Стараясь исправлять наши богослужебные книги по старым спискам и во всем согласовать наше богослужение с греческим, Никон не раз показывал любовь свою к этим старым спискам и греческому богослужению при самых своих священнодействиях. В 1656 г., апреля 29-го, он совершал в Успенском соборе молебствие, отпуская воевод на государеву службу, князя Алексея Никитича Трубецкого со товарищи, и при этом "молитвы отпускные говорил по киприановскому Требнику". В 23-й день июня того же года, совершив крестный ход в Сретенский монастырь и оттуда обратно в Успенский собор, Никон прочитал здесь "молитву в Потребнике киприановском". В 1657 г., сентября 1-го, патриарх совершил обряд новолетия на площади "по Чиновнику печатному против прежнего (т. е. согласно с прежним) и против Потребника киприановского". Еще чаще Никон допускал, чтобы или все богослужение, или некоторые части его отправляемы были у нас по-гречески. Устроив на подворье своего Иверского монастыря в Москве церковь, он просил освятить ее Антиохийского патриарха, чтобы видеть, насколько греческий чин освящения сходен с русским. В назначенный для освящения день, 27 мая 1656 г., Никон со всеми властями облачился в церкви трех святителей, что у него на сенях, и пошел крестным ходом к Лобному месту, приказав нести в числе других икон и Иверскую икону Богоматери, приготовленную и богато украшенную им для Иверской обители. Совершив на Лобном месте обычное осенение, отправился в Посольскую улицу к Иверскому подворью. Здесь навстречу из церкви Пафнутиевского подворья вышел патриарх Макарий с своими греческими властями, неся на главе святые мощи. Оба крестные хода соединились, вошли в Иверское подворье и три раза обошли вокруг новой церкви. Затем Макарий совершил освящение церкви, причем пели все его греческие старцы, а "архидиакон Московского патриарха и несколько писцов тут же записывали, как шла вся эта церемония". По окончании освящения, отпустив крестный ход в Успенский собор, Никон вместе с Макарием совершил в новоосвященной церкви литургию, в продолжение которой все читалось и пелось только по-гречески. В декабре того же года, когда Антиохийского патриарха Макария уже не было в Москве, патриарх Никон ездил в Вязьму для встречи государя царя, возвращавшегося с войны, и, встретив, провожал его с крестным ходом в царские хоромы, причем певчие дьяки по приказу патриарха и в продолжение всего пути и в царских хоромах пели по-гречески. В 1657 г., сентября 5-го, Никон служил после вечерни торжественный молебен в Чудовом монастыре накануне его храмового праздника, и канон пели протопопы по-гречески, а на самый праздник за всенощной тропарь и седальны воскресные пели по-гречески певчие, дьяки и подьяки. Сентября 14-го, на Воздвижение, когда Никон воздвизал крест в Успенском соборе, певчие пели и по-славянски и по-гречески. Октября 1-го, во время крестного хода из Успенского собора в Покровский монастырь, в присутствии патриарха и царя некоторые песни певчие пели по-гречески. Декабря 25-го, на праздник Рождества Христова, во всенощной канон пели дьяки-певчие по-гречески. В 1658 г., во время служения Никона даже в придворных церквах, 12 генваря и 2 февраля, канон за всенощной певчие пели по-гречески и пр. Как ни строг был Никон в исполнении обрядов и церемоний, принятых всею Восточною Церковию, но в обрядах местных, существовавших только у нас, вроде шествия на осляти в неделю ваий, он позволял себе действовать по своему усмотрению. В 1655 г. Никон совершил этот обряд сходно с тем, как совершался он прежде. В Вербное воскресенье, облачившись в полное облачение пред литургией в соборной церкви, вместе с многочисленным духовенством он вышел из нее западными дверями и тут же сел на приготовленное осля (вернее - лошадь, совершенно закрытую белым саваном, кроме глаз), держа в левой руке Евангелие, а в правой крест. И затем двинулся в путь со всем крестным ходом, в котором участвовал и Антиохийский патриарх Макарий, при несметных толпах народа, причем вербное дерево везено было впереди. Когда шествие приблизилось к церкви Входа во Иерусалим (один из приделов Покровского собора), Никон сошел с осляти, вошел в церковь, прочел в ней праздничное Евангелие, приложился к иконе праздника и, вышедши из церкви, снова сел на осля и отправился прежним путем со всем крестным ходом в Успенский собор, где и совершил литургию. Но в следующем (1656) году Никон поступил иначе. Из соборной церкви в Вербное воскресенье он не поехал на осляти к церкви Входа во Иерусалим, а пошел пешком во главе крестного хода и, совершив краткое молебствие в этой последней церкви, пошел из нее также пешком к Лобному месту. На Лобном месте велел архидиакону читать Евангелие о Входе Спасителя во Иерусалим, и, когда архидиакон произнес: Обрет же Иисус осля, седе на не (Ин. 12. 14), протопоп и протодиакон подвели к Никону осля. Он сел на осля и от Лобного места совершил обычное шествие в Успенский собор. Замечательно также, что Никон, несмотря на происходившие у нас жаркие споры о прилоге "и огнем" в известной молитве на водоосвящение, окончившиеся исключением этого прилога из молитвы, удерживал, однако ж, самый обряд. Накануне Богоявления, в 1655 г., освящая воду на реке Москве, он тотчас после троекратного погружения святого креста "взял три больших восковых свечи и, обернув их вниз, погрузил в воду с огнем, и они там погасли".
