Отсюда шайки казаков и татар рассеялись по всей Волыни и опустошили города: Острог, Заславль, Луцк, Владимир, Кобрин, Брест Литовский, везде избивая жидов и ляхов. Так продолжалось до избрания (17 ноября) нового короля Яна Казимира, который еще прежде, чем был избран, писал к Хмельницкому, что не будет мстить казакам и подтвердит все их права. Теперь, как только этот король, извещая Хмельницкого о своем избрании, приказал ему прекратить смуту, Хмельницкий повиновался и поворотил свое войско от Замостья в Украйну, к Чигирину и Киеву.
Прошел год, как Хмельницкий, униженный и беззащитный, принужден был спасать свою жизнь бегством из Украйны. Теперь, в 17-й день декабря 1648 г., он въезжал в столицу Украйны Киев с величайшим торжеством. Случилось так, что в Киеве находился тогда Иерусалимский патриарх Паисий, путешествовавший в Москву за милостынею. Он сам выехал навстречу к Хмельницкому из города, окруженный тысячью всадников, а митрополит Киевский, бывший тут же, посадил Хмельницкого в свои сани и дал ему место подле себя, с правой стороны. Весь народ, вышедши из города, вся чернь приветствовали героя, а академия (т. е. киево-братский коллегиум) чествовала его речами и восклицаниями, как Моисея, защитника, спасителя и освободителя народа от польского рабства, и по имени его - Богдан называла его от Бога данным. Патриарх дал ему титул светлейшего князя. Из всех пушек и других орудий в замке и в городе раздавалась пальба.
На обеде у печерского архимандрита Хмельницкий сидел на первом месте. В день именин Богдана, т. е. Феодора, Хмельницкого, вероятно, 27 декабря, когда бывает память святого Феодора Начертанного, сам патриарх совершал литургию. Хмельницкий стоял в церкви на первом месте, и все выражали к нему благоговение, а некоторые целовали его ноги. Под конец обедни патриарх пригласил Хмельницкого к святому причастию. Хмельницкий сначала не решался, потому что не был на исповеди. Но патриарх будто бы дал ему публично разрешение от всех грехов, настоящих и будущих, и сказал ему: иди и причащайся. Тут же в церкви патриарх будто бы совершил бракосочетание Хмельницкого с бывшею наложницею врага его - Чаплицкого, хотя она не присутствовала в церкви, а находилась в Чигирине, и дал Хмельницкому благословение на ляхов. Вслед за тем происходила пальба из пушек по случаю торжества. Хмельницкий подарил патриарху шесть лошадей и тысячу злотых. В следующие дни патриарх вел с Хмельницким тайные переговоры и потом отправился в Москву. На следующий день после своих именин Хмельницкий дал гетманскую грамоту Киево-Печерскому женскому монастырю, в которой приказывал крестьянам села Подгорцев быть по-старому в послушании этому монастырю, отбывать на него работы и другие повинности и объявлял вообще: "Мы со всем войском не хочем отнимать крестьян у монастырей, на войсковую услугу даст Бог охотников и без церковных людей". Таким объявлением он успокаивал духовенство относительно его владельческих прав и привлекал его к себе. Из Киева Хмельницкий переехал на короткое время в Чигирин, потом в Переяслав. Сюда стеклись к нему послы из соседних государств: из Турции, Валахии, Молдавии, Венгрии, Трансильвании и из самой Москвы от царя Алексея Михайловича. Все они приветствовали могущественного гетмана с одержанными победами и искали возможности заключить с ним союз от имени своих государей. Московский посол Унковский, как были слухи, будто бы спрашивал Хмельницкого: действительно ли он воюет только за веру? Если за веру, то царь готов прислать ему 40 тысяч вспомогательного войска с тем, однако ж, условием, чтоб царю уступлена была пограничная часть Украйны. Сюда же прибыли к Хмельницкому и комиссары от нового польского короля: Адам Кисель, сделавшийся уже по воле короля воеводою киевским, и его товарищи. Во время пути их, когда они останавливались (23 генваря 1649 г.) в Белогородне, неподалеку от Киева, к ним приезжали Киевский митрополит и печерский архимандрит для тайных переговоров с паном воеводою, а чрез пять дней пан воевода ездил под Киев для переговоров с митрополитом и архимандритом. Хмельницкий встретил (9 февраля) комиссаров с большою честию, принял от них при торжественной обстановке гетманскую булаву и знамя, присланные ему королем, выслушал королевскую грамоту, объявлявшую прощение всех прежних его проступков, свободу православной веры, умножение реестровых казаков, восстановление их прежних прав и преимуществ, и благодарил короля за великие милости, которых от него удостоился. Но