Несмотря на это, государь показал тогда свою заботливость о безопасности Никона. Страшное поражение московского войска под Конотопом крымскими татарами и казаками Выговского в конце июня 1659 г. произвело общую тревогу между русскими. Пронеслись слухи, будто татары двигаются на Москву. В августе по государеву указу люди всех чинов спешили на земляные работы для укрепления столицы. Царь, зная, что Воскресенский монастырь не укреплен, послал предложить Никону более безопасное убежище в Колязинском монастыре преподобного Макария. Никон будто бы сказал на это посланному: "Возвести благоч. царю, что я в Колязин монастырь не пойду; лучше мне быть в Зачатейском монастыре, в Китай-городе в углу, нежели в Колязине. А есть у меня по милости Божией и государевой свои крепкие монастыри, Иверский и Крестный, и я, доложась государю, пойду в свой монастырь. Возвести великому государю, что я иду к Москве доложиться ему о всяких своих нуждах". Посланный спросил, про какой Зачатейский монастырь изволит говорить патриарх. "Про тот, - отвечал Никон, - что на Варварском крестце, под горою, у Зачатия". "Да там только большая тюрьма, а не монастырь", заметил посол. "То и есть Зачатейский монастырь", - сказал Никон. Скоро затем Никон действительно приехал в Москву и, остановившись на своем Иверском подворье, в тот же день послал возвестить царю, что прибыл ради некоторых нужных потреб и желает видеть его царские очи. На другой день царь, посоветовавшись с боярами, послал думного дьяка Алмаза Иванова спросить Никона: ради каких нужных потреб пришел он? Никон отвечал Алмазу: "Я тебе о нужных моих потребах говорить не буду и чрез тебя посылать мое благословение не хочу". На третий день царь известил Никона, чтобы явился к нему наверх вечером, и, когда Никон прибыл, встретил его на переднем крыльце, и, введши в палату, посадил его, как бывало прежде, спрашивал его о здоровье и душевном спасении и только, потому что тут же находились и бояре. Посидев "мало", царь и патриарх пошли к царице и к царским детям, и потом царь отпустил Никона в его Воскресенскую обитель, дозволил ему посетить две другие его обители, Иверскую и Крестную, и просил его на следующий день к себе на обед, но Никон отказался, намереваясь рано утром в тот день выехать из Москвы. Царь прислал Никону на дорогу две тысячи рублей и для охраны его кроме прежних десяти назначил еще двадцать стрельцов, которые с того времени и состояли при Воскресенском монастыре. Возвратившись в эту обитель, Никон послал к государю письмо, в котором благодарил его за его великую милость и за присылку стрельцов из Савина монастыря, только просил пожаловать им пороху и продолжал: "Есть на патриаршем дворе моя лошадка, что прислал мне грузинский царь Александр, и у меня было замечено подарить ее государю моему свету царевичу Алексею Алексеевичу; изволь, государь, ту лошадку взять. Да есть на патриаршем дворе две мои худенькие каретки: одна куплена у Василья Волынского, другую подарил князь Иван Голицын старый; вели, государь, выдать мне хотя одну из них, чтобы сделать возчишко для дороги, а тележка, в которой я с Москвы съехал, изломалась".
В сентябре Никон отправился в своей Иверский монастырь и прожил там до половины декабря, если не далее. А оттуда, взяв с собою несколько серебряных сосудов и других вещей, переехал в Крестный монастырь, где и оставался до половины сентября следующего 1660 г. В обоих монастырях занимался монастырскими делами и в Крестном окончил главную каменную церковь во имя Воздвижения Честного Креста, которую и освятил 2 сентября (1660), устроил большой колодезь, обложил его диким камнем и соорудил над ним каменную церковь во имя Происхождения Честных Древ и 8 сентября освятил деревянную церковь во имя всех святых, которую построил в монастырской роще. Известно несколько писем, какие писал Никон из Иверского и Крестного монастырей к преданному ему боярину Никите Зюзину, находившемуся тогда в Новгороде на государевой службе. Два письма из Крестного монастыря особенно ясно отражают в себе тогдашнее состояние духа их автора. От 3 февраля Никон писал Зюзину: "Из писания твоего, которое мы получили 30 генваря, мы узнали, что Вы печалитесь о нас, но мы милостию Божиею не скорбим, а радуемся о покое своем. Добро архиерейство во всезаконии и чести своей, и надобно поскорбеть о последнем всенародном событии. Когда вера евангельская начала сеяться и архиерейство чтилось в христианских царствах, тогда и самые эти царства были в чести, а когда злоба гордости распространилась и архиерейская честь изменилась, тогда, увы, и царства начали падать и пришли в бесчестие, как известно о греках. То же было и у нас... Довольно указать