднего, неправо исповедуется таинство Воплощения; напомнил, что отвечал Цареградский патриарх Паисий с своим Собором о сложении перстов для крестного знамения, как истолковал Антиохийский патриарх Паисий в церкви Чудова монастыря сказание о святом Мелетии Антиохийском, как изрекли в неделю православия проклятие на крестящихся двумя перстами три восточные святителя и как то же проклятие повторили они вместе с Молдавским митрополитом в своем письменном ответе, и предложил Собору русских святителей и духовенства сказать свое слово о том же предмете. Присутствовавшие на Соборе занялись сначала свидетельствованием книги "Скрижали", "соборне чтоша ее во многи дни с великим прилежанием, всяку вещь и всяко слово со опаством разсуждающе", и обрели ее не только "безпорочну", но и достойною всякой похвалы и удивления, и много благодарили Бога за такое бесценное сокровище. Затем, обсудив то, что сказано о крестном знамении в трех статьях, помещенных в приложении к "Скрижали", в послании Цареградского патриарха Паисия, в Слове иподиакона Дамаскина и в ответном послании четырех восточных иерархов, находившихся в Москве, а с другой стороны, принимая во внимание, что до напечатания Псалтирей и других книг, в которые внесено учение о двуперстии, в России существовал древний обычай креститься тремя перстами, которого многие еще держались и тогда, во дни Собора, Собор постановил следующее правило: "Аще кто отселе, ведый, не повинится творити крестное изображение на лице своем, якоже древле св. Восточная Церковь прияла есть, и якоже ныне четыре Вселенстии патриарси, со всеми сущими под ними христианы, повсюду вселенныя обретающимися, имеют, и якоже зде прежде православнии содержаша, до напечатания Слова Феодоритова в Псалтирях со возследованием московския печати, еже треми первыми великими персты десныя руки изображати во образ Святыя, и Единосущныя, и Нераэдельныя, и Равнопоклоняемыя Троицы, но имать творити сие неприятное Церкви, еже соединя два малыя персты с великим пальцем, в нихже неравенство Св. Троицы извещается, и два великосредняя, простерта суща, в нихже заключати два Сына и два состава, по Несториеве ереси, или инако изображати крест, - сего имамы, последующе св. отец седми Вселенских Соборов и прочих Поместных правилом и св. Восточныя Церкве четырем Вселенским патриархом, всячески отлучена от Церкве, вкупе и с писанием Феодоритовым, яко и на Пятом (Соборе) проклята его ложная списания на Кирилла, архиепископа Александрийскаго, и на правую веру, сущая по Несториеве ереси, проклинаем и мы". Это правило свое, равно как и всю книгу "Скрижаль" с приложениями, все находившиеся на Соборе скрепили своими подписями 2 июня 1656 г. - так долго тянулся Собор! А Никон напечатал и поместил сказание об этом Соборе с изложением своей речи к нему в самом начале той же "Скрижали" под заглавием: "Слово отвещательно" и велел выпустить книгу из типографии в свет. Таким образом, еще в 1656 г. представители не только восточной православной, но и русской иерархии изрекли уже проклятие на не повинующихся Церкви последователей двуперстия в крестном знамении и вообще на несоглашающихся креститься так, как издревле учила и учит святая Церковь.
