Прочитав послание Паисия, Никон не отвечал ему ни слова, а сказал: "Отдаюсь на суд папы", - сказал не потому, будто бы был единомыслен с папою, а потому только, что знал правила Сардикийского Собора (3, 4 и5), которыми дозволялось обвиняемым епископам, в случае недовольства их решением местного Собора, обращаться с апелляциею к папе, хотя эти правила относились собственно к епископам Сардикийской церковной области, находившейся в подчинении папе, но вовсе не относились к епископам других церковных областей, подчиненных иным патриархам. Слова Никона произвели, однако же, большую тревогу в Москве, тем более что он прислал Паисию самую выписку из правил о папском суде. Спустя несколько дней Паисий позван был в патриаршую палату на Собор для разбора заявления Никонова об апелляции к папе и для исследования, когда русские сделались христианами и откуда пришла к ним святая вера. Русские без сомнения знали из своих летописей, что они приняли веру с Востока, а не с Запада. Но Паисий начал решать вопрос на основании греческих летописей, привел свидетельства из Курополата, Кедрина, Зонары, Никифора Каллиста о самых первых крещениях русских из Византии и свидетельства Матфея Властаря, что Русь от начала причислялась к фракийскому диэцезу Византийского патриархата и постоянно находилась под властию Цареградского патриарха. Отсюда для всех сделалось очевидным, что Никон не имеет ни малейшего права обращаться к суду папы. С этого времени молва о Паисии Лигариде как ученом человеке разнеслась по всему царскому дворцу, и Паисий очень часто был приглашаем членами царского синклита для совещаний по делу Никона. Один из этих знатных бояр, приходившийся дядею царю по матери, Семен Лукьянович Стрешнев, проклятый Никонов, предложил Паисию на бумаге до 30 вопросов, касавшихся Никона, с тем чтобы Паисий дал на них ответы самому великому государю царю чрез него - боярина Стрешнева. И Паисий 15 августа, следовательно, спустя только месяц с небольшим после своей переписки с Никоном, прислал Стрешневу письмо и вместе свои ответы. В письме Паисий говорил, призывая Бога во свидетеля, что не хотел бы начинать этого дела, которое неизбежно поведет его к столкновению и неприязни с патриархом Никоном, но по самому своему призванию чувствует себя обязанным возвещать истину, и выражал сожаление, что не знает русского языка, а должен довольствоваться плохими переводчиками. Царский толмач Стефан перевел ответы Паисиевы на славянский язык (перевод очень плох и темен); многие охотно их списывали, и, наконец, ответы попали в руки Никона. Никон поспешил написать на них целую огромную книгу под заглавием: "Возражение, или Разорение, смиреннаго Никона, Божиею милостию патриарха, против вопросов боярина Симеона Стрешнева, еже написа Газскому митрополиту Паисию Лигаридиусу, и на ответы Паисиевы". Проследим содержание этой книги, из которой познакомимся вместе с вопросами Стрешнева и ответами Паисия, и таким образом узнаем, в чем обвиняли тогда Никона и как он оправдывался. (Книга содержит в себе по списку Воскресенского Новоиерусалимского монастыря XVII в. 955 листов в 4-ку).
