Хотя не было царского заказу, как утверждал Башмаков, ездить к Никону в Воскресенский монастырь, но был приказ, чтобы без ведома и позволения государева, а не одного только митрополита Крутицкого никто туда не ездил. И вот 9 июля 1659 г. двое патриарших певчих дьяков - Иван Тверитинов да Савва Семенов - сами явились к царю Алексею Михайловичу с повинною, что они ездили к Никону и пробыли у него со второго по шестое число, и выражали готовность рассказать все слышанное от Никона. Царь велел боярину Петру Михайловичу Салтыкову допросить их, и они в поданной ему сказке показали, что Никон после расспросов о здоровье государя и о Москве говорил им: "Услышите, какие недобрые к вам вести будут вскоре (как видно, Никон тогда уже получил известие о страшном поражении московского войска под Конотопом войсками изменника Выговского и татарами, случившемся в конце июня 1659 г.). Когда я был на Москве, на меня роптали, будто я Выговского принял, но ведь при мне никакой от него неправды не было, а ныне он отошел от великого государя, неведомо почему. Когда я был, то великому государю бивал о нем челом и во всем заступался. И ныне, если отпишу хотя две строки к Выговскому, он будет по-прежнему служить великому государю - надобно только держать их умеючи - и меня послушает, и прежде во всем добром он меня слушал". Легко понять, какое впечатление должны были произвести на царя и его советников эти горделивые слова бывшего патриарха.
Вместе с певчими Тверитиновым и Семеновым, как они показали, был у Никона дьякон из Ярославля Косьма. Никон звал его к себе особо и возложил на него какое-то поручение. И этот дьякон, приехавший с названными певчими в Москву, подал 10 июля государю следующую сказку: "Патриарх Никон велел мне говорить от его имени великому государю: как-де мы были на престоле в царствующем граде Москве, мы приказывали митрополитам и архиепископам и грамоты рассылали, чтобы везде молили Бога о победе над врагами, и тогда Богом хранимо было наше государство, и враги наши на нас не ополчались. Если и ныне государь укажет петь в Москве молебствия с литиею о победе и разошлет о том грамоты во все города, то и ныне подаст Бог победу и одоление на супостаты. Но ныне, как нам ведомо, власти о том не радят, пьют, бражничают и в монастырях архимандриты и игумены пиры делают и всяких людей к себе зовут ради своих товарок, а о молитве к Богу не радят" . Совет Никона царю, очевидно, не заключал в себе ничего особенного, чего бы не понимал царь и без этого совета, но Никону, кажется, хотелось только сказать, что при нем все было хорошо в Церкви, а без него пошло все худо и церковные власти предались нерадению и безнравственности - попросили бы его снова в Москву на кафедру.
К крайней досаде Никона, просить его не просили, сколько ни ожидал он. А между тем из Москвы приходили к нему новые и новые слухи, для него неблагоприятные, которым он охотно верил и которые только более и более его раздражали. Раздражение достигло высшей степени, и в конце того же июля бывший патриарх послал к государю следующее письмо: "Мы слышали, что ты повелел ныне возвратить то, что прежде дал св. великой церкви. Умоляю тебя Господом Богом, не делай этого. Писание говорит: Дайте, и дастся вам... Поревнуй убогой вдовице, давшей две медницы, и другой, возлившей миро на ноги Христовы... Еще у тебя много благ, и не свое собственное ты даешь, но Божие Богови". Слух этот, по всей вероятности, был ложный: ниоткуда не известно, чтобы Алексей Михайлович отнимал или намеревался отнять что-либо у великой церкви, т. е. у Успенского собора, да и вообще у Церкви.
"По долгу моему я просил у тебя чрез писание прощения, и ты чрез стольника своего Афанасия Ивановича Матюшкина прислал свое милостивое прощение. Ныне же, слышу, ты многое творишь мне не как прощенному, а как последнему злодею. Ты велел взять мои худые вещи, оставшиеся в келье, и письма, в которых находятся многие тайны. Как первосвятитель я имел у себя многие твои государевы тайны, много и от других, которые, прося у меня разрешения своих грехов, писали их своими руками, чего никому не подобало ведать, даже и тебе, государю. Удивляюсь, как скоро дошел ты до такого дерзновения. Прежде боялся судить и простых церковных причетников, а ныне не только сам захотел ведать грехи и тайны бывшего архипастыря всего мира, но и попустил то другим мирским людям. Почему ныне наши судятся от неправедных, а не от святых?.. Слышим, что это было для того, чтобы не остались у нас писания твоей десницы, которые ты писал, жалуя нас либо почитая великим государем, также и иные не по нашей воле, но по своему изволению". Очень возможно, что при описании патриаршей казны, домовой и келейной, по удалении Никона от кафедры царь велел взять и рассмотреть его келейные бумаги, но не с целию узнать грехи и тайны, какие исповедовали пред Никоном верующие в поданных ему записках, и не для того, чтобы отобрать все царские письма у Никона, в которых последний был назван великим государем, а скорее с целию убедиться, не найдется ли в этих бумагах каких-либо улик против Никона в его измене. Известно, что Никон находился в тесных сношениях с Выговским, который тогда воевал против государя, и про Никона распущены были слухи, сохранившиеся у иностранных писателей, будто бы он, когда был в силе, брал тайно деньги от польского короля и от австрийского посла Аллегретти.
