Все могущество Никона основывалось на благоволении к нему государя. Царь-юноша с первого знакомства с Никоном подчинился его влиянию и предался ему всею душою. И эта преданность с течением времени не только не уменьшалась, но еще увеличивалась. Царь более и более облекал его своим доверием, честию и властию и удостаивал его называть даже своим "собинным другом". Но Никон при всем своем уме не умел поставить себя на такой высоте, как следовало бы, по отношению к своему царственному другу. Не умел сдерживать своей необузданной гордости и властолюбия и с упорством оставался верен тому началу, которое высказал еще при избрании его на патриаршую кафедру, т. е. чтобы сам царь слушался его во всем как патриарха. В самой дружбе с царем Никон желал быть лицом господствующим и позволял себе такие действия, которые не могли не оскорблять государя, и, повторяясь нередко, неизбежно должны были вести к столкновениям, к размолвкам и взаимному охлаждению друзей, и наконец привести к разрыву. Мы знаем два-три таких случая, но их было, судя по непреклонному характеру Никона, наверно гораздо больше. Первый случай был торжественный, при избрании Никона на патриаршество, когда он не внял никаким мольбам и убеждениям государя, вынудил его пасть пред собою на землю и исторгнул у государя, как и у всех бывших в соборной церкви, клятвенное обещание покоряться во всем новоизбранному патриарху.
В минуты возбуждения царь, конечно, не понимал, до какого всенародного унижения довел его Никон, но потом, в минуты спокойствия, не мог не сознать этого и не испытать чувства горечи. Прошел год, и Никон до того уже зазнался, что в присутствии целого Собора сказал протопопу Неронову, когда тот напомнил ему о царе: "Мне-де и царская помощь негодна и ненадобна, да тако-де на нее и плюю и сморкаю". Разумеется, никто из присутствовавших на Соборе не осмелился подтвердить этого, боясь Никона, и Никон старался уверить государя, что это клевета Неронова, но Неронов не переставал и впоследствии утверждать, как в письмах к самому государю, так и в своей челобитной Собору 1667 г., что Никон действительно учинил такое поругание царского величества. Прошло еще более двух лет. Никон постановил с Собором, чтобы на праздник Богоявления по всей России водосвятие совершалось вместо двух раз только однажды, накануне праздника. Антиохийский патриарх Макарий всячески убеждал не делать этого, не отступать от древнего обычая. Никон настоял на своем и выпросил у государя согласие на издание указа в том смысле, в каком желал, не сказав государю о несогласии и протесте Макария. Но лишь только Макарий уехал из Москвы (25 марта 1656 г., в воскресенье шестой седмицы Великого поста), кто-то открыл государю всю правду, и государь, полагавший доселе, что Никон поступил так с согласия и по совету Макария, чрезвычайно огорчился и на Страстной седмице, в Великую пятницу, после вечерни завел в церкви с Никоном горячий спор, в жару которого воскликнул: "Мужик, б... сын, глупый человек!" Никон возразил: "Я твой духовный отец, как же можешь ты так унижать меня?" Царь отвечал: "Вовсе не ты мой отец, а святой патриарх Антиохийский - вот кто подлинно мой отец, и я сейчас же пошлю воротить его с дороги". И действительно послал. Это рассказали Макарию при въезде его в Москву на Фоминой неделе встретившиеся ему греческие купцы, присовокупив, что главною причиною того спора было высокомерие патриарха Никона, его грубость и чрезвычайная надменность. И то обстоятельство, что царь именно в Великую пятницу и после вечерни послал гонца догонять Макария и воротить его, делает рассказ этот весьма вероятным, свидетельствуя, что с царем случилось тогда что-то особенное, если он решился в такой великий и святой день и в такое время дня (после вечерни) послать за Макарием, находившимся уже в Волхове, хотя сам царь ничего не сказал об этом Макарию по возвращении его в Москву, вероятно еще прежде примирившись с Никоном по случаю наступившего праздника Пасхи. Не надобно также забывать, что царь-юноша, подпавши под сильное влияние Никона, с каждым годом мужал и становился зрелее, что почти два года он провел на войне, вдали от Никона, и успел довольно отвыкнуть от него и от его непосредственного водительства, успел приобресть более опытности и знания людей и что эта война, сопровождавшаяся необычайными успехами, покрыла царя великою славою и возвысила его в его собственных понятиях, так что он естественно сделался чувствительнее к прерогативам своей власти и ко всякому ее умалению или оскорблению и не мог уже по-прежнему переносить горделивых притязаний патриарха Никона. Сам Никон писал впоследствии к Цареградскому патриарху Дионисию: "Тогда (т. е. по окончании литовской войны) нача (царь) помалу гордети, и выситися, и нами глаголемая от заповедей Божиих презирати, и во архиерейския дела вступатися". И можно судить, как должны были подействовать на царя слова, которые сказал ему в начале 1657 г. Неронов в Успенском соборе, указывая на Никона: "Доколе, государь, тебе терпеть такого врага Божия? Смутил всю землю Русскую, и твою царскую честь попрал, и уже твоей власти не слышат - от него, врага, всем страх" А подобные слова могли теперь говорить царю и другие, особенно из окружающих его бояр, когда заметили некоторое охлаждение его к патриарху. Алексей Михайлович не вдруг, впрочем, изменил свои отношения к прежнему любимцу. В 18-й день октября 1657 г. царь еще приезжал по приглашению Никона в его новую обитель, Воскресенскую, на освящение церкви со всем своим семейством и синклитом, провел здесь два дня, был очень внимателен к хозяину и, когда отъехал, благодарил его письмом, в котором называл его по-прежнему великим государем, самую обитель назвал Новым Иерусалимом, не отказываясь и впредь посещать ее. А ровно через месяц, 18 ноября, Никон писал в свою Иверскую обитель, что царь хочет пожаловать в нее после праздника Рождества Христова, и приказывал приготовить для встречи царя речи, певчих и все пр. Но дней через десять извещал уже, что в наступившую зиму царь Алексей Михайлович в монастырь Пречистой Богородицы Иверской "идти не изволил", почему и всякие приготовления для приема его должны быть прекращены. Даже в марте и апреле следующего 1658 г. царь еще жаловал по просьбе Никона новые села и угодья на его монастыри Крестный и Воскресенский. А в первых числах июля началась уже между царем и патриархом открытая распря.
