С этою инструкциею окольничий Сукин и дьяк Башмаков на следующий день, 28 декабря, за два часа до света прибыли в Чернево, но Никона там не нашли. Они расспрашивали о нем, но услышали различные ответы. Посельский старец Воскресенского монастыря Серапион, проживавший в Чернове, и некоторые случившиеся там патриарховы боярские дети сказали, что Никон в Чернево не приезжал, а староста села Чернева Васильев уверял, что Никон приезжал в Чернево вечером в субботу (27 декабря) и скоро уехал. Подобные же показания с некоторыми подробностями дали и другие допрошенные. Что же, однако, случилось? На основании этих самых показаний и сохранившихся отрывков письма, какое написал тогда царский духовник Лукиан к Никону, можно догадываться, что дело происходило так: старец строитель Аарон, прибывши вместе с другими Воскресенскими старцами в Москву 26-го числа вечером, тогда же отправил нарочного к Никону с письмом, чтобы он спешил в Москву, так как государь говорил о нем духовнику своему и богомольцу: "Пятый-де год не могу дождаться его". Никон быстро собрался в путь, вечером 27-го числа был в Черневе и, покормив только здесь лошадей, отправился в Москву. Потому-то его и не нашли в Черневе утром следующего дня царские посланные: он был уже в Москве. В тот же день, 28 декабря, пришел к царскому духовнику старец Филофей, объявил ему, что Никон в Москве на Воскресенском подворье, и просил доложить о том государю. Духовник доложил, но государь с гневом сказал: "Я посылал в Чернево, и патриарха там не нашли... не следовало действовать обманом... Патриарху (Никону) до приезда Вселенских патриархов очей моих не видать". Духовник обо всем написал к Никону и присовокупил: "А что старец Аарон писал к тебе, будто великий государь мне, богомольцу своему, говорил: "Пятый-де год не могу дождаться его" - и иные будто бы речи говорил, то все Аарон тебе, великому святителю, солгал, забыв страх Божий". Никон немедленно уехал в Воскресенский монастырь, а Аарон за его обман взят под стражу и впоследствии сослан в Соловецкий монастырь. Действовал ли так Аарон сам собою или, что вероятнее, по приказанию Никона и предварительному соглашению с ним, во всяком случае попытка Никона видеться с государем и удержать его от посылки к Восточным патриархам совершенно не удалась. И, возвратившись в Воскресенский монастырь, Никон прислал к государю новое письмо, в котором, сознаваясь, что своею просьбою о свидании с ним в Москве согрешил пред ним "безместно и непрощенно", убедительно испрашивал себе прощения.
Не удалась также и попытка Никона очернить черного дьякона Мелетия грека, которого царь намеревался послать с своими грамотами к Восточным патриархам. Никон писал царю, что Мелетий на все руки подписывается и печати подделывает, и сослался на Арсения Грека и его знакомых. Немедленно (26 декабря) позван был Арсений Грек, который был уже теперь строителем Спасского монастыря, и спрошен: какое дело он знает за Мелетием? Арсений указал на черного попа Иосифа грека, жившего в том же монастыре. Позвали Иосифа, и он сказал, что Мелетий с архимандритом Дионисием святогорцем написали на него, Иосифа, подложную грамоту от имени Антиохийского патриарха Макария; Мелетий подписал ее за Макария, а Дионисий подал патриарху Никону, который и отдал ее на хранение Арсению Греку. Позвали на очную ставку с Иосифом самого Мелетия, и он отвечал, что грамота та вовсе не подложная, а писал ее архимандрит Иаков грек в марте 1656 г. по приказанию патриарха Макария. Позвали Иакова грека, и он удостоверил, что действительно писал ее он, Иаков, по приказу Макария, как он был в Москве, а руку к ней приложил сам Макарий по-арабски, да на той же грамоте подписался и митрополит Никейский Григорий. Мелетий оказался оправданным, царь не поколебался в доверии к нему, и 1 генваря 1663 г., щедро снабженный деньгами на дорогу и для раздачи милостыни на Востоке, Мелетий отправился в путь с царскими грамотами к Восточным патриархам. А 2 генваря царь разослал ко всем своим архиереям грамоту, чтобы они, избрав архимандритов, игуменов и других искусных иноков из своих епархиальных монастырей, явились в Москву на Собор к 9-му числу мая. Вероятно, рассчитывали, что Мелетий успеет к маю или июню пригласить в Москву патриархов или по крайней мере привезет от них ответные грамоты. Но путешествие его продолжилось почти полтора года, и мы пока расстанемся с Мелетием и возложенным на него поручением.
В начале 1663 г. сосед Воскресенского монастыря по имениям Иван Сытин, уже имевший дело с патриархом Никоном, подал на него новую челобитную, в которой жаловался, что Никон пытал пыткою его крестьян, а иных и перевешал. Царь прислал челобитную к Никону, и Никон отвечал государю: "Свидетельствуюсь св. Евангелием, что я того дела совсем не ведаю. То сделал малый, иноземец, который, застав крестьян Сытина на озере в воровстве рыбы, побил их без моего ведома батогами. Этого малого посылаю к тебе, государю, для расспросов; сотвори суд праведный, как имеешь сам судиться в день Судный... Попомни свое обещание, данное при нашем избрании в великой церкви, чтобы тебе не вступаться ни во что священное, как творишь ты ныне над нами великие неправды, слушаешь клеветников - врагов Божиих... Писал бы еще о многом, но скудость возбраняет: не имею и бумаги". Иноземец, однако ж, посланный Никоном, его боярский сын Александр Лускин, показал (22 февраля), что на озере он действительно сам, без ведома патриарха побил батогами пойманных в воровстве крестьян, но потом, когда крестьяне начали грозиться поджогом и он, схватив их, привел в Воскресенский монастырь, то Никон велел побить их за ту похвальбу в другой раз батогами. Тогда царь послал (25 февраля) сказать об этом Никону и спросить его, во что священное царь вступается, каких клеветников слушает, какие великие обиды творит ему. Никон отвечал: "Я свидетельствовался Евангелием в том только, что без моего ведома крестьяне побиты на озере иноземцем за воровство, а не в том, что они в монастыре биты, здесь действительно я велел побить их слегка батогами за их невежество предо мною. А в священное как государь не вступается? У меня все отнято: митрополитами и всем духовным чином государь владеет... Кто клеветники? Да вот такие, как Роман Боборыкин и Иван Сытин. Их челобитные на меня государь принимает, творит о тех делах сыски, а о чем я государю челом бью, указов о том не получаю... Какие обиды государь мне творит? Разослал грамоты по всем монастырям, и "про посулы и про взятки, что я, будучи на патриаршестве, у кого взял, сыскивают". Лживых свидетелей, которым быть на Соборе, - а Собору я и сам рад, только бы был праведный, подкуплено против меня с пятьсот человек, а чтоб подкупить еще других в Палестине, туда послано 30000 рублей. Газский митрополит по указу государеву на меня пишет и путает, да у меня есть его тетради, и я дам ему ответ во всем не только правилами, но и Евангелием... Ваши духовные власти грамоте умеют немногие, а Питирим митрополит и того-де не знает, почему он человек..." Тогда царские посланные заметили Никону: "Напрасно он говорит, будто он один грамоте умеет; из всяких чинов найдутся люди, готовые говорить с ним книжным учением и правилами, а говорить есть что; только все удержано государскою милостию до Собора, а на Соборе будут Вселенские патриархи".