Собор этот, разбиравший присланные Никоном обвинения на Лигарида, происходил, вероятно, спустя недолгое время после Фоминой недели 1665 г. Но другой Собор, обсуждавший письмо Никона от 14 генваря того года с изложением условий патриарха на совершенное отречение от Московской кафедры, не мог быть раньше сентября, с которого по тогдашнему счету начался уже 1666 г., ясно означенный на определении этого Собора. Настоящему письму, видно, придавали большое значение, потому что для обсуждения его по повелению государя собрались все архиереи Русской земли, кроме двух, Сибирского и Астраханского, приславших, однако ж, свои повольные грамоты. Содержание письма Собор разбил на 32 статьи и на каждую дал особое решение. Для большего удобства статьи вместе с решениями на них можно подвести под несколько общих отделов. 1) Никон говорил, что ему с 14 генваря 1665 г. не именоваться патриархом Московским и всея России, а именоваться только патриархом, не вступаться ни в какие духовные дела Московского государства, не творить ничего в Москве без совета брата его и сослужителя, нового Московского патриарха, твердо держать все предания церковные и книги, исправленные при нем с старых греческих книг, и вместе выражал желание, чтобы ему не возбраняли приходить в Москву, когда случится ради нужд, равно не возбраняли приходить и на Соборы ради духовной пользы и заседать на Соборах под настоящим патриархом, выше всех митрополитов, архиепископов и епископов. Собор изъявил согласие на все эти статьи, но прибавил: а) Никону не именовать настоящего патриарха Московского своим сослужителем, а иметь и именовать архипастырем, и начальником, и старейшиною, и повиноваться ему во всем, и без воли его не только в Москве, но и где-либо не делать ничего, как поступают и прочие архиереи; б) для прихода в Москву Никону каждый раз предварительно испрашивать разрешения от государя и благословения от патриарха, подобно всем другим архиереям, а без указа государева и благословения от патриарха в Москву не приходить; равно и на Соборы в Москву без повеления государева и благословения патриаршего не приходить; в) содержать Никону не только книги, при нем исправленные, но и те, какие и впредь с греческих книг исправлены будут, и по ним отправлять службы и поминать настоящего Московского патриарха в молитвах, как церковных, так и домашних (ст. 2, 4, 5, 23 - 26). 2) Никон желал, чтобы на пропитание его за ним оставлены были все три монастыря его строения - Новый Иерусалим, или Воскресенский, Иверский и Крестный, а также и приписные к ним монастыри со всеми их вотчинами; чтобы царь подтвердил за монастырями все эти вотчины, а церковные пустые земли вблизи и около Воскресенского монастыря пожаловал тому монастырю; чтобы еще и из доходов патриаршего дома, которые старанием его, Никона, будто бы возросли до двадцати тысяч в год, выдавалась ему часть деньгами и провизиею, как по обычаю Восточной Церкви и другим архиереям, своею волею оставившим кафедры, дается пропитание из достояния их бывших кафедр, и чтобы никому из христиан не возбраняемо было приходить к Никону благословения ради или для подаяния ему милостыни. Собор решил: а) оставить за Никоном три монастыря его строения со всеми их вотчинами, но Воскресенский монастырь отнюдь не называть Новым Иерусалимом, потому что Иерусалим на земле один - в стране Иудейской и названием Нового Иерусалима простые, неведущие люди крайне соблазняются и потому изрекают хульное слово на Никона; б) приписными же монастырями и их вотчинами впредь Никону не владеть ни в чем - довольно с него на пропитание и на все его нужды трех монастырей его строения со множеством крестьянских дворов, принадлежащих каждому из них, соляных варниц и рыбных ловлей; в) пустые церковные земли, лежащие вблизи и вокруг Воскресенского монастыря, Никону возвратить в патриарший дом по-прежнему, а не приписывать к Воскресенскому монастырю; г) уделять что-либо Никону из доходов патриаршего дома, по правилам, нельзя, да и прибыль их учинилась милостию государя, а не старанием Никона и, как видно из записных книг, ни в один год не возвышалась далее девяти тысяч; д) такого обычая, чтобы оставившему свою кафедру архиерею выдавалось пособие от его бывшей кафедры, неизвестно, а известно только, что новый архиерей по любви дает бывшему архиерею какой-либо монастырь для содержания, да и сам Никон, когда был Новгородским митрополитом, ничего не давал из своих митрополичьих доходов предместнику своему, митрополиту Аффонию, который кроме насущного хлеба в Хутынском монастыре ничего не имел; е) приходить к Никону не возбраняется никому из христиан, пока не произойдет какой-либо мятеж или соблазн (ст. 1, 6 - 12, 14, 21). 3) Никон желал, чтобы ни в монастыри его строения и приписные к ним, ни в вотчины их с их приходскими церквами и священным причтом, ни во всякие дела всех их крестьян не вступались ни Московский патриарх, ни другие архиереи, в епархиях которых находились те монастыри и вотчины; чтобы архимандритов, игуменов и вообще духовенство для тех монастырей и их вотчин посвящал сам он, Никон, или кому из других архиереев соблаговолит он иногда предоставить своею грамотою; чтобы духовенство тех монастырей и вотчин не привлекалось на суд к мирским судьям; чтобы монастыри его строения записаны были в степени и настоятели их призывались в Москву на соборные служения и другие церковные собрания и чтобы по смерти его монастыри приписаны были не к патриаршему дому, а к области царствующего града Москвы. Собор решил: а) по священным правилам, все монастыри Никонова строения должны состоять под властию тех архиереев, в области которых находятся, и Никон не должен ведать в своих монастырях и их вотчинах никаких духовных дел без согласия и дозволения тех архиереев, а должен о всяком таком духовном деле писать к ним и только по их совету и повелению действовать, иначе же отнюдь ничего не творить; б) не должен Никон сам собою и поставлять архимандритов, игуменов и вообще духовенство для своих монастырей и вотчин без дозволения тех же архиереев или должен посылать к ним своих ставленников для посвящения; в) тем же самым церковным правилам и царским законам, по которым судятся все архиереи, монастыри и духовенство в России, должен подлежать и Никон с своими монастырями и духовенством; г) когда будет в Москве новый патриарх, то соборне просить его, да напишет он по совету с великим государем в степени все три монастыря Никонова строения; д) по смерти Никона каждый из этих монастырей приписать в ту епархию, в которой он состоит, а не в архиерейские домы (ст. 13 - 18°). 4) Никон давал обещание молить Господа Бога, да простит и разрешит всех, на кого он, Никон, после отшествия своего от великой кручины и огорчения жаловался и износил суд Божий, т. е. царя, синклит и освященный Собор, и да обратится прах, который отрясал он, Никон, от ног своих, исходя из Москвы, на отмщение ее, в благословение ей, чтобы не быть ей осужденною более Содома и Гоморры; давал также обещание просить и разрешить архиереев, воздвигших на него будто бы беззаконный суд на своем Соборе, если только они покаются и будут просить прощения, равно простить и разрешить бояр, клеветавших на него или преобидевших его в вещах житейских, движимых и недвижимых, если поищут у него прощения и вознаградят его за убытки.
