Начало 1655 г. ознаменовалось для Иверской Свято-Озерской обители переселением в нее иноков Кутеинского монастыря из-под Орши. Этот многолюдный монастырь, славившийся строгостию своего общежития и особенно благочестием своего основателя и игумена Иоиля Труцевича, много пострадал тогда вместе с другими белорусскими монастырями по случаю военных обстоятельств. Патриарх Никон, наслышавшийся о достоинствах Иоиля и его обители, просил царя Алексея Михайловича, чтобы он повелел перевести кутеинскую братию в Иверский Свято-Озерский монастырь "ради устроения в нем общаго жития". Царь охотно дал повеление, и Иоиль немедленно покорился желанию патриарха и покинул родной край. Но дряхлый старец во время переселения скончался на пути в местечке Болдине и завещал братии перенести его тело в Иверскую обитель, сказав: "Аз послушание мое к пастырю (Никону) и по смерти сохраню". Сопутствовавшие Иоилю кутеинские монахи тотчас же избрали себе (в феврале 1655 г.) на место его нового игумена Дионисия, бывшего у них наместником, и Никон утвердил его настоятелем своего Иверского монастыря, а впоследствии возвел и в сан архимандрита, дав прежнему иверскому настоятелю, архимандриту Дионисию, настоятельское место в другом монастыре. Впрочем, теперь переселилась в Иверский монастырь только часть иноков из Кутеинского монастыря, многие же еще остались в этом же монастыре или разошлись по другим белорусским обителям. Потому Никон послал наместника Иверского монастыря Филофея с грамотою своею от 20 октября 1655 г. пригласить и остальных кутеинских монахов из Белоруссии в Иверскую обитель и перевезти сюда из Кутеинского монастыря "печать книжную со всяким нарядом, и печатныя книги, и печатных мастеров". В этой перенесенной в Иверский монастырь типографии со временем было напечатано несколько книг. Некоторые из переселившихся сюда кутеинских монахов были люди образованные: одни из них занимались впоследствии по поручению церковных властей переводами на русский язык литовско-польских хроник и других сочинений, другие - переплетным мастерством, третьи - резьбою на дереве, и под их влиянием при Иверском монастыре возникло и процвело изразцовое дело. Патриарх Никон, очень довольный поселением в его излюбленной обители таких иноков, начал просить государя о новых ей милостях, и государь велел (7 мая и 3 декабря 1655 г.) приписать к Иверскому монастырю еще четыре монастыря со всеми их вотчинами и угодиями: в Клину - Успенский, в Твери - Федоровский, в Торжке - Рождественский и в Старой Руссе - Спасский. Первые три монастыря пожалованы с целию, чтобы Никон мог иметь в них остановку и отдых во время своих поездок в Иверскую обитель.
В августе 1655 г. Иверский монастырь посетили патриархи Антиохийский и Сербский на пути в Новгород. Они встречены были здесь с великою честию, провели до пяти дней (14 - 19 августа), оба совершали литургию на праздник Успения Пресвятой Богородицы. Монахов в монастыре было множество, и в числе их до 70 переселившихся сюда из Кутеинского монастыря. Патриархам сказывали, что Никон купил для Иверской обители около 60 деревень за 60 тысяч рублей, подарил ей много ферм, составлявших собственность патриаршего престола, с их заведениями, 80 соляных и 180 рыбных озер, что на постройку монастыря истрачено до миллиона монет и что доходы монастыря простираются свыше 10000 рублей в год. Новый каменный храм в монастыре был уже вчерне совершенно окончен, и патриархам показалось, что он "и просторнее, и красивее, и выше соборного храма московского".
Для этого храма в Иверской обители Никон заблаговременно приготовил новую икону Иверской Божией Матери. Еще будучи Новгородским митрополитом, он, наслышавшись от достоверных мужей о чудесах, совершавшихся на Афоне от Иверской иконы Богоматери, послал туда искусных иноков-иконописцев для снятия с нее точной копии, но желание его только "многими леты и со многим трудом в совершение прииде", как сам он свидетельствует в одной своей грамоте 1654 г. Сопровождавшие икону с Афона священноинок Корнилий и монах Никифор чрез Молдавию и Валахию встретили затруднение при переправе через Дунай. С них потребовали такую пошлину, какой они не в состоянии были заплатить, и они помышляли уже вернуться на Афон, если бы не выручил их своею помощию богатый грек Мануил Константинов, ехавший в Москву по торговым делам и не согласившийся в Москве принять вознаграждения от Никона. Как бы то ни было, но в 1654 г. икона находилась уже в Москве, и Никон не пожалел своих келейных сокровищ, чтобы устроить для нее ризу, украшенную множеством драгоценных камней и стоившую, по словам его самого, до 44000 рублей в тогдашнее время. Устройство ризы кончено, судя по вычеканенной на ней надписи, к 1 марта 1656 г. Приготовив для новой соборной церкви Иверского монастыря такую богато украшенную икону, Никон приказал вылить для той же церкви новый большой колокол в 780 пудов и, когда все было готово к освящению ее, сам прибыл в Иверскую обитель. Здесь уже ожидали его два митрополита - Новгородский Макарий и Крутицкий Питирим и Тверской архиепископ Лаврентий со многими архимандритами, игуменами и священниками. С ними-то 16 декабря 1656 г. он и совершил торжественное освящение соборной монастырской церкви, предварительно поставив в иконостасе ее новую икону Иверской Богоматери, принесенную с Афона. Таким образом, в течение трех лет могущественный патриарх успел и воздвигнуть, и украсить, и возвысить в иерархическом отношении свою Иверскую обитель, и сделать ее одною из богатейших обителей в России.
