Нектарий Иерусалимский, подписавший соборный свиток в феврале 1664 г., спустя около месяца, именно 20 марта, написал к государю грамоту еще от себя лично, и если бы эта грамота была доставлена в Москву своевременно, вскоре после возвращения туда Мелетия, то могла бы вполне удостоверить царя в подлинности соборного свитка, привезенного Мелетием. Ибо в начале своей грамоты Нектарий подробно рассказал, как приняты были в Царьграде царские грамоты, посланные с Мелетием, и как составлена была патриархами ответная грамота, или соборный свиток, и обозначил самое содержание свитка, всецело направленное к осуждению Никона. Но далее Нектарий повел уже речь в защиту Никона и писал: "Нам кажется, что Вы можете покончить дело мирным образом. Пригласите однажды и дважды кир Никона, чтобы он возвратился на свой престол, и покажите ему для точного соблюдения статьи нашего соборного свитка... Если Никон окажется преступившим эти статьи, но раскается и даст обещание следовать им, то достоин прощения... Просим Ваше величество не приклонять слуха к советам людей завистливых, особенно если такие будут духовного сана... В настоящем положении, когда наша Церковь находится под игом рабства, мы уподобляемся кораблям, потопляемым беспрестанными бурями, и в одной Вашей Русской Церкви видели как бы Ноев ковчег для спасения от потопа. А теперь кто внушил Вам отвращение от мира?.. Помыслив о сем, миролюбивейший государь, последуй кротости Давида, восприими ревность по вере православной и постарайся со тщанием вновь возвести законного патриарха Вашего на престол его... Если Никон говорит, что он не отрекался от престола, но от непокорных, то, очевидно, он обличает непокорность народа - покажите ж к нему должное повиновение, как к строителю благодати... Он не подал письменного отречения своему Собору, и Ваше величество, равно как и весь народ, не принимали этого отречения..." В заключение, однако ж. Нектарий сказал: "Если Никон по вторичному приглашению не согласится возвратиться на свой престол, то извольте поступить по правилам, указанным в нашем соборном свитке, ибо нельзя же столичному городу быть без духовного пастыря. Необходимо одно из двух: или возвратить Никона, или на его место возвести другого, только гораздо лучше было бы возвратить Никона". К сожалению, эта грамота Нектария почему-то слишком запоздала и доставлена в Москву не раньше ноября или даже декабря того года, а потому не могла уже оказать никакого влияния на ход событий . Царь Алексей, долгое время не имевший возможности убедиться совершенно в подлинности соборного свитка, привезенного Мелетием, пришел к мысли, что одних патриарших грамот недостаточно для окончания дела Никонова и непременно нужно пригласить в Москву лично самих патриархов, и решился снова отправить к ним посольство. Для этого назначены были тот же иеродиакон Мелетий и грек Стефан Юрьев, называвший себя племянником патриарха Дионисия, с несколькими светскими при них лицами. В сентябре 1664 г" они выехали из Москвы, а от 22 октября Стефан грек извещал Паисия Лигарида, что в Киев прибыли они еще 14 октября и проживают там за невозможностию двигаться далее, что Мелетий едет "с великою пышностию и гордо", открыто выдает себя за царского посла, так что все соседние места сведали, куда и зачем он едет, и с ним ехать крайне опасно, потому что все дороги заняты, чтоб его схватить. Царские посланцы, очевидно, подвигались вперед весьма медленно, и в то время, когда они еще продолжали свой путь к патриархам для приглашения их в Москву, Никон решился на отчаянный поступок, чтобы предотвратить созвание этого Собора.
