Месяца через два возобновилось дело Боборыкина с Никоном, начавшееся и продолжавшееся в 1660 - 1661 гг., но тогда не оконченное, - дело о спорной земле, с которой Никон, не дождавшись царского указа, приказал своим людям снять сено и хлеб и свезти в пользу монастыря. Дело остановилось на том, что Никон отказался выслать монастырских крестьян для расспросов в Москву и написал к царю резкое письмо. И как после этого не последовало из Москвы никакого указа о свезенном сене и хлебе, то Никон приказал хлеб обмолотить - в умолоте вышло зерна, по монастырским записям, будто бы 67 четвертей. Боборыкин в течение 1662 г. много раз приезжал в монастырь и настаивал, чтобы ему хлеб тот отдали. Но хлеб был уже издержан, и Никон говорил Боборыкину, чтобы он подождал, что купит столько же хлеба и отдаст. Не дождавшись исполнения этого обещания, Боборыкин с наступлением 1663 г. подал опять челобитную на Никона, и из Москвы присланы были в Воскресенский монастырь окольничий Сукин да дьяк Брехов с царским указом, чтобы Никон учинил с Боборыкиным сделку во всем.
Никон согласился, велел казначею принести шестьсот рублей, сколько нашлось в монастырской казне, и предложил Боборыкину взять из этих денег за 67 четвертей обмолоченной ржи по той цене, по какой тогда рожь в Москве продавалась. Боборыкин отвечал: пожато и обмолочено с той земли 600 четвертей с лишком - и, взяв со стола все шестьсот рублей, примолвил: это-де мне за половину. Ввиду такой неправды Никон прекратил сделку и объявил окольничему и дьяку, что с Боборыкиным никакой сделки совершить нельзя: для него не напастись денег и от его ложного челобитья не откупиться и всем монастырем. Чрез несколько времени, а именно 16 июля, прибыли к Никону думный дворянин Баклановский да тот же дьяк Брехов с многими людьми - подьячими и стрельцами и принесли царскую грамоту. Выслушав эту грамоту, Никон подробно рассказал пришедшим весь ход тяжбы своей с Романом Боборыкиным и предъявил на него много других жалоб. Но Никону вновь предложили, чтобы он добровольно "сделался" с Романом, а когда Никон отвечал, что "он Романовою землею не владеет, а владеет своею купленною и Роман напрасно вклепывается", то Баклановский и Брехов объявили, что в таком случае им приказано отмежевать спорную землю Роману Боборыкину по его сказке, и поехали отводить ту землю. Раздраженный Никон как только узнал, что отмежевание действительно началось, созвал всю братию в церковь, велел принесть и прочитать жалованную грамоту царя на имения Воскресенского монастыря и, положив ее под крест и образ Богородицы на аналое посреди церкви, совершил молебен св. Животворящему Кресту, а по окончании молебна начал возглашать громким голосом во всеуслышание следующие и иные клятвенные слова, выбирая их из 108-го псалма: Да будут дние его мали, и епископство (надзор, власть) его да приимет ин: да будут сынове его сиры, и жена его вдова... да будут чада его в погубление... И да потребится от земли память их, занеже не помяну сотворити милость, и погна человека нища и убога... Возлюби клятву, и приидет ему и пр. На другой день Никон вновь совершил с братиею тот же молебен и с теми же возглашениями. В монастыре случайно находился тогда Боборыкин и даже присутствовал на самом молебне, но ничего не сказал. А после донес в Москву, что Никон проклинал государя царя со всем его домом.