вступать в переговоры с комиссарами решительно отказывался, несмотря на все их убеждения, и, между прочим, говорил: "Много было времени вести переговоры со мною... теперь уже не время. Я исторгну весь русский народ из польской неволи. Прежде я воевал за причиненный мне вред и за свою обиду, теперь пойду сражаться за нашу православную веру. Вся чернь по Люблин и Краков будет помогать мне в этом деле... Сам патриарх благословил меня в Киеве на эту войну, венчал меня с моею женою, разрешил меня от грехов, хотя бы я и не исповедовался, и приказал мне совершенно истребить ляхов; как же мне не слушаться великого и святого владыки, главы нашей, и любезнейшего гостя?" Наконец, Хмельницкий согласился только заключить перемирие до Троицына дня и, отпуская комиссаров (16 февраля), вручил им на бумаге свои условия, на которых он может согласиться и на заключение мира и в которых требовал, чтобы в Киевском воеводстве и во всей Руси не было унии и не поминалось даже самого ее имени, чтобы Киевский митрополит имел место в сенате первое после архиепископа Гнезненского; чтобы запорожское войско само избирало себе гетмана и он правил Киевом и всеми городами и областями за Днепром; чтобы паны и шляхта уступили свои имения, села и деревни за Днепром запорожскому войску навсегда; чтобы жидам и жидовским арендам за Днепром никогда не быть и пр.
Хмельницкий понимал, что условий его поляки не примут, и начал готовиться к новой войне с ними, сносился с Крымом и с Москвою. В апреле 1649 г. он поручал одному игумену, Павлу, отправлявшемуся в Москву, сказать там Иерусалимскому патриарху, "чтоб государь пожаловал велел его, гетмана, и запорожских черкас приняти под свою государскую высокую руку и помочь им учинил, а ныне-де они, сложась с крымскими татары, хотят вести войну с поляки". А в мае месяце присылал в Москву чигиринского полковника Вешняка с грамотою, в которой писал от лица всех запорожских казаков к царю Алексею Михайловичу: "Нас, слуг своих, до милости царского своего величества приими и благослови, яко православный государь, рати своей на наступцов наших и за веру православную наступити... Вашему царскому величеству низко бьем челом: от милости своей не отдаляй нас, а мы Бога о том молим, чтоб Ваше царское величество, яко правдивый и православный государь, над нами царем и самодержцею был". Царь Алексей Михайлович отвечал (от 13 июня): "Доброе хотение Ваше служить нам со всем запорожским войском жалуем и похваляем, но послать Вам рать нашу на помощь против ваших неприятелей не можем, потому что, как мы извещали Вас и в прежней нашей грамоте (посланной, вероятно, с послом Чиковским), у нас с Польшею уже давно "учинено вечное докончанье", которого нарушить невозможно. Если же король польский "тебя, гетмана, и все войско запорожское учинит свободных, без нарушения вечного докончанья, и мы, великий государь, тебя, гетмана, и все войско запорожское пожалуем, под нашу царского величества высокую руку приняти велим". Между тем еще прежде, нежели был получен этот ответ царя, Хмельницкий выступил с своим войском из Чигирина и, подвигаясь весьма медленно, напал (29 июня) вместе с ханом на польское войско, окопавшееся под Збаражем, и целый месяц держал его в осаде, а когда на помощь осажденным приближалось новое войско под предводительством самого короля Яна Казимира, напал и на это войско и нанес ему (5 августа) сильное поражение под Зборовом. Король принужден был заключить (9 августа) и с крымцами и с казаками выгодный для них договор. В договоре с казаками было постановлено: а) войско запорожское остается при всех давних своих вольностях и будет простираться до 40000 человек; б) Чигирин с округом отдается гетману Хмельницкому и навсегда имеет оставаться за гетманом запорожского войска; в) жидам не быть на Украйне, где казаки имеют свои полки; г) об унии, как в Польше, так и в Великом княжестве Литовском, о церковных имениях и о всех правах Церкви будет рассуждено и постановлено вместе с Киевским митрополитом и духовенством на ближайшем сейме, чтобы желание митрополита исполнилось и каждый пользовался своими правами, а место в сенате Киевскому митрополиту король позволяет иметь; д) все должности и чины в воеводствах Киевском, Черниговском и Брацлавском король обещает раздавать только дворянам православной веры; е) в Киеве, где находятся русские школы, равно и в других украинских городах, не могут оставаться иезуиты, и все русские школы в тех городах должны оставаться в целости и пр.