В том же году, 11 мая, в воскресенье пред Вознесением, был у нас еще Собор в крестовой палате патриарха по вопросу о перекрещивании латинян-поляков, находившемуся в тесной связи с общим вопросом о совершавшемся тогда у нас исправлении и печатании церковных книг. Известно, что по "соборному изложению" и указу патриарха Филарета Никитича у нас перекрещивали всех латинян в случае обращения их к православию и всех белорусцев, даже православных, но крещенных через обливание и что эти уложение и указ внесены были при патриархе Иоасафе в печатные Требники; теперь, когда в числе други" книг приступали к пересмотру и Требника, необходимо было решить, оставить ли в нем эти статьи и при новом его издании или опустить. С другой стороны, тогда только что присоединилась к Московской державе Малороссия и присоединялась Белоруссия, где все жители, даже православные, крещены были чрез обливание; тогда приводили в Москву множество пленных поляков, из которых иные изъявляли желание принять православие, и постоянно возникал вопрос, как же смотреть на всех этих обливанцев, справедливо ли крестить их вновь. Потому-то еще на Московском Соборе 1655 г. занимались этим вопросом, и хотя отцы Собора и сам Никон согласились тогда с мнением патриарха Макария, что поляков перекрещивать не должно, но на деле не исполняли своего решения. Признано было нужным заняться вновь обсуждением этого предмета. На новый Собор приглашены были все русские архиереи; в числе других прибыл и митрополит Казанский. Антиохийский патриарх Макарий и теперь настаивал, что латинян не следует крестить вторично при обращении их в православие, и имел жаркий спор с русскими иерархами. Он старался убедить их ссылкою на их собственные книги закона и, кроме того, в подтверждение своей мысли представил выписку из какой-то древней греческой книги, принесенной с Афона, представлявшую подробное изложение предмета, и тем заставил русских архиереев невольно подчиниться истине. Выписка эта, скрепленная подписью патриарха Макария, была подана государю, переведена на русский язык, напечатана и роздана по рукам, а государь издал указ, которым запрещалось крещение поляков и других последователей той же веры. Не довольствуясь всем этим, Макарий, вскоре уехавший из Москвы, прислал еще письмо к Никону о том же предмете из Терговищ (от 25 декабря 1656 г.). Он писал, что как только достиг Угровлахии, то и там всячески старался найти что-либо для решения занимавшего его вопроса, и что Угровлахийский митрополит Стефан указал ему, Макарию, какой-то древний греческий и славянский Номоканон, совершенно разъяснивший ему истину. Кальвинистов и лютеран должно перекрещивать, потому что они истинные еретики, священства не имеют и не признают за таинство, евангельское предание отвергают и крещение их неправильно и несвященно. А латинян не должно перекрещивать: они имеют священство и принимают все седмь таинств и все седмь Вселенских Соборов, поклоняются святым мощам и иконам и все они крещены правильно во имя Отца и Сына и Святого Духа с призыванием Святой Троицы. Перекрещивать их значило бы впадать в ересь второкрещенцев и противоречить Символу веры, где сказано: "Исповедую едино крещение". Мы признаем их священство и никогда не хиротонисаем вновь латинских священников при обращении их в православие, также должны признавать их крещение. Они только схизматики, а схизма не творит человека неверным и некрещеным, а творит только отлученным от Церкви. Сам Марк Ефесский, сопротивник латинян, никогда не требовал перекрещивания их и признавал крещение их правильным и пр.
Между тем после издания первой новоисправленной книги Служебника продолжалось исправление и печатание и других церковных книг. В марте 1656 г. вышла из типографии Триодь постная, и в послесловии книги справщики свидетельствовали, что исправляли ее по благословению патриарха Никона и всего освященного Собора "с греческих, и харатейных славенских, и сербских древних книг, от себе же ничто же совнесоша". В мае того же года напечатан Ирмологий, вновь переведенный с греческого, и переводчики, прося себе прощения в недостатках, какие замечены будут в этой книге, говорили в свое оправдание: "Многия и иныя книги, яже исправляхом во время делания ея, не мало препяша нас добре исправити ю" - значит, работа по исправлению книг велась тогда в больших размерах. В том же году выпущен был из печати новоисправленный Часослов и приготовлен был к печатанию Требник, другая важнейшая богослужебная книга после Служебника. По важности ее она была пересмотрена на Соборе, бывшем в октябре 1656 г., и в соборном акте сказано: "Переведше от греческих древлеписанных книг на хартиях св. книгу Требник, прочтохом ю на Соборе со всяким прилежным вниманием и судивше ю издати во типографию, елицы чины и деяния разумехом правы быти. Егда же сия книга Потребник, Божиею благодатию и нынешним нашим соборным деянием исправленная, из печати издана будет, да не ктому, кто начнет разве сея исправленныя книги действовати церковных таинств". В 1657 г. напечатаны: Псалтирь следованная, после "прилежнаго исправления с греческих книг"; Евангелие напрестольное и Апостол и вновь издан Ирмологий. В 1658 г. напечатан наконец исправленный и рассмотренный на Соборе Требник и вновь изданы исправленные Служебник и следованная Псалтирь.