В 6-й день июля Алексей Михайлович давал торжественный обед в честь прибывшего в Москву грузинского царевича Теймураза и против обыкновения не удостоил позвать на этот обед патриарха Никона с духовными властями, чем явно показал свое к нему неблаговоление. Никон послал своего боярина, князя Димитрия Мещерского, наблюсти при встрече царевича среди собравшейся толпы "чин церковный", т. е. чтобы кто-либо из духовенства не произвел какого-либо бесчиния. Царский окольничий и родственник Богдан Матвеевич Хитрово, расчищавший путь для царевича, может быть, ненамеренно ударил в толпе этого боярина палкою по голове без пощады. "Напрасно ты бьешь меня, Богдан Матвеевич, - сказал патриарший боярин, - мы пришли сюда не просто, а с делом". "Да кто ты такой?" - спросил окольничий. "Я патриарший человек и послан с делом", - отвечал князь Димитрий. Тогда Хитрово закричал: "Не величайся" - и ударил его по лбу так, что причинил ему большую язву. Боярин поспешил к патриарху, показал ему свою язву и со слезами жаловался на Хитрово. Никон написал к царю своею рукою и просил наказать виновного, а иначе грозил отметить ему своею духовною властию. Царь также прислал Никону собственноручное письмо с Афанасием Матюшкиным, и, когда Никон не удовлетворился, прислал ему и другое письмо, и обещался лично увидеться с патриархом. Но свидания не последовало. Через два дня, 8 июля, наступил праздник в честь Казанской иконы Богоматери. В прежние годы на этот праздник царь всегда бывал со всем своим синклитом в Казанском соборе за вечерней, утреней и литургией. Ожидали, что будет и теперь. И когда зазвонили к вечерне, Никон, отправившись сам в собор, послал по обычаю одного из пресвитеров известить государя о церковной службе, но царь к вечерне не пришел. Не пришел потом ни к заутрене, ни к литургии, несмотря на такие же приглашения со стороны патриарха. Никон понял, что царь на него "озлобися". Спустя еще два дня, 10 июля, настал другой праздник - в честь Ризы Господней, в который прежде государь также всегда присутствовал с своим синклитом на всех церковных службах в Успенском соборе. Послал и теперь Никон пред началом вечерни доложить о ней государю, но государь не пожаловал к вечерне. Послал Никон к царю и пред заутреней, но царь и к заутрене не захотел прийти. Только после заутрени прислал к Никону князя Юрия Ромодановского, который сначала сказал ему: "Царское величество на тебя гневен, потому и к заутрене не пришел, и не велел ждать его и к литургии". А потом прибавил уже именем самого государя: "Ты пренебрег царское величество и пишешься великим государем, а у нас один великий государь - царь". Никон отвечал: "Я называюсь великим государем не собою так повелел называться и писаться мне его царское величество; на это мы имеем свидетельство - грамоты, писанные его царскою рукою". Князь Юрий продолжал: "Царское величество почтил тебя как отца и пастыря, но ты не уразумел. И ныне царское величество повелел сказать тебе, чтобы впредь ты не писался и не назывался великим государем и почитать тебя впредь не будет". Таким образом, Никону прямо было объявлено, за что гневается на него царь и чего от него требует. И если бы Никон смирился, покорился воле государя, принес повинную и дал обещание измениться на будущее время, то дело мало-помалу могло бы уладиться и Никон спас бы как себя от горькой участи, какая его постигла, так и всю Церковь от тех смут и волнений, какие в ней последовали. К несчастью, Никон по своему характеру и привычкам был не такой человек, чтобы уступить и покориться. Он захотел, чтобы ему уступили и покорились, решился отказаться торжественно, пред всею Церковию, от своей кафедры, рассчитывая, что сам царь станет просить и умолять его не отказываться.