Бояре, выходя от патриарха, сказали, чтобы он прислал архимандрита, наместника, попов и дьяконов и живущих у него иноземцев для допроса. "Никого не пришлю я из своих под мирской суд; берите сами, кто вам надобен". В тот же вечер приглашены были на гостиный монастырский двор, где имели помещение царские посланные, архимандрит и наместник, были допрашиваемы властями по извету Боборыкина и дали сказки, которые и отправлены были к государю. Про иноземцев, живших у Никона, архимандрит и наместник сказали, что знают из них по именам только двух: крестника его, немца Дениску Долмана, да белорусца Наливайку Ольшевского, а эти двое знают имена и прочих. На другой день утром взяты были оба эти иноземца и после допроса посажены под караул. Они показали, что у Никона живут еще иноземцы: Андрей, Александр и Михаил Лыскины - служилые, шкловский посадский человек Евстафий Глумилов, еврей Михаил с женою, Михаил да Иван Магнусовы - немцы, Павел Гиреж и Тихон Булдиский. Этот другой день был воскресный. Некоторые из прибывших с властями и боярами из Москвы пошли в церковь помолиться и там замешкались, потому что Никон, взошедши на так называемую Голгофу, произнес длинную проповедь, в которой, уподобляя себя Христу, прилагал к себе всю историю Его страданий и, между прочим, говорил: "Вот уже пришла воинская спира; явились в суд Ирод и Пилат, т. е. Родион и Никита - бояре, а с ними и Иуда предатель - Алмаз; приблизились также архиереи Анна и Каиафа - Иосиф и Паисий" и пр. Слова эти немедленно были записаны и отправлены в Москву к государю вместе с отписями бояр о всем случившемся. А между тем продолжались допросы и прочей братии монастыря, показавшие, с какою грубою дерзостию произносились Никоном слова проклятия на молебне. Вечером того же дня вокруг монастыря поставлена была стража - стрельцы, потому что Никон, по сказанию Паисия Лигарида, задумал было поскорее бежать (хотя, судя по характеру Никона, это кажется сомнительным) и уже приготовил себе самую легкую повозку, но бегство его тотчас было замечено, он был остановлен, и вокруг его кельи, как и сам он говорит, не упоминая, впрочем, о своем бегстве, поставлены были московские стрельцы с мушкетами, с протазанами да с бердышами. В 21-й день июля, когда ударили в монастырский колокол, призывавший братию на послушание вынимать из печей кирпич для строившейся церкви, и когда Никон собирался туда же идти, к нему явились думный дьяк Алмаз Иванов да архимандрит Феодосий и сказали: "Тебе б из монастыря не ходить, а сидеть в келье". И с того времени, шел ли Никон в церковь или к каменному делу для осмотра, за ним следовали десятник да десять человек стрельцов с ослопьем. В 28-й день июля все члены депутации, светские и духовные, пришли к Никону и с большим шумом говорили: "Государь царь и власти велели тебе жить в Воскресенском монастыре и, кроме кельи да церкви, никуда не ходить". А митрополит Паисий сказал, что с Собора прислана грамота, которую он, Никон, должен выслушать. "Да они все моего рукоположения, - отвечал Никон, - они пишут не от правил, а выдумали новые законы, будто могут судить своего патриарха; но такие новые законы, по первому правилу Седьмого Вселенского Собора, да будут прокляты". Последовало большое смятение, все говорили и кричали. Наконец, князь Одоевский объявил Никону: "Государь указал быть здесь голове стрелецкому с стрельцами для караула". И все вышли от Никона и отправились в Москву. А спустя неделю и стрельцы московские тайком сошли с караулов на гостиный двор да в день Преображения вместе с головою стрелецким рано утром уехали в Москву же.
