Спустя около двух месяцев со времени прибытия Паисия Лигарида в Москву он в самый день Пятидесятницы подал по делу Никона письмо на имя государя и убеждал его ревностнее заняться этим делом для блага Церкви и государства. "Патриаршее достоинство, - писал Паисий, - превышает все прочие, и потому все признают крайне непристойным, что такое высокое седалище в продолжение четырех лет остается обнаженным и без своего украшения. Дело неслыханное, чтобы патриаршая Церковь столь долгое время пребывала в затмении, подобно луне, и лишена была своего законного пастыря, как вдовица, не имеющая мужа. Позволительно рассуждать так: если Никон действительно обременен преступлениями, то определением Собора как недостойный да извержется, ибо за преступлением следует наказание; если же он окажется невинным и не подлежащим никакому осуждению, тогда пусть свободно возвратится на свою кафедру, совершенно оправданный, и таким образом положится конец замешательству. Россия сделалась позорищем для всего мира, и все народы ожидают видеть развязку этой трагикомедии. К тому же да обнаружится невинность и правда, ибо доселе еще носится ложный слух, будто патриарх Никон бежал по причине угрожавшей ему опасности тайного убийства и вследствие открывшегося тиранского заговора. Такая молва наносит великое бесчестие всему государству укоризною в отцеубийстве и обвиняет прежде всего Ваше царское величество, потом сенат и весь народ в таком смертном грехе, о котором и подумать страшно... Таким-то суждениям и клевете иностранцев подвергаешься ты, Алексей, человек Божий, из-за одного Никона, осыпанного твоими милостями и благодеяниями. Но я вижу уже, что мед превращен в соль и прекрасное вино в оцет беспримерною неблагодарностию. Остается как можно скорее снестись с Цареградским патриархом и подробно уведомить его как Вселенского обо всем, чтобы он мог произнести правильное суждение в таком важном деле, от которого чрезвычайно страдает слава всего царства... Донесение же к патриарху должно быть написано на греческом языке, чтобы удобнее могло быть понято без помощи переводчика и тайны Вашего величества не разгласились между многими разномыслящими". В конце письма Паисий сделал приписку: "Сад, запертый для алчущих, и источник, запечатанный для жаждущих, как бы не существуют. Говорю к тому, что давно уже известно о собрании Вашим величеством из разных библиотек многих превосходных книг. Посему нижайше прошу дозволить мне свободный вход для рассмотрения и чтения тех греческих и латинских кодексов".
Патриарху Никону кем-то была сообщена копия с этого письма Паисиева, и он отправил к Паисию длинную грамоту на славянском языке, которую перевел для него на латинский язык учитель Епифаний Славинецкий и которую мы представим по возможности в сокращении. "Нетайно для нас, - говорил патриарх, - что твое преосвященство написал к царскому величеству о нынешнем нужном деле. Но я лучше сообщу тебе ведомость, что и как происходило от начала. Милостию Св. Духа наше смирение посажено на патриаршем престоле согласно с постановлением, бывшим во дни благочестивого царя Федора Ивановича и утвержденным всеми четырьмя Вселенскими патриархами и иными преосвященными архиереями. Шесть лет сидели мы на патриаршем престоле Московском и были согласны во всем с милостивым царем нашим, кроме церковного суда. Царское величество вопреки правил св. Соборов и св. отцов приял себе власть судить нас самих и иных преосвященных, митрополитов, архиепископов, епископов, монастыри и весь чин церковный. Да на что лучшее свидетельство? Ты и сам видишь на Москве, как приближается тиранское разорение Церкви, как по царскому указу мирские люди судят нас самих и всех архиереев. В июле 1658 г., когда царь устроил пир для грузинского царевича, один из вельмож ударил нашего стряпчего, и царь не наказал виновного, несмотря на нашу просьбу; 8 июля царь не пришел против обычая ни ко всенощной, ни к обедне в Казанскую церковь, рассердившись на меня; 10 июля также не пришел в соборную церковь, а только прислал ко мне в келью одного князя с неприличными словами и с бесчестием. И мы, слыша похвалку, вздумали дать место гневу и, окончив литургию, послали ключаря с извещением государю, что мы отходим ради его несправедливой ярости, следуя евангельскому слову: когда будут вас обижать в том граде, бегите в другой, отрясая прах от ног ваших. Царь прислал в церковь вельможу с теми же позорными словами, как и прежде. И мы вышли, и пробыли здесь, в Воскресенском монастыре, год и два месяца, и терпели недостаток в харчах, и отошли в другой монастырь и в третий, который находится на море, и в том пристанище жили год. Тогда царь собрал власти и, ничего не сказав им, как произошло мое отшествие с престола, велел написать на меня некоторым из живущих в его палатах лживые свидетельства, а иных мучениями заставил говорить о мне, что я добровольно оставил престол свой; епископам, архимандритам, игуменам дал дары, чтобы, не спросив моего ответа, почему я отъехал, все подписали против меня свои руки вопреки правилам. По 16-му правилу Двукратного Собора, епископ, удалившийся из своей епархии и пребывающий вдали от нее более шести месяцев без благословной причины, должен быть чужд епископского достоинства. А мой отъезд не таков, но, кажется, учинен по Евангелию, где говорится, что и Сам Христос отходил от ярости жидовской, и Павел из Дамаска и Петр из темницы ушли. Но вот епископы, которые обвинили меня по тому правилу, сами достойны извержения, потому что они больше шести месяцев прожили в Москве на Соборе против меня. Они не должны были слушать царя и приходить без нашего повеления, как и