Любовь свою к храмам и святым иконам Никон показал, когда созидал храмы в трех своих монастырях, Иверском, Крестном и Воскресенском, и когда для первого устроил икону Иверской Божией Матери в 14000 рублей, а для второго большой крест с множеством святых мощей и драгоценных украшений. Ту же любовь он показал и при устроении церквей в своих новых каменных палатах. Эти палаты, которые заложил Никон, как только сделался патриархом, подле прежних патриарших покоев и для сооружения которых вызвал лучших немецких мастеров, строившиеся три года и стоившие, как говорили, до пятидесяти тысяч рублей, были предметом удивления для современников. (Кроме каменных великолепных палат Никон тогда же построил для себя на патриаршем дворе и зимние, весьма уютные, деревянные хоромы.) Внизу каменных палат наиболее замечательны были семь присутственных зал, о которых мы уже упоминали, а во втором этаже особенно поражала огромная зала, не столько своею величиною и богатством украшений, сколько чрезвычайно пространным сводом, не опиравшимся ни на каком столбе, называвшаяся крестовою палатою (где ныне мироваренная). В самой средине второго этажа Никон устроил церковь во имя святителей Московских Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, благолепно украсил ее и в ней большею частию и присутствовал при богослужении; над дверями в эту церковь он поместил иконы названных святителей, а внутри ее - портреты всех шести Русских патриархов, бывших до него, следовательно и Игнатия, и свой собственный. Другую благолепную и величественную церковь во имя Пресвятой Троицы устроил в той части второго этажа, которая окнами обращена на площадь к Чудову монастырю (где ныне церковь святых дванадесяти апостолов). Еще две церкви, неизвестные по имени, устроил вверху, в третьем этаже здания, где были комнаты для диаконов, возвышавшиеся над всем городом. Новые палаты патриарха Никона с их церквами совершенно окончены были к концу 1655 г., и 22 декабря он светло отпраздновал свое в них новоселье. При описании в 1658 г. домовой казны и утвари патриарха Никона в палатах его оказалось изумительное множество святых икон и крестов, в том числе унизанных жемчугом и драгоценными камнями, хотя, конечно, нельзя утверждать, чтобы все эти иконы были приобретены или устроены самим Никоном: часть из них могла перейти к нему от прежних патриархов, а другая часть могла образоваться из тех икон, какие были подносимы ему архиереями и настоятелями монастырей и церквей, равно и другими лицами при разных случаях. Мы уже упоминали, как ратовал Никон против икон латинского письма, которые начали было входить у нас в употребление, и требовал, чтобы наши иконописцы неизменно держались древних греческих подлинников и образцов; не менее ратовал он и против неблагочинного употребления православных икон. Существовал у нас тогда обычай, по которому христиане, как бы не довольствуясь теми иконами, какие находились в их приходской церкви, приносили еще в нее каждый свою икону. Этими иконами увешивались все стены церкви, не только боковые от алтаря, но и противоположные ему. Каждый ставил свечу пред своею иконою и пред нею молился, не позволяя того другим. От этого происходило, что когда присутствующие в церкви начинали класть поклоны пред своими иконами, то все смотрели врозь и обращались к алтарю и друг к другу одни боком, другие даже задом, и нарушалось единство в церковной молитве. Никон строго запретил такое чествование святых икон и велел вынести из церквей все иконы, принадлежавшие частным лицам и развешанные по стенам, несмотря на ропот и неудовольствие невежественных людей.