Алексей Михайлович немедленно позвал к себе архиереев, находившихся в Москве. Когда архиереи пришли к государю, он со слезами передал им, что слышал о поступке Никона, и прибавил: "Я грешен, но чем согрешили мои любезные дети, чтобы произносить на них клятву истребления, и царица супруга моя, и весь дом?" "Нам всем, - рассказывает Паисий Лигарид, - было стыдно слышать это, и все мы единогласно просили исследовать дело с точностию. Убедился этим державный и, отпустив нас, ушел к себе. Утром созвал Синод и синклит и совещался с ними, кого отправить к Никону. Общим мнением избран был Паисий Газский как человек ученейший (сравнительно с русскими иерархами - это была совершенная правда) и способный давать прямые ответы вопрошающему". Вместе с Паисием избраны были из духовных Астраханский архиепископ Иосиф и богоявленский архимандрит Феодосий, а из светских - князь Никита Одоевский (составитель Уложения), окольничий Родион Стрешнев и думный дьяк Алмаз Иванов. Синод решил, чтобы как духовные, так и светские члены приняли от Никона благословение и чтобы Паисий сначала обратился к патриарху ласково. Послы, сопровождаемые отрядом воинов, 18 июля прибыли в Воскресенский монастырь, когда Никон находился у вечерни, и известили его о себе. Никон чрез наместника монастыря старца Иосифа отвечал им, что готов принять всех их, кроме Газского митрополита, если последний не принес к нему грамот от Вселенских патриархов. Но старцу Иосифу заметили, что Паисий с двумя другими духовными лицами прислан от Собора, как светские лица от государя, и им велено всем вместе идти к патриарху, и пошли в сопровождении воинов. Пред помещением Никона по обеим сторонам стояло множество монахов. Никон вышел из своей кельи в сени навстречу пришедшим и прочел по обычаю "Достойно есть" и литию. Одоевский спросил его от имени государя о спасении, Никон дважды поклонился, о здоровье государя не спросил. Светские приняли благословение от Никона, но власти, т. е. духовные, к благословению не подошли вопреки решению Синода. Окинув их глазами, Никон покраснел, как бы пристыженный, и спешно вошел в свою келью. За ним последовали и депутаты. Паисий начал первый говорить к Никону по-латыни, что царь и Собор прислали спросить его, за что он предал проклятию благочестивого государя, его супругу и чад. Слова Паисия переводил на славянский язык царский толмач Симеон. Никон повел речь уклончиво, обиняками, но Паисий настаивал: "Отвечай мне по-евангельски: да, так да; нет, так нет; проклинал ты или не проклинал царя?" Никон: "Я служу за царя молебны, а не проклинаю его на погибель". Паисий: "Как же не проклинаешь, когда привел ужасные проклятия псалма на самодержца, чтобы иной принял надзор за его царством, чтобы супруга его царица стала вдовою, чтобы законные дети их осиротели?" Тут Никон закричал на Паисия: "Вор, нехристь, собака, самоставленник, мужик! Есть ли у тебя от Вселенских патриархов ко мне грамоты? Не в первый раз тебе ездить по государствам и мутить и здесь хочешь сделать то же... Зачем ты носишь красную мантию вопреки правил?" Паисий: "Затем, что я из настоящего Иерусалима, где пролил пречистую Кровь Свою Спаситель мира, а вовсе не из твоего лжеименного Иерусалима, который не есть ни новый, ни древний, но третий, т. е. грядущего антихриста". Никон: "Зачем не говоришь со мною по-гречески, на родном своем наречии, а по-латыни, на проклятом языке язычников?" Паисий: "Но ты и сам услышишь этот язык от папы, когда придешь в Рим для оправдания себя по делам своим. Скажи мне, пожалуй, что общего между тобою и папой, от которого ты не получил ни патриаршества, ни благословения? И теперь переходишь к нему, ищешь у него суда по апелляции! Языки же не прокляты, когда в виде огненных языков сошел на апостолов Дух Утешитель. Не говорю по-гречески потому, что ты совсем не знаешь этого золотого языка, но скажу тебе на ухо шепотом по-ромейски: ты, великий законник, откуда научился облекать в иноческое одеяние безбородых мальчиков?" После Паисия заговорил было Иосиф Астраханский, но Никон ему в ответ: "Помнишь ли ты, бедный, свое обещание? Обещался ты и царя не слушать, а ныне говоришь! Разве тебе, бедному, что дали? Я ни слушать тебя, ни говорить с тобою не стану". За духовных заступились бояре, и Одоевский сказал: "Митрополита, архиепископа и архимандрита выбрали освященным Собором и о том докладывали великому государю, а ты их бесчестишь и тем наносишь многое досаждение и великому государю; Газский митрополит приехал к государю, и грамоту с ним прислал к царскому величеству Иерусалимский патриарх Паисий". К этому Газский митрополит прибавил еще от себя: "Меня ты называешь вором, собакою, самоставленником напрасно; я послан к тебе от освященного Собора с доклада великому государю; ты бесчестишь не меня, а великого государя и весь освященный Собор, и я отпишу о том Вселенским патриархам. А что называешь меня самоставленником, за это месть примешь от Бога: я поставлен от Иерусалимского патриарха Паисия, и ставленая грамота за его рукою у меня есть. Если бы ты был на своем патриаршеском престоле, я бы тебе свою ставленую грамоту показал, но теперь ты не патрирах, достоинство свое и престол самовольно оставил, а иного патриарха на Москве теперь нет, потому и грамоты от Вселенских патриархов к Московскому со мною нет". Никон снова закричал на Паисия, называл его вором и отказался говорить с ним. Паисию пришлось замолчать.