Едва успел Никон довести до конца сооружение своей Иверской Свято-Озерской обители, как приступил к основанию другой. Что подвигло его к этому, объясняет он сам. В 1639 г., когда он был еще иеромонахом, однажды он плыл морем из Анзерского скита и от великого волнения морского едва не утонул, но, уповая на силу Животворящего Креста, был спасен и прибит волнами к острову Кию пред Онежским устьем. В память своего спасения он водрузил святой крест на том месте острова, где ступил на берег. Прошло тринадцать лет, и Никон, уже Новгородский митрополит, возвращаясь из Соловецкого монастыря морем с мощами святителя Филиппа, пристал к тому же острову Кию и увидел, что крест, им поставленный, стоит в целости, а при том услышал, что многие застигнутые на море бурею, видя этот крест, спасаются верою от потопления. Никон тогда же дал обет построить здесь монастырь Ставрос, т. е. Крестный, во имя Святого Животворящего Креста и святителя Московского Филиппа. О всем этом Никон рассказал царю Алексею Михайловичу, и царь по просьбе Никона пожаловал ему грамоту, которою дозволял "на том острову, идеже честный крест водрузил (Никон), поставить церковь и монастырек соградить". Грамота царя дана была 13 июня 1656 г. А через десять дней Никон издал от себя весьма обширную окружную грамоту ко всем православным отечественной Церкви и, рассказав им вначале то же самое, что прежде рассказал царю, призывал их делать пожертвования на вновь сооружаемую Крестную обитель. Не знаем, были ли и как велики были эти пожертвования, но знаем, что сам Никон еще до основания Крестной обители устроил для нее большой крест из кипарисного дерева, представлявший собою по высоте и широте, как свидетельствовал Никон, точное подобие того Креста, на котором был распят Господь. Этот кипарисный крест украсил Никон серебром, золотом и драгоценными камнями и внутри его положил до 300 частиц святых мощей с кровию разных святых мучеников и с частицами чтимых палестинских камней. На сторонах креста изображены были святые равноапостольные Константин и Елена в виде предстоящих, а у подножия - царь Алексей Михайлович, царица Мария Ильинишна и сам патриарх Никон в молитвенном положении на коленах. Устроенный таким образом крест отправлен был Никоном на остров Кий "в первые незыблемое основание" Крестной обители спустя лишь несколько дней по получении царского указа о сооружении ее, так как об этом отправлении уже объявлял Никон в упомянутой своей окружной грамоте. Знаем, что Никон не монастырек только соградил на Кие-острове с небольшою деревянною церковию, а создал полный и богатый монастырь со всеми необходимыми принадлежностями и кроме деревянных воздвиг в нем каменную церковь во имя Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, которую и освятил впоследствии сам, именно в 1660 г. сентября 2-го. Знаем, что по ходатайству Никона царь пожаловал Крестному монастырю село Богословское в Белозерском уезде (1657), половину оброчных погостов Поноя и Еконги в Кольском уезде, равно как половину рек Поноя и Бахты с рыбными на них ловлями (1658), и приказал приписать к Крестному монастырю печенгский Трифонов монастырь с его вотчинами (апрель 1658 г.), а сам Никон с соизволения государя купил для Крестного монастыря село Турунтаево с деревнею Дылево в Вологодском уезде за три тысячи рублей из своих келейных денег (апрель 1656 г.) да село Воздвиженское в Волоцком уезде, которое в 1658 г. променял боярам Салтыковым на вотчину их в Рузском уезде - село Казаново с пустошами. Кроме того, царь пожаловал (10 июля 1657 г.) Крестному монастырю в Каргопольском и Турчасовском уездах семнадцать волостей с целыми десятками деревень и множеством земли и крестьян, взяв себе взамен тех волостей купленные патриархом Никоном в Московском уезде село Черкизово да четыре сельца и девять деревень. Еще пожаловал царь тогда же и тому же монастырю в Каргопольском уезде село Подпорожье и волость Биричевскую со многими деревнями и крестьянами да в Коротецкой волости шесть оброчных деревень, взяв себе взамен того от монастыря село Турунтаево с деревнею Дылево. Вследствие всего этого в 1661 г., следовательно, спустя четыре года с основания Крестного, или Ставросова, монастыря оказалось, что он имел уже в своем владении 819 крестьянских дворов и в этом отношении далеко превосходил все, самые даже древние новгородские и более северные наши монастыри, за исключением только двух, Кирилло-Белозерского и Хутынского.