О внезапном пришествии Никона в соборную церковь, наделавшем столько тревог в Москве и для некоторых сопровождавшемся такими тяжкими последствиями, Алексей Михайлович поспешил известить Восточных патриархов. В грамотах патриархам, Цареградскому и Иерусалимскому, которые сохранились и писаны Паисием Лигаридом в 1665 г., без означения месяца, царь горько жаловался, что Никон в полночь, в неделю пред Рождеством Христовым без всякого стыда и с великим напыщением внезапно ворвался в соборную церковь, имея вокруг себя множество людей, и самовольно вступил на патриарший престол и начал распоряжаться; что он потом "втай и мучительски украде" посох святителя Петра и едва согласился отдать; что, отходя из соборной церкви и из Москвы, отрясал прах от ног своих и велел то же сделать своим спутникам и что от такого насильственного вторжения Никона "истинно град весь смятеся внутрь и вне", тем более что тогда явилась на небе комета, как бы предвозвещавшая свирепый приход его. Подробнее рассказать о всем этом патриархам царь обещался впоследствии, когда они или сами придут, или пришлют от себя уполномоченных на Собор в Москву. В грамоте к Иерусалимскому святителю Нектарию царь извещал также о получении его грамоты от 20 марта, написанной в защиту Никона, и высказывал, что сам же он, святитель, утвердил прежде своею рукою соборный свиток четырех патриархов, отлучающий Никона от престола, а теперь говорит иное, но голос всех четырех патриархов, без сомнения, важнее голоса одного из них, и притом младшего, и что отречение Никона было совершенное и принято всем освященным Собором, а в заключение, приглашая Нектария в Москву на Собор, просил: "Принеси достойный жребий, держа прямо вес, ниже мне, ниже ему (Никону) норовя, но прямо рассекая правды борозду".
Несомненно, что грамота Нектариева не понравилась в Москве. Это еще более видно из того, что человек, с которым Нектарий прислал свою грамоту, грек Севастос, или Севастиан Дмитриев, был взят под стражу, и у него отобрана боярами другая грамота, написанная тем же патриархом на имя Никона. В июне 1665 г. Севастиан несколько раз был призываем на суд для допросов и даже пред лицо самого государя и хотя содержался в заключении "вверху в палатах" царя, но находил возможность вести переписку с Никоном, к которому показывал величайшую преданность и уважение, за что, конечно, и страдал. Вообще видно, что греки, приходившие тогда к нам и проживавшие в Москве, как бы разделялись на две враждебные партии. Одни из них держались могущественного Паисия Лигарида и под его покровительством хотели служить царю, надеясь, конечно, получить от него богатое воздаяние в виде милостыни, таковы особенно были наперсник Паисиев иеродиакон Мелетий и грек Стефан, которые и отправлены были с грамотами по делу Никона к патриархам. Другие по зависти и ненависти к Лигариду и его сподручникам старались противодействовать им и служить Никону в чаянии для себя от него благ, когда он вновь сделается Московским патриархом. Таков был Севастиан Дмитриев, который в своих письмах к Никону прямо выражался, что благодарит Бога, сохраняющего Никона "ради прибытку и похвалы нашему роду (т. е. грекам)", или молит Бога, да сохранит Никона "в пользу многих и во хвалу нашему роду". А еще более таков был известный нам Иконийский митрополит Афанасий, который хотя сослан был в Симонов монастырь, но и оттуда вел переписку с Никоном, и выражал в своих письмах крайнюю ненависть к Лигариду и его сотрудникам и глубочайшее уважение к Никону, и говорил ему: "Опять блаженство твое будет патриарх Московский - не будет иначе". Да и те греки, которые, по-видимому, служили государю, не отличались честностью и, переводя для него письма, приносимые с Востока, иное в них опускали, иное прибавляли или искажали по своему хотению, на это жаловался государю сам патриарх Нектарий в грамоте от 20 марта, и огорченный государь по этому случаю тогда же повелел произвесть розыск . Были и такие греки, которые из одного лагеря переходили в другой, враждебный, что пришлось испытать на себе лично Лигариду. В Москве находился какой-то греческий иеродиакон Агафангел, сделавшийся известным государю с невыгодной стороны, но почему-то понравившийся Паисию. Последний неоднократно просил у государя позволения взять Агафангела к себе, и государь, хотя сначала не соглашался и предупреждал Паисия об испорченности этого иеродиакона, наконец уступил просьбе. Заняв при Лигариде должность толмача и вместе смотрителя нового дома, который царь построил для Лигарида, Мелетий определил к нему двух служителей, которых привез с собою из Селевкийского монастыря. Эти слуги чрез несколько времени обокрали Паисия и золотые, которыми наделил его царь за службу, отдали Агафангелу, а ящик с множеством денег, жемчуга и других драгоценностей захватили с собою и бежали. Немедленно царские люди с Агафангелом во главе отправлены были отыскивать беглецов и нашли их на ночлеге в Троице-Сергиевом монастыре. Агафангел велел сковать их, перевез в Москву и посадил у себя в доме под стражу, но ночью, взяв от них себе все похищенное ими, отпустил их. Тогда по приказу государя сам Агафангел был закован в цепи и доставлен в патриархию для заключения под стражу. Спустя несколько дней он успел вымолить себе позволение отправиться вновь для отыскания бежавших воров и представил за себя поручителей. Но, получив свободу, уехал тайно в Воскресенский монастырь к патриарху Никону и наговорил ему тысячу обвинений на Газского не только устно, но и письменно. Обрадованный Никон, снабдив Агафангела письмами и деньгами, спешно отправил его в Константинополь для противодействования там иеродиакону Мелетию и патрону его Лигариду. Попытка, однако ж, не удалась. Агафангел был схвачен в Киеве и, закованный, привезен в Москву.
