Вместе с исправлением церковных книг Никон старался исправлять и церковные обряды и обычаи и согласовать их с обрядами и обычаями Церкви Греческой: с этою целию он весьма часто приглашал Антиохийского патриарха Макария служить с собою, внимательно присматривался к его службе, замечал ее особенности, расспрашивал о каждой особенности и просил его: "Когда вы что-либо заметите неправильное в наших обрядах, говорите нам, чтобы мы могли соображаться с вами в правильном совершении их". И по указаниям Макария Никон действительно исправил некоторые обряды: например, ввел или восстановил в Русской Церкви обычай раздаяния антидора за каждой литургией; признал справедливым при обряде освящения елея в Великий четверг вливать в елей вино применительно к евангельскому сказанию о милосердом самарянине, возлившем на раны больного масло и вино, и пр. Но еще более, чем указаниям Макария, Никон давал веру древним греческим книгам. В одной из таких книг, привезенных с святой горы Афонской, он нашел свидетельство будто бы Еводия, патриарха Константинопольского, что освящение воды на праздник Крещения Господня должно совершать только однажды, и именно в навечерии праздника, и не в церкви, а на реке. И несмотря на то, что дотоле и у нас и на Востоке было в обычае совершать водоосвящение дважды: в навечерии Крещения в церкви и в самый день Крещения на реке, а также несмотря на все убеждения Макария не отступать от этого обычая, Никон решился отступить. Он созвал 16 декабря 1655 г. с соизволения государя небольшой Собор, на котором присутствовали два митрополита - Ростовский Иона и Крутицкий Питирим, один архиепископ Тверской Лаврентий и один епископ - Коломенский Александр и девятнадцать архимандритов, игуменов и московских протопопов. На Соборе было постановлено: "По древнему преданию св. Восточной Церкви в навечерии Богоявления Господня по совершении Божественной литургии исходить ко крестильнице (на реки или источники) и там совершать водоосвящение по чину, а в самый день Богоявления к крестильнице не исходить и водоосвящения не совершать, ибо едино крещение по апостолу, а не два, да и древний чин Восточной Церкви так повелевает. Если же кто этого древнего предания Церкви не послушает, да будет повинен церковной казни, т. е. проклятию и отлучению". Соборное постановление Никон разослал тотчас же по всем епархиям для надлежащего руководства. Равно и сам в Москве вместе с патриархом Макарием и в присутствии государя совершил водоосвящение только в навечерии Крещения в наступившем 1656 г. Впоследствии Собор 1667 г. отменил это решение патриарха Никона. Очень любопытен рассказ Павла Алеппского о том, как переменил Никон русский монашеский клобук (точнее камилавку вместе с клобуком) на греческий. Последний по своей форме очень нравился Никону, тогда как русский очень не нравился. Но надеть на себя греческий клобук Никон боялся, чтобы не подвергнуться нареканиям народа за отступление, от древнего обычая. И что же придумал? Он велел приготовить себе греческие камилавку и клобук, только белый и с изображением на нем херувима, вышитого золотом и жемчугами, и тайно перенесть в ризницу Успенского собора. Настал большой праздник в честь святителя Петра (21 декабря 1655 г.), всегда совершавшийся в Москве с особенною торжественностию. В Успенском соборе литургию совершали все три патриарха со множеством духовенства в присутствии многочисленного народа и самого государя. Когда литургия окончилась и патриархи, разоблачившись, вышли из алтаря, чтобы приветствовать государя, Макарий Антиохийский, предварительно упрошенный Никоном и держа в руках приготовленный для последнего новый клобук и камилавку, сказал государю: "Нас четыре патриарха в православном мире, и все мы имеем одинаковую одежду; с нашего согласия и соизволения сей брат наш провозглашен патриархом Московским на место папы Римского; особенность же папы состояла в том, что он отличался от нас своею белою одеждою. Если твоему величеству будет благоугодно, то я желал бы, чтобы и ваш патриарх, подобно нам, надел на себя и носил эту камилавку и клобук, которые я изготовил для него". Царь отвечал: "Добро, батюшка" - и, приняв от него камилавку и клобук, поцеловал их и велел Никону снять прежние камилавку и клобук и надеть новые. Никон был в восхищении, потому что новый головной убор как нельзя более пришелся к лицу его и осанке. Бывшие при этом архиереи и прочее духовенство, равно и весь народ, тотчас же начали роптать за такое отступление от старого русского обычая, но роптали тихо, боясь гнева государева. А чрез несколько времени и все владыки, все иноки пожелали также переменить свои камилавки и клобуки на греческие; многие обращались с просьбою к самому патриарху Макарию снабдить их такими клобуками. Скоро пришла весть в Москву, что в Троице-Сергиевом монастыре все монахи числом до пятисот пожелали также переменить с благословения патриарха прежние камилавки и клобуки на новые греческие. А когда патриарх Макарий посетил Новгород (в конце августа и начале сентября 1655 г.), то его просили о том же два архимандрита важнейших новгородских монастырей, Хутынского и Юрьевского, и Макарий разрешил и благословил. Таким-то образом русские, по своей привычке к известным церковным обрядам и обычаям, естественно, с недоверием и ропотом встречавшие всякие перемены в них, производимые Никоном, мало-помалу мирились с последними и принимали их.
