Но не одною строгостию и суровостию по делам церковного управления и суда Никон возбуждал против себя недовольство, особенно в духовенстве. В челобитной, поданной царю в 1658 г. неприязненными Никону лицами, на управление его высказывались еще следующие жалобы: 1) отменил он прежние пошлины с духовенства за поставление на церковные степени, а установил новый порядок: велел ставленникам привозить отписки от своих местных десятильников и поповских старост, но для этого тратится каждым ставленником от двух до четырех недель, да на харч рубль и два. Прибыв с отписками в Москву, ходят ставленники на патриарший двор, ждут там до глубокой ночи да насилу недели в две дождутся слушанья, т. е. испытанья, и затем проживают в Москве еще по 15 и по 30 недель, пока будут поставлены, так что поповство обходится по пяти и по шести рублей кроме харчей и посулов архидиакону и дьякам. 2) При прежних патриархах, кроме Иосифа, ставленники все ночевали в хлебной патриаршей безденежно и невозбранно ходили рано и поздно до самых крестовых сеней патриарха, к казначею, ризничему, в Казенный приказ, а зимнею порою все дожидались в крестовой. Теперь совсем не то: страшно приблизиться и к воротам патриарха, которые постоянно заперты; священники не смеют входить к нему даже в церковь, чтобы принять благословение, а ставленникам не велят стоять и в сенях, и зимою мучатся бедные на крыльце. 3) По отдаленности некоторых мест патриаршей епархии от Москвы прежде попы ставились там от ближайших соседних архиереев и получали перехожие в местных десятильнических дворах. Патриарх Иосиф, желая собрать себе имение, запретил это и велел всем ставиться и получать перехожие в самой Москве, что соединено для духовенства с крайними издержками и тратою времени. Того же самого постоянно держится и Никон. 4) Велел Никон во всей своей области по городам и уездам переписать духовенство и вновь обложил данью: назначил с попова двора по восьми денег, с дьяконова по алтыну, с дьячкова, Пономарева и просвирнина по грошу, с нищенского по две деньги, с четверти земли по шести денег, с копны сена по две деньги и пр. Насколько верны все эти жалобы против Никона и нет ли тут преувеличений, определить нет возможности.
Недолго управлял Церковью патриарх Никон: всего шесть лет. Но надобно удивляться, как и шесть лет мог он устоять на высоте своей святительской кафедры. С самого вступления на нее он принялся за исправление церковных книг и обрядов на основании древних греческих и славянских рукописей и вел дело с такою горячею ревностию и непреклонностию воли. Но истинное значение этого дела, его важность и настоятельную нужду для Церкви понимали тогда у нас вполне кроме самого Никона только весьма немногие. Все другие или мало понимали, или вовсе не понимали и покорялись Никону кто лишь по чувству страха пред ним, кто по чувству уважения к церковной власти, в частности к власти Восточных патриархов и Соборов, принимавших участие в этом деле. Некоторые же тотчас открыто протестовали против предприятия Никонова и говорили, что наши церковные книги, изданные при прежних патриархах, вовсе не требуют исправлений и содержат истинную православную веру, которою спасались наши предки, что Никон не правит, а портит книги, искажает старую веру и вводит новую, что он еретик - враг Божий. И при том грубом невежестве, какое господствовало у нас, при всеобщей слепой привязанности к церковным обрядам, как будто в них заключается самая вера, этот протест нашел себе тайное сочувствие во всех слоях нашего общества и всюду возбуждал неприязнь и ненависть к Никону. А те крутые и суровые меры, какие поспешил он употребить против своих противников (увы, Никон в этом отношении не был выше своего века), только еще более усилили общее сочувствие к мнимым страдальцам за веру и ненависть к их гонителю. Неудивительно, если в среде этих мнимых страдальцев, ожесточенных врагов Никона, весьма рано возникла мысль, как бы свергнуть его с патриаршего престола, и если главнейший из них - Неронов, имевший большие связи в самой Москве и даже при дворе государевом, еще в 1654 г. с уверенностию публично произнес в Вологде известные уже нам слова о Никоне: "Да будет время, и сам из Москвы побежишь никем же гоним, токмо Божиим изволением; да и ныне всем вам говорю, что он нас посылает вдаль, а вскоре и самому ему бегать". Возревновал Никон против икон латинского письма, но и тут поступил слишком круто и резко. Велел насильно отобрать латинские иконы из всех частных домов и на одних иконах совсем выскоблить лики святых, на других выколоть им глаза и в таком виде носить иконы по улицам Москвы. Православные, глубоко чтившие святые иконы и большею частию не умевшие хорошо различать своих икон от латинских, были поражены и увидели в Никоне иконоборца. И когда вскоре за тем в Москве открылся страшный мор, то толпы народа явились на площадях Кремля и, держа в руках иконы, выскобленные по приказанию Никона, вопили: вот за что постиг нас гнев Божий, так поступали иконоборцы, во всем виноват Никон, мирские люди должны постоять за такое поругание святыни. Никона хотели убить, и, может быть, благодаря тому одному, что его не было тогда в Москве, он спасся от неминуемой смерти.
Кроме этих общих причин, возбуждавших более или менее всех против Никона, духовенство и бояре имели еще особые побуждения питать к нему чувства неприязни. Над духовенством Никон властвовал с неограниченною волею и деспотически. Он держал себя высоко и малодоступно по отношению не только к низшему клиру, но и к самим архиереям: не хотел называть их братиями, особенно тех, которые от него получили рукоположение, не уважал их сана, что особенно показал в своем известном поступке с епископом Коломенским Павлом, нарушал их права, отнимая у них монастыри и приходские церкви, которые приписывал к своим излюбленным монастырям и брал под свою непосредственную власть. С беспощадною строгостию и суровостию преследовал всех в среде белого и монашествующего духовенства, кого считал виновными в чем-либо, постоянно наполнял ими свои темницы и наполнил даже отдаленные монастыри Сибири, которые до Никона были почти пусты. Все страшились его, трепетали пред ним и, без сомнения, были бы рады как-нибудь освободиться из-под его тяжелого ига. Для бояр невыносимым казалось уже то, что Никон возвышался над всеми ими своею близостию к государю, своим преобладающим влиянием в советах государя, своею необычайною властию, какой облек его государь. Но еще невыносимее было то, как проявлял Никон над ними эту свою власть, как гордо и повелительно обходился с ними. Еще в бытность его Новгородским митрополитом они говорили: "Неколи-де такого бесчестья не было, что ныне государь выдал нас митрополитом". Что же должны были они чувствовать, когда Никон сделался патриархом и как бы вторым "великим государем", начал давать свои приказы и указы, особенно в отсутствие государя, заставлял их стоять пред собою и с покорностию выслушивать его волю, публично обличал их за то или другое, не щадя их имени и чести? Могли ли они не употреблять всех своих усилий, чтобы свергнуть Никона?