Собор отвечал: а) ни царское величество, ни синклит, ни архиереи ни в чем не преобидели Никона, когда он был на своей кафедре, напротив, все почитали его более прежних Русских патриархов, но сам он обещания своего не сохранил, самовольно оставил врученную ему от Бога паству без пастыря, не объявив благовременно о своем отшествии ни царю, ни Собору, и потому должен жаловаться и износить Божий суд разве только на самого себя и на свое упорство, а не проклинать неповинных в его отшествии; если бы даже его в чем и обидели, то как ученик Владыки Христа он долженствовал молиться за творящих ему обиду и как пастырь с долготерпением и незлобием переносить немощи своих пасомых и с любовию исправлять их, а не увлекаться гневом, не проклинать по страсти; б) Никон сотворил дерзость, отрясши прах от ног своих в осуждение царствующему граду Москве паче Содома и Гоморры, и такой дерзости не сотворил никто и нигде из прежде бывших святителей, хотя иные из них потерпели неповинное изгнание: святой Златоуст, двукратно изгнанный, никого не клял, а с радостию переносил свое изгнание; святитель Филипп Московский, с бесчестием и биением изгнанный от своего престола и паствы, не только не клял невинных, но благословлял самих своих врагов; Никону, получившему священство и архиерейство на благословение и на молитву о грехах людских и о благосостоянии всего правоверного царства, а не на проклятие, подобает каяться в своей дерзости и молить Бога о прощении; в) архиереям, собиравшимся в 1660 г. на Собор в Москве, не в чем каяться и просить себе прощения у Никона: они вовсе не производили суда над ним, не осудили его ни на извержение, ни на изгнание; они только исследовали достоверность его отречения от кафедры и на основании канонов положили избрать на эту кафедру нового патриарха; г) никому из бояр и других христиан не возбраняется, если кто обидел Никона словом или делом и по совести чувствует себя виновным, просить у него прощения и разрешения, как подобает христианину просить себе прощения и у всякого обиженного им собрата, но, с другой стороны, и сам Никон должен просить себе прощения у тех, кого он обидел, и возвратить им то, что взял или отнял у них (ст. 27 31). В заключение своего письма Никон сказал: "Если же иначе, вопреки Божественным канонам и союзу любви, совершится избрание нового патриарха по власти мира сего, то избранный да наречется по справедливости не патриархом, а как бы прелюбодеем и хищником, и вместо мира да будет меч Божий и разделение". Собор отвечал: новый патриарх будет избран по церковным правилам и прежним примерам благочестивым государем и священным Собором вместе, а не светскими властями, никогда в том не участвовавшими, и будет поставлен Собором русских архиереев с согласия Вселенского патриарха. А союз любви сохранится, если Никон во всем будет покорен Московскому патриарху, иметь его архипастырем и старейшиною и имя его во всех своих монастырях и церквах всегда поминать в первых за церковными службами, тогда и патриарх Московский будет любить и почитать Никона как бывшего своего собрата. Но если Никон начнет в чем-либо не покоряться ему и производить смуты и мятежи, в таком случае настоящий патриарх должен будет судить Никона по священным правилам. У всех православных христиан, находящихся под державою царского величества, едина вера и не должно быть никакого разделения - остается только всем нам и патриарху Никону молить Бога, да будет меч Божий на прекословящих и не покоряющихся святой Восточной православной Церкви, и святейшему настоящему патриарху Московскому, и всему священному Собору и да будет тот меч не на пагубу им, но на страх, на познание истины и на обращение их к святой Восточной кафолической православной Церкви. Разобранное нами соборное определение сохранилось до нас или известно нам только в черновом списке и без надлежащих подписей, но отсюда вовсе не следует, чтобы не было и белового списка, подписанного всеми присутствовавшими на Соборе архиереями и другими лицами. Странно было бы предположить, чтобы дело, для которого по воле государя собраны были все архиереи Русской земли, оставлено было неоконченным и чтобы определение Собора после надлежащего утверждения его членами не было представлено на усмотрение государя.