В грамоте своей по случаю морового поветрия Никон прежде всего призывал всех к покаянию. "От чего поветрие, - писал он, - один Бог ведает, а мы можем только сказать, что не бывает скорби, глада, губительства, недугов и иных бедствий ни в городе, ни в селе, если Господь не попустит... Наш долг молиться и плакать пред Господом Богом не только о себе, но и о людях, дабы со всеми нами сотворил милость Свою, но и вас молим, всех и каждого, каяться в ваших грехах, бывших и настоящих, очистить себя св. исповедию, и молитвою, и постом, со слезами укротить праведный гнев Божий (причем приведено 69-е правило св. апостолов). Да постится же каждый из вас по силе, как сын Восточной Церкви, и да причастятся все, кого признают достойными духовные отцы, Животворящих Тайн Христовых. Если же кто и после этого завещания нашего не отступит от злодеяний своих, и св. исповедию, постом и молитвами не сделается своим Господу, и не сподобится Св. Тайн, то да ведает, что я чист от всякого нарекания, сказав вам волю Господню, заботясь о вашем здравии и спасении". Затем Никон убеждал всех, чтобы сами берегли себя с Божиею помощию от морового поветрия и удалялись от него и что такое бережение себя - дело доброе, и в подтверждение своих слов привел отрывок из святого Афанасия Великого, указывал на пример Самого Спасителя, Который бежал от Ирода и не раз уклонялся от иудеев, хотевших умертвить Его, на пример святого апостола Павла, также не раз спасавшегося от врагов, и на недавний пример жителей Москвы во время бывшего в ней (1654) поветрия. "Те, которые бежали тогда из Москвы с надеждою на Бога в здоровые места, говорил Никон, - те и ныне здравствуют и поучаются на богоугодные дела. А те, которые не захотели спасаться, те не только самих себя повергли в погибель, но увлекли туда и многих ненаученных, обольстивши их своими ложными видениями и снами, за что и приимут месть от руки Вседержителя не менее убийц... Да и об нас тогда многие, собираясь вместе, говорили неподобное, приписывали нам грехи, которых мы не только не делали, но и в мыслях не имели, обвиняли нас за отхождение из Москвы, хотя оно было по указу великого государя, - буди им милость Божия и не постави им, Господи, греха... Они от лукавого своего сердца предлагали свои ложные видения простецам, а простецы, напитавшись лживыми баснословиями крамольников, клеветали то на одного, то на другого и называли их виновниками морового поветрия..." Потому Никон умолял, чтобы и теперь, во время нового морового поветрия, не верили лживым пророкам, которые во множестве являются в разных местах и кричат: "Видел сон, видел сон и получил от Господа такое-то извещение" или говорят: "Ради такого-то или другого человека постигла нас язва" и увлекают многих простых людей к погибели. Никон советовал: "Приводите таких лжепророков и сновидцев к нам, вашему пастырю, а мы данною нам от Христа Бога властию вязать и решить наложим на таких лжесловесников подобающее обличение по преданию св. Восточной Церкви". В заключение патриарх приглашал всех: "Приидите, восплачем все пред Господом... посеем слезами да пожнем в радости, будем ниневитянами, а не содомлянами, изыдем из Содома и убежим в Сигор"; излагал довольно длинную покаянную молитву к Богу от лица своих духовных чад и снова призывал всех покаяться, оставить грехи и своими добродетелями привлечь на себя милость Божию. Нельзя не сознаться, что обе окружные грамоты Никона, нами рассмотренные, и особенно последняя, страждут многословием, повторениями, растянутостию и что самый слог в грамотах недовольно чист и правилен, а по местам и недовольно вразумителен - недостатки, которые заметили мы и в двух речах Никона, сказанных им на Московских Соборах 1654 и 1655 гг. С другими литературными трудами Никона, не относящимися к его проповедничеству, познакомимся впоследствии.
Никон сам не знал в детстве другой школы, кроме первоначальной, не обучался другим языкам и наукам, кроме славянской грамоты и письма. Но при своем светлом уме он понимал значение наук и научного образования и потребность для русских знания особенно греческого языка. И потому, лишь только сделался патриархом, он основал в Москве греко-латинское училище наподобие тех, какие существовали в Западной России. Ученый иностранец Адам Олеарий, в первый раз посетивший Москву в 1634 г., и потом посещавший ее еще несколько раз, и не раз дополнявший описание своего путешествия к нам, в издании этой своей книги 1656 г., где упоминает уже и о патриархе Паисии Иерусалимском, замечая, что он "лет шесть тому назад, именно в 1649 г., приезжал в Москву", и о патриархе Никоне, поместил следующее известие: "В настоящее время, к немалому удивлению, русское юношество по распоряжениям патриарха и великого князя начинают обучать греческому и латинскому языкам; для этого близ патриаршего двора учреждена уже латинская и греческая школа, которою заведывает и управляет один грек по имени Арсений... Чтобы учиться, у русских в добрых головах недостатка нет: между ними встречаются такие способные люди, одаренные ясным умом и хорошею памятью". Этот Арсений Грек был тот самый, которого вызвал Никон из Соловецкого монастыря, сделал своим библиотекарем и "устроил, по выражению Неронова, яко учителя, паче же к тиснению печатному правителя". Долго ли существовала греко-латинская школа после падения Никона и какие принесла плоды, сведений не сохранилось. Сам Никон, как свидетельствует Павел Алеппский, "очень любил греческий язык и старался ему научиться", будучи уже патриархом. Свое сочувствие и уважение к наукам и просвещению Никон выразил также составлением своей библиотеки. В конце июля 1658 г., после того как Никон удалился с кафедры в Воскресенский монастырь, царь Алексей Михайлович приказал переписать патриаршую, домовую и келейную, казну и книги в патриаршем Казенном приказе и кельях патриарха, и при этом книг оказалось более тысячи. Много было тут книг славянских, письменных и печатных, - некоторые из них могли перейти от прежних патриархов. Еще более книг греческих, также письменных и печатных, - это преимущественно были книги, принесенные с Востока старцем Арсением Сухановым и купленные там на государевы деньги и соболи. Но немало находилось здесь книг греческих и греко-латинских, купленных на собственные келейные деньги патриарха Никона в Новгороде и состоявших под непосредственным заведованием Арсения Грека. В этой лично Никону принадлежавшей библиотеке встречаем весьма ценные книги, каковы: а) письменные: Номоканон греческий, харатейный, с толкованиями; девять Служебников греческих, харатейных; три церковных Устава греческих; три книги Григория Богослова греческих, харатейных; б) творения знаменитейших отцов Церкви, изданные в западных типографиях на греческом и латинском языках или на одном латинском, именно: Дионисия Ареопагита, Иустина Философа, Григория Чудотворца, Климента Александрийского, Киприана, Кирилла Иерусалимского, Афанасия Великого, Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоустого, Григория Нисского, Кирилла Александрийского и др.; в) церковно-исторические книги, изданные там же на греческом и латинском языках: акты Соборов, Вселенских и Поместных; "История" Евсевия Кесарийского, Никифора Каллиста; История Флорентийского Собора и пр.; г) сочинения древних языческих писателей, изданные на тех же языках, как-то: Плутарха, Демосфена, Геродота, Страбона, Аристотеля. Все эти книги по окончании переписи их, как принадлежавшие Никону, были немедленно пересланы к нему в Воскресенский монастырь по приказанию государя, а из греческих книг, купленных Сухановым, одни пересланы были туда же, к Никону, другие же переданы справщику Арсению Греку.