Не один Зюзин подвергся допросам вместе с лицами, которые по его указаниям так или иначе будто бы участвовали с ним в приглашении Никона в Москву и соборную церковь; то же самое происходило и с лицами, которые пропустили Никона в Москву и принимали его в соборной церкви. Еще 18 декабря допрошены были стрельцы, стоявшие на часах у ворот, чрез которые проехал Никон, сам митрополит Ростовский Иона и соборные: протопоп, два ключаря, священник, дьякон, возглашавший ектению, иеродиакон митрополита, иподьякон и один певчий - и все показали, как было дело, а иные и повинились, в чем признавали себя виновными. Более всех оказался виноватым митрополит Иона, и именно в том, что принял благословение от патриарха Никона и своим примером увлек к тому же и других. Государь, как только услышал из уст Ионы сознание в этом, сказал ему: "Ты, митрополит, поставлен блюстителем соборной церкви и знал соборное изложение всех вас, под которым есть и твоя рука, что патриарх Никон самовольно оставил свой престол и обещался на него не возвращаться и что про его самовольное отречение по изложению всего освященного Собора писано нами ко Вселенским патриархам, а до рассуждения Вселенских патриархов и до большого Собора определено сообщения с Никоном не иметь". Иона пред государем оправдывался и говорил, что совершил то забвением, устрашась его, Никона, и его внезапного пришествия. Но государь, как сам выражается, за такое "презрение Ионою изложения всего освященного Собора и за неопасное блюстительство соборной церкви" не захотел принять от Ионы благословения и велел рассмотреть дело Собору. Архиереи, бывшие тогда в Москве, Павел Крутицкий, Паисий Газский, Нектарий, архиепископ Погонеанийский, и др., собравшись 22 декабря в патриаршей крестовой палате, признали митрополита Иону виновным в том, что он, забыв свое соборное рукоподписание и будучи наместником патриаршего престола, прежде всех принял благословение от бывшего патриарха Никона и тем подал худой пример прочим церковникам. Но, желая оказать снисхождение к немощи своего собрата, предложили ему, чтобы он по обычаю, какой существует в подобных сомнительных случаях на Востоке, возложив на себя епитрахиль и омофор, очистил себя от зазора следующею клятвою: "Свидетельствуюсь Богом, что я не имел никакого согласия и совета с бывшим патриархом Никоном о пришествии его на престол, что принял от него благословение без хитрости, будучи устрашен его внезапным пришествием и одержим ужасом, и что в то время мне не пришло на ум мое соборное рукоподписание, которое сотворил я, о непринятии Никона на патриаршеский престол". Если Иона согласится, продолжали заседавшие на Соборе, очистить себя таким образом, тогда он может быть свободным от всякого зазора и нет нужды для суда над ним созывать всех архиереев, а довольно только послать к ним грамоты и спросить их мнения: достоит ли теперь Ионе оставаться наместником патриаршего престола и держать начало между архиереями в соборной церкви? До получения же ответов Иона может совершать литургию с архимандритами и священниками, но не в соборной церкви и не с архиереями. На другой день, 23 декабря, тот же освященный Собор в патриаршей крестовой палате определил, что великому государю можно, без всякого сомнения, принимать благословение от митрополита Ионы, когда он очистит себя от зазора. И в тот же день государь разослал ко всем архипастырям свои грамоты, приказывая немедленно отписать: быть ли впредь митрополиту Ионе блюстителем соборной апостольской церкви и великому государю ходить ли к нему. Ионе, под благословение? В 27-й день генваря 1665 г., когда от архиереев получены были ответы, собрались в крестовую патриаршую палату митрополиты: Павел Крутицкий, Паисий Газский, Косьма Амасийский и Феодосий Сербский - и на основании тех ответов определили: Ростовского митрополита Иону, когда он очистится от зазора, как указано в соборном постановлении 22 декабря, от наместничества престола патриаршего отлучить вовсе, от начальствования же между архиереями воспятить впредь до рассмотрения и указа всего освященного Собора, а о принятии от Ионы благословения царем государем, когда он соизволит, не может быть никакого сомнения. И 10 февраля действительно состоялся в Москве Собор, на который успели прибыть почти все русские архиереи: митрополиты Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Павел Сарский (Крутицкий) и епископы - Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Иларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Арсений Псковский - и были приглашены митрополиты: Паисий Газский и Феодосий Сербский. Этот Собор вновь допрашивал Иону, почему он принял благословение от Никона. И Иона оправдывался, просил прощения и, собственноручно переписав в соборной церкви то самое клятвенное свидетельство, или исповедание, какое было предложено ему на Соборе 22 декабря, представил теперь это свидетельство за своею подписью новому Собору. И Собор решил: "Митрополиту Ионе блюстителем соборной апостольской церкви впредь не быть, а в том его внезапном погрешении быть свободным и в соборной церкви в своей ему прежней степени сообщаться и служить невозбранно". Вспомнил Собор и принявших вслед за Ионою благословение от патриарха Никона протопопа и двух ключарей собора и отлучил их за эту вину от священнослужения, но 21 февраля протопоп Михаил и ключари Иов и Феодор били челом о помиловании, и те же архиереи ради торжественного дня рождения благоверной государыни царевны Евдокии Алексеевны разрешили им служить по-прежнему невозбранно в соборной церкви в своих степенях. Наконец, в двадцатых числах марта государь своими грамотами известил всех архиереев, что он, посоветовавшись с освященным Собором, указал: "Митрополиту Ионе быть на митрополии его в Ростове, а на Москве блюстителем соборной апостольской церкви быть Павлу митрополиту".