Когда возвратившиеся из Воскресенского монастыря власти и бояре представлялись государю, то он, взглянув с улыбкою на Паисия, спросил: "Ну что, видел Никона?" "Поистине, - отвечал Паисий, - лучше бы мне было не видеть такого чудовища, лучше бы я хотел быть слепым и глухим, чтобы не слышать его циклопских криков и громкой болтовни". Не остался в долгу и Никон пред своим соперником. Вслед за тем как царские посланные отправились в Москву, Никон отправил к государю длинный извет, в котором особенно нападал на Паисия, жаловался на его грубость, что он не принял от патриарха благословения, как следовало бы, не приветствовал ласковым словом, убеждал государя не доверять такому самозванцу митрополиту, не имеющему законных свидетельств, и взводил на него множество и других обвинений. Но на извет Никона не обратили внимания.
Вскоре после этого посетил Никона архимандрит афонского Констамонитова монастыря Феофан. Он был родом не грек, а белорусец и потому, отправляясь в Москву за милостынею для своей обители, упросил, чтобы ему дали грамоту за печатями всех афонских монастырей в удостоверение того, что он действительно есть архимандрит одной из афонских обителей. Находясь в Москве, Феофан отпросился у государя на богомолье в Троице-Сергиев монастырь, но между тем самовольно отправился в Воскресенский, хотя иноземцам запрещено было ездить туда без позволения государева. Когда об этом узнали, Феофана подвергли допросу, и он не стал запираться, но оправдывал себя, что будто бы не знал о таком запрещении, и ссылался на пример другого какого-то архимандрита Исаакия, который ездил туда тоже без спроса у государя. О своей же поездке в Воскресенский монастырь Феофан показал, что, находясь в Москве, встретил Никонова келейника, новокрещеного Дениса, и сообщил ему, что привез к патриарху грамоту от двадцати монастырей Афонской горы и мощи священномученика Власия. Никон прислал за архимандритом телегу. Представляясь патриарху, Феофан принял у него благословение и поднес ему грамоту от афонских монастырей и святые мощи (архимандрит умолчал, что привез еще Никону, о чем свидетельствует сам Никон, изданную в Риме книжицу "Толкование на песнь "Величит душа моя Господа", где напечатано было письмо Паисия Лигарида под его мирским именем Панталеона к одному архиепископу римской веры). Никон принял архимандрита ласково, умыл ему ноги и звал его к своей трапезе. У патриарха за трапезою ели в тот день много мирских людей, человек с двести. И патриарх говорил про Паисия, митрополита Газского, как он по указу государеву приезжал к нему с боярами, что бояре у его благословения были, а Паисий не был и братского целования не учинил, за что стало патриарху гневно, и между собою учинили они прекословие, и ради гнева патриарх поступил дерзостно - назвал Паисия псом и иные досадительные слова ему сказал. "Но, - продолжал Никон, - хотя я ему такие оскорбительные слова говорил, только гнева на него не держу и, памятуя правила св. отец, не получа с ним прощения, Божественной службы чуждаюсь. А он называл меня латинником, будто я хочу идти под суд папы Римского. И то он на меня взносит, не рассудя: я-то говорил на папино лицо по такому намерению, что у нас глава нового Рима - Цареградский патриарх, и я под суд хочу идти к нему, а не к латиннику. И с того времени по сие число у меня с Паисием пря, и за очи он называет меня не патриархом, а я его - не митрополитом. А как он прежде сего именовал меня патриархом и ходил ко мне под благословение, в то время и я его митрополитом именовал и никаких досадительных и бесчестных слов ему не говаривал. А ведаю я про то подлинно, что он благословен и рукоположением посвящен в митрополиты Цареградским (Иерусалимским) патриархом Паисием". Отпуская Феофана, Никон благословил его иконою, дал ему на милостыню 20 рублей и велел отвезти его в Москву тому же своему келейнику. Если верно передал архимандрит Феофан слова Никона, то они дают невысокое понятие о Никоне. Его объяснение, будто, говоря о суде пред папою, он разумел вовсе не папу, а патриарха нового Рима, т. е. Цареградского, напоминает иезуитскую уловку известного Иоасафа Кунцевича, который, желая привлечь в унию православных полочан, сначала уверял их, что и он, как они, подчиняется Вселенскому же патриарху, разумея под этим именем в своей совести не Цареградского патриарха, а папу. И если Никон подлинно знал, что Паисий посвящен в митрополиты законною властию, то за что же называл его самоставленником, самозванцем и под.