один случай: безвинного патриарха (Иова) отставили, и еще при жизни его как бы благозаконно возвели Гермогена - и сколько зла произошло от того!.. Твоему благородию небезызвестно, что все архиереи - нашего рукоположения, но не многие из них по благословению нашему служат государю, а кто не благословен, тот ничем не разнится от отлученного... Нам первообразных много, вот реестр их: Иоанн Златоуст, Афанасий Великий, Василий Великий и здешний Филипп митрополит". Т. е. Никон, самовольно оставивший свою кафедру и по оставлении ее имевший все средства к безбедной жизни, не стыдился приравнивать себя по страданиям Златоусту и другим великим страдальцам за истину и правду. В письме от 28 июня Никон говорил: "Вы снова пишете ко мне и по-прежнему скорбите о мне и о моих скорбях, но меня, плачущего, утешит Господь в будущем веке, как обещал любящим Его. А ныне о себе писать нечего, кроме болезней и скорбей многих: едва жив в болезнях своих. Крутицкий митрополит да чудовский архимандрит прислали дьякона Феодосия, жившего у Крутицкого, с многим чаровством меня отравить. И он было отравил, да едва Господь помиловал: бесцем камнем и индроговым песком отпился. Да и иных со мною четырех старцев испортил... Лежал немало без памяти, едва не умер, а старцы по три дня лежали и тем же, чем я, отпилися. И ныне животом скорбен, и впредь не знаю, что будет. О всем этом писано государю к Москве" . Этот черный дьякон Феодосий прибыл к Никону еще в Воскресенский монастырь, в то время как Никон возвратился из Москвы, порассказал ему много худого про Крутицкого митрополита Питирима, у которого прежде жил, и понравился Никону, так что последний взял его с собою в монастыри Иверский и Крестный, велел пребывать в его крестовой службе и иметь пищу с его келейными старцами. Находясь уже в Крестовом монастыре, Феодосий будто бы составил тайно в монастырской бане вместе с портным мастером Тимошкою Гавриловым какую-то отраву, которою и отравил было патриарха Никона. Их, однако ж, в бане видели, когда они приготовляли состав отравы, служилые люди и донесли о том Никону. Никон велел приказному своему дворянину Василию Поскочину расспросить обоих подозреваемых, и Феодосии во всем сознался, подписал вместе с Тимошкою расспросные речи и подал патриарху собственноручную повинную челобитную, в которой поведал, что его послали отравить Никона Крутицкий митрополит Питирим и чудовский архимандрит Павел и посулили ему за то Новгородскую митрополию. Никон отправил 7 июня отписку по этому делу к государю. Царь приказал 5 сентября боярину князю Алексею Трубецкому, думному дворянину Елизарову да думному дьяку Алмазу Иванову вновь расспросить дьякона Феодосия и портного Тимошку против расспросных речей их обоих и повинной челобитной дьяконовой, что присланы были от Никона. Тимошка сначала сказал было, что Феодосий учил его делать какой-то состав, показывал ему какой-то корень, сам повинился при расспросе и подал повинную челобитную. Но Феодосий на очной ставке с Тимошкою совершенно заперся во всем и говорил, что писал повинную челобитную по научению и поневоле за пристрастьем поляка Николая Ольшевского, который бил его плетьми девять раз, и также поневоле по тому же пристрастью подписал и расспросные речи, которые прочитали ему уже после того, как он к ним руку приложил. Затем государь приказал расспросить Тимошку и Феодосия под пыткою. И Тимошка, когда его подымали на дыбы, жгли огнем, били плетьми, повторял одно, что прежде клеветал на Феодосия, что последний не учил его делать никакого состава и не показывал ему никакого корня, что так говорить на Феодосия принудили его, Тимошку, пытками поляк Ольшевский по велению патриарха да находившийся при патриархе стрелецкий сотник Осип Михайлов. А дьякон Феодосий во время таких же страшных пыток утверждал по-прежнему, что Крутицкий митрополит и чудовский архимандрит вовсе не посылали его для отравления Никона, что повинную челобитную подал и к расспросным речам приложил руку поневоле, не стерпя побоев от поляка Ольшевского и сотника Михайлова, и повинную ту принудил его писать Ольшевский по патриархову велению с готового образца - челобитной, которую составил подьячий Васька Ларионов. Таким образом, показания обвиняемых, данные ими в Москве под пыткою, нимало не подтвердили показаний, данных ими в Крестном монастыре. Могло быть, что Никон с своими келейными старцами совершенно случайно принял в пище или питии что-либо ядовитое и, предполагая тут отраву, заподозрил в покушении на нее из числа своих приближенных диакона Феодосия лишь потому, что он пришел от Крутицкого митрополита, а побои при допросе заставили Феодосия наговорить на себя то, в чем он был невинен.