"В предисловии Вашем, - так начинает Никон предисловие своей книги, написано: Рече Господь наш: Аз семь путь, истина и живот. Зачем же, начав от истины. Вы написали все неистинно, как будет доказано впереди, и Вы узнаете, что Вы отца вашего диавола есте, который в истине не стоит, яко ложь есть и отец лжи". После того, обращаясь к Стрешневу, Никон замечает, что он не должен был лжесвидетельствовать и осуждать ближнего, но позаботился бы прежде исправить свои согрешения, и приводит на то целый ряд текстов из Евангелия. А обращаясь к Паисию, говорит, что он действительно призван, как сам выразился в письме к Стрешневу, возвещать и проповедовать истину, но призван учить и проповедовать только в своей епархии, а отнюдь не в чужих, и в доказательство приводит множество правил из Кормчей вместе с толкованиями на них, иные даже в двояком переводе, также отрывки из толкового Евангелия, из недельных церковных поучений, хотя, по правде сказать, все это строго не относилось к Паисию, так как он, когда писал ответы на вопросы Стрешнева, вовсе не учил вере и не проповедовал в чужой епархии. "Да если бы, - продолжает Никон к Паисию, - я и был виновен в каких-либо прегрешениях, то не тебе одному творить суд или ответ о мне, потому что сам ты ничего от меня не видел и не слышал... ты поверил вопреки правил клевете одного непреподобного мужа, хотя и синклитика, притом человека проклятого", - и приводит новый ряд правил, указывающих, что не должно принимать свидетельства на епископа от еретиков, людей отлученных и порочных и вообще от мирян без расследования (л. 1 - 17).
По первому вопросу Стрешнева и ответу Паисия Никон обвинялся в том, что при возведении его на патриаршество он в другой раз был рукоположен во епископа, а потому на основании 68-го апостольского правила должен быть извержен. Никон отвечал: я не своею волею взошел на патриарший престол, но по избранию Собора и царя, и не мне надлежало тогда делать разыскание, следует ли меня вновь рукоположить, а рукополагавшим. Впрочем, таков устав имеет св. соборная Церковь, много раз засвидетельствованный Вселенскими патриархами. Не я один рукоположен дважды, а и прежде все наши епископы вновь рукополагались при возведении их на митрополию или на патриаршескую кафедру. Патриарх Иов рукоположен был трижды: сперва на Коломенскую епископию, потом на митрополию, наконец, на патриаршество, и в последний раз рукоположен святейшим Иеремиею, Вселенским патриархом. Гермоген дважды: на Казанскую митрополию и на патриаршество. Филарет - дважды: на Ростовскую митрополию и на патриаршество, и в последний раз рукоположен Иерусалимским патриархом Феофаном. Иоасаф и Иосиф - так же по дважды, как потом и я. Если меня хотите извергнуть, то извергните прежде Вселенского патриарха Иеремию, придавшего нам таой устав, и прочих патриархов, подписавших тот устав; извергните также патриарха Иерусалимского Феофана, а с ними извергните и всех рукоположенных от них как изверженных (л. 17 23). По второму вопросу и ответу обвиняли Никона в том, что он запретил исповедовать и причащать разбойников, осуждаемых на смерть. Никон, резко упрекнув Стрешнева за то "проклятое бесчинство", что он приучил своего пса благословлять передними ногами, а также за то, что вздумал вопрошать "суемудренного беззаконного пришельца", отвечал: я разослал по всем городам грамоты, чтобы разбойники покаялись, прежде нежели будут пойманы и взяты, а о том, чтобы пойманных на разбое исповедовать и причащать, я нигде не нашел правила. Господь сказал: Ядый Мою плоть и пияй Кровь во Мне пребывает, и Аз в нем. Кто же осмелится удостоить человека причастия и потом казнить? К этому Никон присоединил несколько правил, которыми убийцам запрещалось причастие на двадцать лет и повелевалось преподавать причастие с рассуждением только достойным. Здесь Никон, очевидно, не нашел возможности оправдать себя (л. 23 - 26).
По третьему вопросу и ответу обвиняли Никона в том, что он во время священнослужений украшался богатыми облачениями, смотрелся в зеркало, расчесывался щеткой. Никон отвечал: украшаться иереям для богослужения установлено от Бога еще в Ветхом Завете, а зеркала и щетки устроены в церкви до нас прежде бывшими патриархами, Иовом и другими, мы только не разоряем, да и все то же творят, что тут беззаконного? Если по 16-му правилу Седьмого Вселенского Собора епископы и клирики, украшающие себя пышными одеждами, должны исправиться, то нам всем следует начать это исправление (л. 26 - 28).