Как правитель Церкви Никон отличался неустанною деятельностию. Начальники всех семи присутственных зал, или приказов, находившихся под его палатами, ежедневно являлись к нему с своими докладами, на которые он тотчас же и давал свои решения. А те просьбы, которые принимал он лично, когда шел в церковь или из церкви, он читал сам и писал на них свои резолюции. Сам испытывал всех ставленников для своей обширной епархии. Они обыкновенно являлись в ту из присутственных палат, которая назначена была для разбирательства дел белого духовенства и находилась под управлением патриаршего казначея, и здесь подавали свои просьбы и документы. Когда просителей собиралось от двадцати до тридцати, казначей представлял всех их с их бумагами патриарху Никону. Никон обходил их с книгою, заставлял каждого читать и петь и тут же полагал свои резолюции на их просьбах: одних удостаивал просимого сана, другим отказывал в просьбе. Для дел более важных или касавшихся всей Церкви Никон часто, как мы видели, созывал Соборы. На одном из этих Соборов, бывшем в октябре 1656 г., была учреждена новая епархия - Вятская. Вятка со всем ее округом доселе состояла в епархии патриарха и, будучи очень удалена от Москвы, нуждалась в особом архипастыре, между тем как в Коломне, довольно близкой к Москве, находился самостоятельный епархиальный епископ. Потому решено было открыть в Вятке епископскую кафедру и переместить на нее Коломенского епископа Александра, самую же епархию Коломенскую закрыть и присоединить ее к области патриаршей. В состав Вятской епархии кроме страны Вятской отделены были из Вологодской епархии Великая Пермь, Чердынь и Соль Камская с уездами, а взамен того к Вологодской перечислены частию из патриаршей, частию из Ростовской епархии Белоозеро, Чаропский округ и Пошехонье с уездами. Учреждение Вятской епархии действительно вызвано было нуждою, но не было никакой нужды закрывать епархию Коломенскую и присоединять ее к патриаршей. Коломенская епархия существовала уже более трех столетий; епархий у нас было очень мало и недостаточно, судя по количеству народонаселения, а епархия патриаршая и без того была слишком обширна. Не без основания подозревали Никона, что он хотел только воспользоваться имуществом и вотчинами Коломенской кафедры и увеличить доходы с своей епархии чрез присоединение к ней Коломенской, а с другой стороны, хотел показать свое неблаговоление к епископу Коломенскому Александру, тайно враждовавшему против новоисправленных книг, переместив его из благоустроенной и обеспеченной епархии в новую, где долго не было своего помещения ни у епископа, ни у его свиты, и на прокормление его дана была только одна вотчина - Бобинский стан да Предтеченский монастырь в городе Котельниче. Александр неохотно покорился новому своему назначению и прибыл на Вятку в город Хлынов только 4 апреля 1658 г. Для наблюдения за духовенством в Москве Никон имел своего рода полицию. Его подьяки ходили по всем соборам и церквам, и если кого из причта не было в церкви или там происходило какое бесчиние, то виновные немедленно подвергались наказаниям, а патриаршие стрельцы постоянно ездили по улицам города и, лишь только встречали пьяного священника или монаха, тотчас тащили его в темницу, где на ноги и на шею накладывали ему кандалы и приковывали его к тяжелой колоде. Никон не давал пощады никому: ни протопопам, ни настоятелям монастырей, ни самим архиереям - и, например, Сибирскому архиепископу Симеону на целый год (с 25 декабря 1656 г. по 25 декабря 1657 г.) запрещал священнослужение за то, как можно догадываться, что он несправедливо предал проклятию одного из дьяков своих, Ивана Струну, и жестоко поступил с боярским сыном Бекетовым, несчастно скончавшимся. Из частных распоряжений Никона нельзя не упомянуть о распоряжениях его относительно татей, разбойников и всяких воровских людей. В 1656 г. он приказал в отсутствие государя из Москвы разослать (от 16 августа) грамоты по всей России и объявить по городам и селам, на площадях и торжищах, на улицах и перекрестках и в других местах, чтобы тати, разбойники и всякие воровские люди без боязни являлись к местным воеводам, старостам и в съезжие избы и приносили покаяние в своих винах пред Богом и государем и что если они таким образом покаются, то государь пожалует их, не велит их казнить, а вместо смерти дарует им живот. Когда же с течением времени оказалось, что эта кроткая мера не принесла пользы, то Никон, рассчитывая подействовать на тех же самых людей страхом, запретил священникам принимать от них исповедь и удостаивать их святого причастия даже пред смертию, на которую они будут осуждены, за что и сам впоследствии на Соборе 1667 г. подвергся осуждению.