Между тем Паисий торжествовал и спешил воспользоваться привезенными из Царяграда грамотами для публичного оправдания себя. В декабре, 17-го числа, он подал государю обширную челобитную, или докладную записку, в 8 статьях, из которых, к сожалению, первая и начало второй не сохранились. Здесь Паисий писал: "Когда по воле Вашего величества я был у Никона с боярином князем Никитою, с Астраханским архиепископом и другими, он прямо называл меня нехристианином и язычником, а в поучении своем - Каиафою и потом прислал свой свиток, скрепленный его подписью, изрыгающий на меня великие и мерзкие хулы, из которых самые важные состояли в том, будто я еретик и волхв. Теперь пришли грамоты, свидетельствующие о мне, что я архиерей, митрополит Газский, муж, украшенный учением и премудростию, почему и поставлен как судия именный и посол апостольского Константинопольского престола. Ничто теперь уже не препятствует к очищению моей славы, к объявлению моего архиерейского достоинства, к опровержению всех на меня хулений моего противника Никона. И я прошу Ваше царское величество, да объявятся эти патриаршие грамоты, свидетельствующие о моей невинности, всему синклиту, ибо пред всем синклитом я был обесчещен по внушению лукавого дьявола Агафангела, которому одному поверил Никон... Пришельцем и блуждающим архиереем зовет меня Никон, не имеющим никаких грамот. Но и святейший патриарх Иерусалимский, приславший сюда столько грамот, никогда не писал обо мне таких неистовств и не объявлял меня пред Вашим величеством таким человеком, хотя и знает, что я не расположен к Никону. Архидиакон патриарха Досифей хотя и говорит в своем листе, что я держусь боярской стороны и составляю от имени государя грамоты, которыми будто бы способствую к окончательному падению Восточной Церкви, но почему же не написал, что я еретик и блуждающий без грамот? Иерусалимскому архидиакону следовало бы написать это обо мне, так как я от области Иерусалимской. Прошу, да будет извещен Никон на основании настоящих грамот Дионисия, что я воистину имею апостольский престол св. Филимона, единого от семидесяти. Да и сам Никон прежде признавал меня в архиерейском достоинстве, когда прислал мне свою грамоту, а потом презрел меня и не признает за архиерея, говоря, будто я не имею ставленой грамоты, а грамота у меня есть от Иерусалимского патриарха, который постриг меня в монахи, поставил потом и митрополитом во святилище св. Гроба Господня... Если же Никон назовет ложными патриаршие грамоты по внушению Афанасия Иконийского, который прежде и соборный свиток патриархов подвергал сомнению, в таком случае и конца не будет подозрениям, и всякие грамоты, привозимые к нам с Востока, придется считать сомнительными... Правда, можно бы тайно спросить самого Дионисия, не чрез того же Стефана, который привез его листы, но чрез другого вернейшего мужа во избежание всякого подозрения... Но Дионисий явственно просит и молит, чтобы впредь грамоты по этому делу к нему не были присылаемы ради тиранства от турок и опасностей от татар". Последние слова заслуживают особенного внимания. Паисий, верно, знал или догадывался, что государь думает тайно послать другое лицо к Дионисию и спросить его про грамоты, привезенные Стефаном, и не без причины старался удержать государя от этого. Далее в той же своей докладной записке Паисий Лигарид объяснял царю, что лучше не приглашать в Москву на Собор бывших патриарха Цареградского Парфения и митрополита Адрианопольского Неофита, которые жили теперь в Букаресте и к которым по приказанию царя уже приготовлены были Паисием пригласительные грамоты. Отъезд и в Москву из Букареста не остался бы незаметным для турок, а это навело бы подозрение их на тамошнего воеводу Радула. Приглашение бывшего патриарха Парфения на Собор весьма не полюбилось бы настоящему патриарху Дионисию, да и на Соборе Парфению пришлось бы сидеть и подписаться не на своем месте, потому что истинный экзарх и представитель настоящего патриарха Дионисия (т. е. сам Паисий) не уступил бы Парфению председательства. Наконец, и подсудимый Никон может не признать авторитета бывшего патриарха, равно как и бывшего митрополита Адрианопольского Неофита и других архиереев, изгнанных от своих престолов. Бесполезно было бы приглашать на Собор таких архиереев. В заключение своей докладной записки, воспомянув слова святого Симеона Богоприимца: Ныне отпущаеши раба Твоего, Владыко, Паисий писал: "Дерзаю и я, недостойный, сказать: ныне отпусти раба твоего, благочестивейший царь, прежде нежели собрался Собор Поместный, не говорю еще - Вселенский, на который ожидаются Вселенские патриархи. Поистине я пришел сюда не для прений и не для суда над Никоном, а только ради великого долга моей епархии и получил щедрую твою милостыню, половину которой украл у меня вор Агафангел... Отпусти меня, пока не съехался