Тогда обратились к Никону Иосиф Астраханский и бояре и спрашивали его по извету Романа Боборыкина: "Для чего ты на молебнах жалованную государеву грамоту приносил, клал под крест и под образ Богородицы и велел читать ту грамоту, для чего выбирал из псалмов клятвенные слова и говорил?" Никон: "26 июля на литургии, после заамвонной молитвы, я со всем Собором служил молебен, и государеву жалованную грамоту прочитать велел, и под крест и образ Богородицы клал, но клятву произносил на обидящего, на Романа Боборыкина, а не на великого государя, за государя же на ектениях Бога молил". Иосиф и бояре: "Хотя б тебе от Боборыкина или от кого другого и была какая обида, клясть их тебе не следовало. А в государевой жалованной грамоте Романовой земли не написано; скажи правду: для чего ты ту грамоту приносил в церковь, клал под образ и на кого произносил клятвы?" Никон: "Клятву произнес я на Романа, а не на великого государя, а если вам мнится, что те клятвенные слова, выбирая, я говорил к лицу государя, будь я анафема. Приносил я в церковь государеву грамоту и велел прочитать потому, что в ней все земли Воскресенского монастыря да и та Романова вотчина записаны в Поместном приказе по государеву же указу. А за великого государя я на молебствии Бога молил и после молебствия читал над грамотою вот какую молитву". При этом Никон вынес из другой комнаты тетрадку и начал было читать по ней ту молитву, но ему заметили: "Вольно тебе показывать нам и иные молитвы - на молебне ты говорил из псалмов клятвенные слова". Никон не запирался, что такие слова из псалмов говорил, и присовокупил: "А хотя б и к лицу великого государя я говорил? Да за такие обиды я и теперь стану молиться: приложи, Господи, злославным земли". Бояре: "Как ты забыл премногую милость и почтение к тебе великого государя свыше прежних патриархов и не боишься праведного суда Божия, говоря такие непристойные речи про государя! Какие тебе от великого государя обиды?" Никон: "Он закона Божия не исполняет и в духовные дела и в святительские суды вступается, делают-де всякие дела в Монастырском приказе и служить нас заставляют". Бояре: "Царское величество, государь благочестивый, закон Божий хранит, в духовные дела и в святительские суды не вступается. Монастырский приказ учрежден при прежних государях и патриархах, а не вновь для расправы мирских обидных дел. Даточных людей и поборы с монастырских крестьян берут для избавления православных христиан от нашествия иноплеменных, а не для прибыли и корысти; издавна бывало в окрестных христианских государствах, что во время нашествия неприятелей брались даже церковные утвари на жалованье ратным людям; сам ты с своих вотчин вспоможения государю никакого не делаешь, хотя вотчины те пожаловал государь же. Неправды же всякие начал делать ты, будучи на патриаршестве, начал вступать во всякие царственные дела и в градские суды, начал писаться великим государем, посылал от себя в приказы указные памяти, и всякие дела без указа государева брал из приказов, и начал многим людям чинить обиды, отнимать вотчины, людей и крестьян беглых принимать. Великому государю о тех твоих обидах много было челобитья; ты поступал не по-архиерейски, противно преданию св. отец, за такие обиды Бог тебе не потерпел. Возгордившись пред великим государем, ты самовольно оставил свой патриаршеский престол, и, живя в монастыре, гордости своей не покинул, и делаешь такие злые дела, чего бы тебе и помыслить не годилось, и повелению великого государя и всему освященному Собору во всем противишься и делаешь все по своему нраву". Еще Никон говорил: "Мне б дождаться Собора, и я великого государя оточту от христианства, и у меня на письме уже все изготовлено". Власти и бояре отвечали: "Ты про великого государя говоришь такие непристойные речи, забыв страх Божий, и за это поразит тебя Бог", а бояре прибавили: "Нам про великого государя такие злые речи и слышать страшно, и, если б ты не был такого чина, мы б тебя за такие речи и живым не отпустили". Никон обратился к властям: "Какой у вас теперь Собор и кто приказывал вам его созывать?" Власти: "Этот Собор мы учинили по повелению великого государя ради твоего неистовства, а тебе до того Собора и дела нет, потому что достоинство свое и патриаршество оставил". Никон: "Я достоинства своего и патриаршества не оставлял". Власти и бояре уличали его письмом, которое он прислал по отречении от своей кафедры и в котором написал, что он, как пес, на свою блевотину не возвратится, и назвал себя бывшим патриархом, и примолвили: "По этому письму тебе и патриархом именоваться не годится". Никон с сердцем: "Я и теперь великому государю не патриарх". Власти: "Ты по самовольному твоему с патриаршеского престола отшествию и по нынешним неистовствам и всем нам не патриарх; достоин ты за свои неистовства ссылки и подначальства крепкого, потому что великому государю делаешь многие досады и в мире смуту". Никон с великим криком: "Явно, что вы пришли на меня, как жиды на Христа". Долго кричал он, и власти, ничего не говоря, пошли от него из кельи к себе. "Разговор, - пишет Паисий Лигарид, - продолжался много часов, и происходило великое смятение. Никон, часто потрясая палкою и стуча ею крепко по полу, волновался, гремел, один противоречил всем... Когда говорил сам, то растягивал речь и оканчивал ее, где ему хотелось, а когда другие говорили, прерывал их слова, путал и не давал кончить... Мы вышли из его кельи совершенно испуганными его дерзостию, раздражительностию и невоздержностию в речах".