Не прошло и месяца со времени нежданного посещения Никоном столицы, как к нему посланы были из Москвы (13 генваря 1665 г.) архимандрит Чудова монастыря Иоаким (впоследствии патриарх) да думный дьяк Дементий Башмаков. Прежде всего они объявили, что их послал великий государь со всею палатою и со всем освященным Собором сказать патриарху Никону "спаси Бог" за то, что патриарх явил правду свою, отдал смутное письмо Зюзина, не утаил его воровского дела и чтобы впредь не верил таким ссорщикам и, если будут, также объявлял их. Затем посланные передали Никону два предложения. Первое состояло в следующем: ты в селе Черневе поручил митрополиту Павлу и окольничему Стрешневу известить государя, чтобы он не посылал к патриархам, что и без них можно дело устроить, что ты согласен впредь патриархом в Москве не быть, уступить свое место другому и ни во что не вступаться, и тогда же выразил желание прислать о том письмо к великому государю. Никон принял это предложение с радостию и на другой же день, 14 генваря, в ответ на предложение написал весьма обширное письмо. Здесь он подробно изложил те условия, при которых соглашался на всегдашнее отречение от Московской кафедры и избрание на нее нового патриарха, определял свои отношения к будущему патриарху, давал обещания разрешить все, что прежде, во дни своих огорчений, от великой кручины износил на царское величество, на честный синклит и на священный Собор, также на Симеона Стрешнева, Боборыкина, Сытина и др., и пр. Все содержание этого письма по статьям чрез несколько месяцев рассмотрено Собором и тогда сделается нам известным. Излагая второе предложение Никоиу, царские посланцы говорили: все архиереи, находящиеся в Москве, митрополиты Павел Крутицкий, Паисий Газский, Косьма Амасийский, Макарий Гревенский, умоляют государя, чтобы он дозволил удостаивать исповеди и святого причастия разбойников и других подобных преступников, ежедневно схватываемых и осуждаемых на смерть. Между тем во дни твоего патриаршества по твоему совету и словесным убеждениям царь издал указ, запрещающий допускать таких людей к исповеди и святому причастию, и потому ныне царь в смущении и требует от тебя письменного изложения твоих мыслей по этому предмету как для успокоения своей совести, так и для прямого ответа архиереям, советующим противное. Никон признал это царское требование справедливым, но сказал, что для выполнения его нужно время, и обещался прислать требуемый ответ по истечении нескольких дней. В своем ответе, который действительно был прислан, Никон по-прежнему отстаивал, что преступников, осуждаемых на смерть, не должно удостаивать исповеди и святого причастия, и главным образом опирался на слова Спасителя: Не мечите бисера пред свиниями. Паисий написал против этого ответа особое сочинение, которое и посвятил митрополиту Крутицкому Павлу. Но что особенно произвело смущение - при том же своем ответе Никон изложил множество и самых тяжких обвинений на Паисия, о которых узнал от иеродиакона Агафангела. Царь был совершенно поражен, когда прочел эти обвинения, и в присутствии нескольких бояр, позвав к себе Паисия, показал ему написанное Никоном. Находчивый Паисий тотчас отвечал: "Правосуднейший государь! Если хоть одна из этих клевет подтвердится, я буду виновен во всех, а если хоть одна окажется ложною, я буду считаться и вообще оправданным. Ибо первый мой иерарх (Иерусалимский), апостол Иаков сказал: И же весь закон соблюдет, согрешит же во едином, бысть всем повинен (Иак. 2. 10)". Ответ понравился царю, и он сказал: "Теперь не время разбирать (оканчивалась Четыредесятница), а после Светлой недели Воскресения Христова произведено будет тщательное расследование по этим обвинениям на тебя". А чтобы поддержать опечалившегося Паисия, государь подарил ему в неделю ваий прекрасную митру к крайней досаде узнавшего об этом Никона, который вслед за тем еще более огорчен был известием, что Паисий в Великий четверток при умовении ног представлял собою святого апостола Петра. Когда прошло Фомине воскресение, Паисий подал челобитную, чтобы скорее рассмотрены были взведенные на него обвинения, и писал, что хотя он подлежит суду Иерусалимского патриарха, но добровольно подчиняется Собору русских святителей. Государь повелел собраться всем во дворец и с величайшим вниманием исследовать две первые и главнейшие статьи обвинения, будто Паисий неправославно верует и не содержит в целости преданий святых отцов и будто он занимается магиею и астрологиею. Явилось множество свидетелей в защиту Паисия, утверждавших, что обвинения ложны, что он совершенно в том не виноват, и свои свидетельства подкрепляли своими подписями. На другой день среди страшных тревог приведен был пред царские палаты под сильною стражею и закованный в цепи иеродиакон Агафангел и на все обличения еще с большею дерзостию повторял свои клеветы, крича на весь царский двор. Оттуда послан он был в патриархию, чтобы пред лицом Собора дал отчет во всем, что сказано и написано было им против Газского. Но и здесь упорно стоял на своем, хотя ничего не мог доказать, и потому как явный клеветник отправлен был в цепях на заключение в новый монастырь, Вознесенский. Просидевши там немалое время, Агафангел наконец раскаялся и, явившись на Собор, торжественно объявил, что все изустные и письменные обвинения его против Газского ложны. Паисий простил раскаявшегося, но прочие архиереи не согласились оставить его без церковной епитимии для вразумления других иеродиаконов.