"Не знаю, откуда началось сие (название Никона великим государем), а думаю, тобою, великим государем, такие начатки явились: ты писал так во всех твоих грамотах, и во всех отписках к тебе из всех полков так писано, и во всяких делах, и невозможно этого изменить. Да потребится злое мое и горделивое проклятое прозвание, хотя и не по моей воле оно было. Надеюсь на Господа, что не найдется нигде моего на то хотения или веления, кроме лживого сочинения, из-за которого ныне много пострадал и страдаю Господа ради от лжебратии. Что мною сказано было смиренно, то передано за гордое, что благохвально, то передано за хульное, и ложными словами до того увеличен гнев твой на меня, как, думаю, ни на кого другого; чего я не хотел и не произволял, чтобы называться великим государем, за то туне укорен и поруган пред всеми людьми. Думаю, и тебе памятно, как по нашему указу кликали меня по Трисвятом во св. литургии великим господином, а не великим государем, и о том было наше повеление". Но несправедливо, будто от царя началось название Никона великим государем: так начали величать его в официальных бумагах еще в 1652 г., как мы видели, некоторые настоятели монастырей, хотя владыки называли его еще только великим господином. А в следующем году, когда Никона величали уже великим государем и владыки, и бояре, и сам он, в официальных бумагах называл его этим именем и государь, хотя в иных бумагах титуловал его еще великим господином. Равно несправедливо и то, будто со стороны Никона не было на такое название ни хотения, ни произволения, когда сам он во всех своих бумагах постоянно величал себя великим государем и никому не запрещал так величать его. Если бы только он захотел и дал указ, чтобы его не называли таким гордым именем, воля его несомненно была бы исполнена всеми находившимися под его властию.
"Некогда я был единотрапезен с тобою и питан, как телец на заколение, многими тучными брашнами по обычаю Вашему государеву. А ныне, июля в 25-й день, когда торжествовалось рождение (вернее, тезоименитство) благоверной царевны Анны Михайловны, все возвеселились о добром том торжестве и насладились трапезы твоей - один я, как пес, лишен богатой Вашей трапезы... Многие и враги приемлют Вашу благодать, а я, когда не очень был богат нищетою, тогда наиболее и сподоблялся Вашей милости; ныне же, когда Господа ради лишился всего и нищенствую, я лишен и Вашей милости... Умоляю, перестань Господа ради гневаться на меня... Ныне я оболган пред тобою более всех... Не дай мне, грешному, немилосердия, не попусти истязать мои худые вещи... За немного пред сим дней ты приказывал с князем Юрьем, что якобы ты один ко мне добр и князь Юрий; ныне же ты не только сам явился ко мне немилостивым, но и хотящим миловать меня возбраняешь, и всем заказ крепкий положен приходить ко мне... А в чем моя неправда пред тобою? Что я Церкви ради просил суда на обидчика? Но не только не получил праведного суда, а получил ответы, полные немилосердия. Слышу ныне, что вопреки законов церковных ты сам изволишь судить священные чины, которых судить не поверено тебе от Бога". Сожаление Никона о царской трапезе в том положении, в какое он сам себя поставил, представляется по меньшей мере странным. Слова Никона, будто он Господа ради лишился всего, чем прежде владел на Московской кафедре, и теперь нищенствует, несправедливы: не Господа ради лишился он всего этого, а по своей прихоти и не нищенствовал он теперь, а владел тремя богатыми монастырями своего строения с шестью тысячами крестьян и многочисленными угодиями. Не по какой-либо немилости к Никону царь запретил ходить к нему без его государева позволения, а потому что многие, посещая Никона, передавали ему разные вести из Москвы, иногда ложные или преувеличенные, а Никон верил всему этому и писал государю резкие письма. Укоры Никона царю, будто он начал сам судить священные чины, основывались только на слухе, а если бы слух и был справедлив, то какое право имел теперь Никон укорять за это царя и вмешиваться в дела Церкви, когда сам добровольно оставил ее и отказался от всякой власти над нею? В заключение своего письма Никон, опровергая тех, которые говорили, что он взял с собою много патриаршей ризницы и патриаршей казны, писал: "Я взял один саккос, и то недорогой, простой, а омофор прислал мне Гавриил Халкидонский... Из казны же я не взял, но только удержал, сколько нужно будет издержать на церковное строение, и по времени хотел отдать, да еще дал в отшествие мое Воскресенскому казначею, чтобы расплатиться с рабочими. А где прочая патриаршая казна, это явно пред всеми: строен двор московский, стал тысяч десяток и более; насадный завод тысяч десяток стал, и тем я ударил челом тебе на подъем ратный; тысяч с десять в казне налицо; девять тысяч дано ныне на насад, на три тысячи летось лошадей куплено; шапка архиерейская тысяч пять-шесть стала, а иного расходу Св. Бог весть, сколько убогим, сирым, вдовам, нищим, - и тому всему в казне есть книга" . Из этого письма патриарха Никона видно, что у него действительно много было врагов вокруг царя, о чем незадолго пред тем и извещал его сам царь, который, следовательно, не прерывал с ним своих сношений. Но Никон вместо того, чтобы против врагов искать себе защиты и благорасположенности у царя, который почти один, как уверяли, был к нему добр, как будто намеренно старался еще сам возбуждать против себя царя своими вовсе не уместными теперь притязаниями и крайне оскорбительными для царя письмами.