В ночь с 17-го на 18-е число декабря, под неделю святых отец, часа за полпята (4 1/2) до света, к Никитским воротам города Москвы подъехало до десяти саней с сидевшими на них людьми и человек пять или шесть верховых. Они постучали в ворота, которые были заперты, и, объявив часовому стрельцу, что едет "звенигородская власть" (т. е. Савина монастыря), велели открыть ворота, и были пропущены. То же самое они объявили потом и также были пропущены у Смоленских ворот, у Троицких, у Отводной башни и быстро поехали к Успенскому собору. В соборе шла заутреня, читалась вторая кафизма. Вдруг загремели северные двери, и в церковь с шумом двинулось множество людей: впереди шли "напролом, с великим бесстрашием" люди "в служилом платье", за ними старцы, за старцами несли крест, а за крестом следовал патриарх Никон с посохом в руках. Крест поставили в церкви у Спасова образа, против патриаршего места, а Никон взошел на патриаршее место и, отдав свой посох одному из старцев, взял стоявший там посох святителя Петра. Старцы запели "Ис полла эти, деспота" и потом "Достойно есть". Никон приказал остановить чтение Псалтири, а соборному дьякону Михаилу велел говорить ектению: "Помилуй нас. Боже" - и сам с посохом святителя Петра пошел прикладываться к святым иконам, к мощам чудотворцевым и к ризе Господней. Возвратившись на патриаршее место, Никон, когда окончилась ектения, за которой поминалось и его имя, прочел молитву "Владыко многомилостиве" и послал сказать митрополиту Ионе, находившемуся в церкви, чтоб шел под благословение к патриарху. А надобно заметить, что Иона, митрополит Ростовский, был тогда блюстителем патриаршего престола после столько ненавистного Никону митрополита Крутицкого Питирима, который с 6 августа этого года сделался митрополитом Новгородским. Иона в испуге не осмелился противиться Никону и явился принять у него благословение, которое вслед за митрополитом приняли также протопоп и прочие духовные лица, бывшие в церкви, а за ними и многие из народа. Тогда Никон послал Иону вместе с своим Воскресенским архимандритом и ключарем собора к великому государю и велел известить о своем приходе. Царь, находившийся тогда также на утренней службе в церкви преподобной мученицы Евдокии, что у него на сенях, был поражен известием, какое передали ему Иона и ключарь, и тотчас же послал звать к себе думных бояр и архиереев. Весь двор внезапно осветился, и в нем происходили шум, беготня и общее смятение, как будто случилось неожиданное нашествие врагов. Но скоро собрались бояре и митрополиты: Павел Крутицкий, Паисий Газский и Феодосии Сербский (этот Феодосий еще с 1662 г. оставлен был государем в Москве для служения в Архангельском соборе и жил в Кремле у Никольских ворот в доме, принадлежавшем прежде боярину князю Борису Михайловичу Лыкову). Царь негодовал, бояре кричали, архиереи призывали Бога. И с общего совета царь приказал идти в соборную церковь митрополиту Крутицкому Павлу да боярам - князю Никите Одоевскому, князю Юрию Долгорукову, окольничему Родиону Стрешневу и думному дьяку Алмазу Иванову и говорить Никону: "Ты самовольно оставил патриаршеский престол, обещался не быть впредь патриархом, съехал жить в монастырь, и о том писано к Вселенским патриархам; зачем же ныне приехал ты в Москву и вошел в соборную церковь без ведома великого государя и без совета всего освященного Собора? Поезжай опять в свой монастырь". Никон отвечал: "Сошел я с престола, никем не гонимый, и пришел ныне на свой престол, никем не званный, чтобы великий государь кровь утолил и мир учинил; от суда же Вселенских патриархов я не бегаю, а пришел на свой престол по бывшему мне явлению, и вот возьмите письмо к великому государю". Митрополит Павел и бояре сказали, что без ведома государя принять того письма не смеют и известят о нем государя. Государь, выслушав их, приказал им в другой раз идти к Никону, повторить ему прежнее приказание, а письмо у него взять. Никон, отдавая им письмо, сказал: "Если великому государю приезд мой в Москву ненадобен, я пойду в монастырь назад, но пока от государя не будет отповеди на мое письмо, из соборной церкви не пойду". Письмо было доставлено государю и тотчас же прочитано. Сначала Никон описывал здесь будто бы бывшее ему явление: "Слыша смятение и великую молву о патриаршеском столе, как одни то, другие иное говорят, каждый что хочет и ни в чем нет истины, я в 14-й день ноября 1664 г. удалился в пустынь вне монастыря (т. е. в свой скит) на молитву и пост, да известит мне Господь Бог, чему подобает быть; молился довольно со слезами, и не было мне извещения. С 13 декабря уязвился я любовию более прежнего, приложил молитву к молитве, слезы к слезам, бдение к бдению, пост к посту и постился даже до 17 декабря, со вторника до субботы ничего не ел и не пил, не вкушал сна, лежа на ребрах, и, только утомившись, садился на один час в сутки; все труждался, и молился со слезами, и вопиял к Господу Иисусу, да явит волю Свою. И когда после многого труда сел я в церкви на месте своем, вдруг сведен был на меня малый сон, и я видел: я в соборной церкви, в ней великий свет, но из живых людей никого не видно, а стоят одни усопшие святители и священники по сторонам, где гробы митрополитов и патриархов. И какой-то святолепный муж, украшенный честною сединою, в святительских одеждах, обходит всех других святителей с хартиею и киноварницею в руках, и все подписываются. Я со страхом подошел к нему и спросил: что вы подписываете? Он отвечал: о твоем пришествии на св. престол - и по моей просьбе показал мне самую хартию. Я спросил: а ты подпишешь? Уже подписал, отвечал он. Я со вниманием посмотрел в хартию и по указанию его прочел подпись: "Смиренный Иона, Божиею милостию митрополит". Я с дерзновением пошел к своему (патриаршему) месту, и едва хотел взойти, как увидел стоящего на нем святителя в архиерейских одеждах и ужаснулся. Но он сказал мне: не ужасайся, брате, такова воля Божия; взыди на стол свой и паси словесные Христовы овцы. И вдруг сделался невидим; я же, утвердившись, взошел на свое место и думаю, что тот стоявший святитель был чудотворец Петр. Ей-ей, было так: Господь мне в том свидетель. Аминь". Нельзя не заметить, как сходно это новое видение Никона с тем, которое будто бы было ему еще в генваре 1661 г. и тоже происходило в соборной кафедральной церкви и при участии тех же святителей.