Мирились, но не все. Мы видели, что еще в 1653 г., едва Никон издал первую свою "Память" о поклонах, как на него восстали четыре протопопа, считавшиеся прежде его друзьями, а потом сделавшиеся его врагами, когда он взошел на патриаршую кафедру и будто бы возгордился пред ними, - видели, как резко высказывали они Никону свои укоризны и сопротивление и как строго он наказал их. Главнейший из этих протопопов, Иван Неронов, сослан был (4 августа 1653 г.) на Кубенское озеро в Спасо-Каменский монастырь под строгое начало на черные службы. А между тем принят был в монастыре настоятелем, архимандритом Александром, с знаками особенного почета. Настоятель дал ему не только келью, но и слугу, велел носить ему в келью из монастырской кухни лучшую пищу, а в церкви ставил его выше даже келаря. Неронов скоро начал вмешиваться в монастырские дела, указывать настоятелю, что читать за церковными службами, укорять его за бесчиние в церкви, за поездки его из обители, за то, что он кормил рыбой монахов в посты, а монахов укорять за их пьянство и небрежность в богослужении. Эти укоризны на Страстной седмице до того усилились, что архимандрит в Великий пяток по окончании службы вышел из алтаря с попами и дьяконами и стал кричать: "Доколе нам терпеть от протопопа Иоанна? Он противится Церкви". И запретили ему ходить в церковь, прогнали от него всех слуг и оставили его одного в келье. Но не столько эти, сколько другие действия Неронова в Каменском монастыре должны были огорчать патриарха Никона, к которому послал теперь настоятель монастыря донесение о Неронове. Неронов, проживая на Кубенском озере, в Вологодском уезде, в не очень далеком расстоянии от Москвы, удобно пересылал в Москву свои письма к царю, царице, царскому духовнику Вонифатьеву и другим близким своим знакомым, и в этих письмах постоянно хулил Никона как врага Божия, и восставал против начатого им исправления церковных обрядов. К Неронову в Каменском монастыре удобно приезжали "от всех четырех стран боголюбцы, многих градов люди и дворяне, посещения ради" и, без сомнения, слышали от него такие же хульные речи против патриарха. Нашел возможность посетить здесь Неронова и один из ближайших его единомышленников, протопоп Логгин, хотя был сослан в Муромские пределы под строгий надзор своего отца. Пришел сюда к Неронову и остался при нем в качестве ученика и писца игумен московского Златоустова монастыря Феоктист, который первый из монашествующего духовенства пристал к четырем протопопам, врагам Никона. После этого не удивительно, если Никон, получив от настоятеля Каменского монастыря донесение о Неронове, дал указ (1 июля 1654 г.) сослать Неронова на отдаленный Север, в Кандалакшский монастырь, и там держать его на цепи, в железах, и чернил ему не давать. Отправившись в путь, Неронов остановился на время в Вологде и отправил отсюда (13 июля) два послания: одно к царскому духовнику, которого извещал, что "грядет на мучения, в дальния страны заточаем"; другое, окружное ко всей "братии, боголюбцам царствующаго града Москвы, и прочих градов, и всех купно стран", убеждая своих духовных друзей, чтобы они не скорбели о нем, а радовались, чтобы облеклись во вся оружия Божия противу кознем диавольским и блюли себя от злых делателей. Кроме того, находясь в Вологде и посетив Софийский собор, Неронов позволил себе по окончании литургии произнесть здесь всенародно следующую речь: "Священники и все церковные чада! Завелись у нас новые еретики (так называл он Никона); мучат православных христиан, творящих поклоны по отеческим преданиям, а также сложение перстов (для крестного знамения) толкуют развращенно по своему умыслу". Затем в Крестовой архиерейской церкви пред Собором всех властей говорил: "Дал благочестивый царь государь Алексей Михайлович волю тебе (т. е. Никону), и ты, зазнавшись, творишь всякие поругания, а ему, государю, сказываешь: я-де делаю по Евангелию и по отеческим преданиям. Но ты творишь так, как сказано в Евангелии: поругалися жидове истинному Христу... Да будет время, и сам из Москвы побежишь, никем же гоним, токмо Божиим изволением. Да и ныне всем вам говорю, что если он нас посылает вдаль, то вскоре и самому ему бегать. Да и вы если о том станете молчать, всем вам пострадать. Не одним вам говорю, но и всем на Москве и на других местах: за молчание всем зле страдать". Когда о тех речах донесено было дьяку съезжей избы в Вологде, то он устрашился и поспешил выпроводить Неронова из Вологды в дальнейший путь.