в царствующий град Москву Собор Вселенский, чтобы мне порадеть о душе своей. Если столько терплю еще до Собора, то что же буду терпеть после? Довольно уже, всемилостивейший государь, довольно! Не могу более служить твоей святой палате; отпусти раба твоего, отпусти. Как свободно и без зову пришел я сюда, так же вольно и свободно да отойду в свою митрополию радеть о душе моей и о людях, Богом мне врученных". Но царь, разумеется, не отпустил. С самого приезда Паисия в Москву, едва только он сделался известным государю, последний признал в нем для себя человека дорогого и незаменимого по делу Никона. По своему уму, образованию, знанию церковных канонов, находчивости Паисий скоро сделался главным советником и руководителем в этом деле и пред лицом государя, и в думе боярской, и в собраниях архиереев, а в сношениях и переписке государя с восточными иерархами - самым доверенным его лицом, как бы правою его рукою или домашним его секретарем. В то же время Паисий сумел привлечь к себе расположение государя своею ловкостию и угодливостию: представлял ему витиеватые приветствия во дни его рождения и именин и по случаю великих праздников, сообщал ему на бумаге даже политические известия о соседних государствах и тут же свои соображения и советы. За то и Паисию ни в чем не было отказа. Еще в сентябре 1662 г., спустя лишь несколько месяцев после своего прибытия в Москву, он просил для себя и для своей свиты о прибавке царского жалованья - и жалованье было увеличено. В сентябре 1665 г. снова просил о том же, а вместе и о царской милостыне для уплаты подати с его Газской епархии туркам и Иерусалимскому патриарху Нектарию за три истекшие года, всего в 1700 ефимков, и притом об отпуске этой суммы золотыми червонцами, - и эта просьба была исполнена. Паисий сделался главным ходатаем за греков, приходивших в Москву то за милостынею, то по делам торговым и нередко подвергавшихся здесь опале, и ходатайство его всегда имело силу. Царь видимо для всех дорожил этим человеком, хотя, вероятно, и знал его недостатки и слабости, о которых с такою резкостию и преувеличениями не раз доносил Никон. И Паисию, конечно, было даже приятно, когда царь не отпустил его, несмотря на его просьбу об отпуске, и тем вновь показал, как ценит его и считает для себя нужным.
В том же самом декабре месяце, когда Паисий Лигарид торжествовал в душе по случаю патриарших грамот, дававших ему такую высокую уполномоченность при решении дела о Никоне, сам Никон, ясно видя, что суда патриаршего уже не избежать, решился написать от себя грамоты к Восточным патриархам. В этих грамотах, переведенных на греческий язык и переписанных каким-то греком Димитрием Матвеевым, Никон изложил в общих чертах весь ход своего дела, стараясь представить себя во всем правым и во всем обвиняя царя, а также бояр, архиереев, в частности Питирима Крутицкого, и более всех Паисия Лигарида, причем с обычными своими преувеличениями выражался, будто Паисий выдавал себя "наместником от всех четырех патриархов" и председательствует на всех Соборах в Москве и будто царь, "аще что речет (Паисий), якоже от Божиих уст, слушает его во всем и, якоже пророка Божия, почитает его". Под конец своих грамот Никон говорил: "О сем молим пресвятость Вашу, за вся судите нас с царским величеством праведно, зане будете и Вы сами судитися в страшный день Второго пришествия Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа". Из этих грамот нам известна только одна, писанная к Цареградскому патриарху Дионисию. Передавать здесь подробно содержание ее было бы излишним - она будет читана во время суда над Никоном, и тогда мы более с нею познакомимся. Предстояло немалое затруднение Никону, как доставить свои грамоты патриархам. Он вручил их двоюродному своему племяннику, состоявшему в числе его боярских детей, Федоту Тимофееву Марисову, и послал его к находившемуся тогда в Москве запорожскому гетману Брюховецкому с просьбою, чтобы гетман взял его с собою в Малороссию и оттуда отпустил в Царьград. И когда гетман не согласился, то клирик Никонов Иван Шушерин подкупил (за 50 рублей и 50 золотых) одного из казаков, бывших при гетмане, Кирилла Давидовича, который и взял с собою Марисова, сказав, что это его племянник, приведенный в Москву прежде в числе пленных из города Львова. Скоро, однако ж, правда открылась, и в генваре 1666 г. из Москвы послан был Брюховецкому приказ схватить Марисова. И он был схвачен в черкасских городах и доставлен в Москву с порученными ему грамотами. Царь благодарил гетмана и велел произвесть расспросы Марисову и писавшему грамоты греку Димитрию Матвееву, а сам прочел грамоту Никона, адресованную к патриарху Дионисию, и даже сделал на ней свои пометки. Очень естественно, если грамота эта, наполненная страшными обвинениями против царя, произвела на него самое тяжелое впечатление.