обещались в своей архиерейской присяге не слушаться в таких случаях царя, хотя бы и смертию претил, да мало не все они от меня поставлены. Мы в иные уезды и паствы не отходили по сие время (а Иверский и Крестный монастыри разве не в иных уездах?), но живем в наших московских паствах, хотя недавно великое гонение и жестокую угрозу объявил нам от царского величества окольничий Родион Матвеевич Стрешнев, сказав, что царь не хочет больше терпеть. А мы пред царем не знаем никакой вины, кроме того, что пишем к нему на его неправды: он довел до убожества монастыри, разорил церкви и без нашего благословения отнимает у них поместья. Сам вижу, что на Москве без избрания архиерейского поставляются епископы, архимандриты, игумены по царскому указу, и, кого мы властию, нам данною, вяжем, тех царь велит развязывать и ходит с ними на молитву. Если я проклял Крутицкого митрополита и Симеона Стрешнева, думного мужа (значит, Никон тогда уже исполнил свою угрозу), то не без причины. Крутицкий в неделю ваий незаконно ездил на осляти, поставил только по царскому указу епископа в епархию Киевской митрополии, подвластной Цареградскому патриарху, и во время поставления сидел на патриаршем месте, правит тремя епархиями патриаршескою, Суздальскою и своею Крутицкою, в которой со времени своего поставления ни разу не был, подсылал злого человека, чтобы отравить нас. Думный Стрешнев проклят за то, что некоторую собаку, подобную ему, научил благословлять обеими ногами. Трех иноков проклял (это было уже по оставлении Никоном кафедры) за то, что они наругаются над исповеданием православной веры, которое прислал нам Паисий, патриарх Цареградский, и в св. литургии поступают против того, что мы правили думою и благословением святейших патриархов. Ты пишешь о книгах, до царского величества собранных из многих стран, что они лежат запертыми без употребления, - эти книги собраны не царскою волею, а нашим радением и отвезены теперь в наши дальние монастыри. Будь здоров и не забывай нас в своих молитвах". Никон, очевидно, старался изложить и даже извратить события в свою пользу.
Паисий, как сам говорит, "не без царского приказания" отвечал Никону (от 12 июля): "Растерзал ты сердце мое твоим апологическим посланием, достоуважаемый патриарше! Оно содержит в себе изящно изложенную драму твоих славных подвигов и страданий, за которые воздаст тебе Господь мзду достойную в день воздаяния. Но, стоя промеж двух сражающихся, не знаю, куда мне обратиться: никто не может служить двум господам. Скажу без лести: Алексей и Никон, самодержец и патриарх, один ежедневно милует, другой и молится и благословляет... Бог дозволил человеку в раю дать имена всем тварям, но не дозволил ему дать имя самому себе, потому что он наименовал бы себя не Адамом перстным, а Всевышним. Поистине корень всех зол самолюбие. С тех пор как твое блаженство принял титло великого государя, возросли из земли и плевелы... Нехорошо многовластие: да будет один властитель - один царь. Справедливо жалуешься на побиение твоего слуги, но, блаженнейший, как не всякий слуга царский представляет царя, так и не всякий патриарший слуга представляет собою патриарха... О, если бы не было твоего бегства, причинившего столько несогласия. Ты ушел без привета, полный гнева и волнения... Будь сам себе судьей и скажи, был ли кто патриархом, оставаясь вне патриархии столько времени? Возведи окрест очи твои и воззри на чад своих, нуждающихся в патриаршем водительстве. Доколе оставляешь в забвении паству свою? Доколе будешь гневаться?.. Послушай слов моих и соединись с своими членами: ни Церкви, ни царству, ни тебе нет пользы, что ты остаешься вдали от кафедры вопреки правил... Четыре патриарха ожидают узреть конец сей распри: Москва, столица, сделалась позорищем для ангелов и человеков. Но ты говоришь, что против тебя был местный Собор, который положил неправедное отрешение? А разве Афанасий и Златоуст не были оклеветаны?.. Жалуешься на Крутицкого, что ехал он на жребяти, когда это тебе одному позволено, но я слышу, что и Новгородский, и Казанский, и Сибирский архиереи в праздник ваий восседают на жребяти. А в твое отсутствие надлежало и в Москве совершить это Крутицкому, который общим и царским приговором назначен твоим наместником - епитропом... Но перехожу к главнейшей из твоих жалоб: царь, говоришь, ведает церковные дела, избирает архимандритов, устроил Монастырский приказ, берет с монастырей сколько ему угодно. Да ведь все это и другое подобное ты найдешь и в Св. Писании как права и обычные действия царей... Царю свойственно судить других, но не быть судиму другими. Не таков архиерей: он и судит и судим бывает, свидетельствует и на него свидетельствуют... Никто да не называет царя нашего, эту опору народную, унаследовавшего преемственно от предков свою власть с явственными правами, тираном: этот в высшей степени христианский государь милует всех щедро и, подобно Титу, прозванному любовию, раздает благодеяния... Ты можешь похвалиться, Никон почтеннейший, что он часто посещал твою келью; он предстоял тебе с таким смирением и почтением, что бояре соблазнялись не раз об унижении царского достоинства... Вспомни все его милости, патриарх, как из архимандритов возвел он тебя в митрополиты и на этот завидный патриарший престол... Тебе недоставало только одного - называться царем отцом. Возведи, блаженнейший, молитвенные руки твои к Господу, и молись о самодержце нашем и о всем народе, и из-за мелочных поводов не прибегай к отлучениям и проклятиям... Прости нам, если мы в чем-либо погрешили: всем известно, что ты филэллин и одеянием, и обычаем, и почетом... Будь здрав и долгоденствен".