Никон как патриарх наследовал от своих предместников огромное количество вотчин и других земельных владений, так что и в этом отношении занимал одно из первых мест в ряду русских владельцев и государственных сановников и равнялся с знатнейшими из них обширностию своей власти. При всем том Никон, пользуясь расположенностию к нему царя Алексея Михайловича, умел еще более распространить свою владельческую область, в которой являлся почти самостоятельным государем. Царь не только жаловал по просьбе Никона новые земли патриаршему дому, или кафедре, как бывало и при прежних патриархах, например в 1653 г. пожаловал два учуга - Комызяк и Чеганчету в Астрахани, но пожаловал в 1654 г. село Антоново и деревню Юрьевку в Курмышском уезде Никону лично "в особ, не в домовыя патриаршия земли". Этого мало. Несмотря на то что по Уложению, против которого так восставал Никон, прямо запрещено было патриарху, как и другим архиереям и всем духовным лицам, умножать свои недвижимые имения посредством покупки, для Никона делались и здесь исключения. Царь дозволял Никону покупать новые земли и вотчины как на его собственное имя, так и для трех новых, основанных самим Никоном и излюбленных им монастырей.
Никону, когда он был еще митрополитом Новгородским, полюбилось во время его ежегодных переездов из Новгорода в Москву одно небольшое и малолюдное село Валдай и находившееся при нем большое озеро Валдайское со множеством островов, покрытых лесом. И у Новгородского владыки тогда еще родилось желание устроить на одном из островов этого озера общежительную обитель. В 1652 г., путешествуя на Соловки за мощами святителя Филиппа, Никон имел однажды на море, как сам рассказывает, сонное видение: ему явился святитель Филипп и укреплял его на то "благое дело". И Никон, пробудившись от сна, дал обет воздвигнуть на Валдайском озере монастырь и в нем две церкви: одну во имя чудотворной иконы Богоматери Иверской, копию с которой он достал себе с Афона, когда был еще новоспасским архимандритом, а другую во имя святителя Московского Филиппа. Возвратившись в Москву с мощами святителя и затем сделавшись патриархом, Никон открыл свое желание и свой обет царю Алексею Михайловичу и просил пожаловать место для построения монастыря. И государь пожаловал из своих дворцовых сел как на устроение монастыря, так и на пропитание будущей в нем братии село Валдай с озером Валдаем, а также окрестные села и деревни с пустошами, озерами и всякими угодиями. Никон отправил надежных людей и во главе их архимандрита новгородского Свято-Духова монастыря Иакова избрать один из Валдайских островов, наиболее пригодный для построения на нем монастыря. Когда остров был избран, Никон, одобрив избрание, прислал в сентябре 1653 г. архимандриту Иакову благословение приступить к постройке монастыря и вместе образ Пречистой Богородицы Иверской пядницу, обложенный чеканным серебром, позолоченный и украшенный драгоценными камнями. А Новгородский митрополит Макарий, в епархии которого находился Валдай, прислал тому же архимандриту по приказанию Никона благословенную грамоту на сооружение как монастыря, так и двух деревянных церквей, соборной во имя Иверской иконы Богоматери и трапезной во имя святителя Филиппа, и два антиминса, с тем чтобы сам архимандрит и освятил обе церкви по окончании их. Валдайское озеро Никон велел в октябре с соизволения государя называть "Святым озером", самый монастырь Иверским, и вскоре за тем и село Валдай переименовано в Богородицкое. Наделив новостроящийся монастырь несколькими из своих дворцовых сел, царь дозволил еще Никону вопреки своему Уложению приобретать для того же монастыря вотчины покупкою. И Никон в ноябре купил в Клинском уезде село Щапово с деревнями да 60 пустошей. А царь в следующем месяце пожаловал на Иверский монастырь несколько новых рядков в Новгородском уезде с их угодиями и целый боровицкий Яковлевский монастырь с его вотчинами - и все это пожаловал Никону, как сказано в царской грамоте, "к новому его монастырю в монастырские земли, а не в домовые патриарши вотчины".
В начале 1654 г., когда Иверский монастырь был уже окончен строением и обеспечен средствами, Никон позаботился о его церковном возвышении и внутреннем устройстве. Отпустив архимандрита Иакова на его прежнюю должность в Новгород, Никон избрал для своего монастыря нового настоятеля по имени Дионисий, "мужа искусна и Божественному писанию исполнена, добродетельна, незлобива и кротка", произвел его в архимандрита и "чести ради той св. обители" благословил его и его будущих преемников служить Божественные службы в митре, с палицею, с ковром, с сулком на посохе, с рипидами, с осенением и занимать при соборных служениях и заседаниях четырнадцатое место после сторожевского архимандрита. В то же время патриарх послал нового иверского архимандрита Дионисия с двумя другими настоятелями монастырей в Боровицкий монастырь, чтобы они перенесли оттуда с подобающею честию мощи святого праведного Иакова Боровицкого в Иверский монастырь, а сам устроил в Москве на собственные деньги сребропозлащенную раку для этих мощей и четыре сребропозлащенные ковчега, в которые вложил части мощей четырех Московских святителей: Петра, Алексея, Ионы и Филиппа. С этими ковчегами и ракою Никон отправился сам в Иверский монастырь, а Новгородского митрополита Макария послал для сретения мощей святого Иакова Боровицкого. Макарий встретил мощи за двадцать верст от Иверской обители в селе Едрове, туда же спустя три-четыре часа прибыл и Никон с святынею из Москвы. Оба крестные хода здесь соединились и 24 февраля с великим торжеством внесли всю принесенную святыню в соборную церковь Иверской обители. Чрез два дня Никон вместе с митрополитом Макарием и многочисленным духовенством переложил мощи святого Иакова Боровицкого в новую раку, совершил литургию, щедро обделил всю братию, которой было тогда уже "пять пятериц со единем", царскою и своею милостынею, сам избрал и освятил место для созидания каменной соборной церкви и дал обители уставную грамоту, собственноручно им написанную, для постоянного руководства. Скоро Никон купил для Иверского монастыря новые села и деревни, а царь, утверждая за монастырем своею грамотою от 6 мая "вовеки неподвижно" все его вотчины, жалованные, купленые, меновые и закладные, пожаловал ему еще: в Короцком погосте Покровский монастырь с крестьянами и со всеми угодьями; в Деревяницком погосте Лисий, или Лисич, монастырь со всеми вотчинами; в Москве для приезда монастырских властей двор, где прежде останавливались греки, между Богоявленским монастырем и подворьем Новгородского владыки; в Старой Руссе шесть соляных варниц с заводами, амбарами и двором и пр. Это было еще до отправления Алексея Михайловича на войну против поляков и до появления морового поветрия в Москве. А к концу года, когда Никон представил царю, возвращавшемуся уже с войны, в Вязьме все его семейство, царь в благодарность Никону, сохранившему своими "молитвами" и своим "бодроопасным тщанием" это семейство от поветрия, пожаловал еще 5 декабря на Иверский монастырь свою вотчину - пригород Холм с крестьянами, деревнями и угодиями, взамен которой, впрочем, спустя месяц велел отвести монастырю целых пять погостов в Старорусском уезде также с деревнями, с крестьянами и со всякими угодиями.