Избрание митрополита последовало, однако ж, нескоро. Новый гетман поручил блюстителю митрополии Барановичу назначить для того удобное время и пригласить коронных епископов отнюдь не позже 1 октября. Это именно число Баранович и назначил последним сроком для съезда избирателей и приглашал в Киев к этому числу самого гетмана. Но съезд не состоялся. Действительная попытка к выбору митрополита произошла 18 октября, кажется, случайно. Гетман прибыл в Киев 13 октября собственно на погребение своей сестры, бывшей за полковником Павлом Тетерею, вместе с отцом своим и братьями, с несколькими полковниками и многими начальными людьми. Октября 17-го гетман приехал в Братский монастырь, куда епископ Лазарь Баранович пригласил на акафист и царских воевод. После акафиста отслужил он обедню и молебен, потом прочел молитвы над гетманскою булавою, саблею и бунчуком, которые пожалованы были царем Алексеем Михайловичем гетману Хмельницкому, окропил их святою водою, подал новому гетману и сказал ему речь, чтобы он служил верою и правдою великому государю. А на следующий день гетман пришел со всею своею свитою в Софийский собор для избрания митрополита. Приглашаемы были туда и царские воеводы, но они не осмелились ехать, не имея государева указа. Из духовных лиц тут были, по свидетельству воевод, епископ Лазарь Баранович, архимандриты: виленский Иосиф Тукальский и черниговский Иосиф Мещеринов (родственник гетмана Выговского), недавно прибывший из Львова и поставленный архимандритом, да наместники епископов Львовского и Перемышльского. А киевских архимандритов и игуменов, начиная с печерского архимандрита Иннокентия Гизеля, которых всего удобнее можно было пригласить, не было. Что бы это значило? Киевское духовенство, как мы видели, еще прежде заявило царским воеводам, что оно желало бы избрать на митрополию Иннокентия Гизеля, потом просить о рукоположении его Московским патриархом и состоять под властию последнего. Это желание, которого духовенство, вероятно, не скрывало и от других, вовсе не соответствовало намерениям Выговского. Он, едва сделался гетманом, начал замышлять, как бы удобнее изменить Москве и со всею Малороссиею вновь отдаться Польше, и для его цели было весьма важно, чтобы на Киевскую кафедру избран был не кто-либо из преданных Москве и желающих единения с нею, а человек, преданный Польше, который мог бы содействовать ему в его намерениях своим духовным влиянием на народ, т. е. кто-либо из духовных лиц, подданных польского короля. И вот для избрания митрополита не были приглашены главные представители киевского духовенства, и кандидатами на митрополию избирались все из коронного духовенства. Чрез три дня (21 октября) сам гетман сказывал киевским воеводам: "Мы выбирали на Киевскую митрополию Луцкого епископа Балабана или виленского архимандрита Иосифа Тукальского, а иные Львовского епископа Арсения Желиборского, но ни на ком окончательно не остановились и отложили выборы до Николина дня осеннего (6 декабря)". Об этом известил Баранович епископа Львовского Желиборского и, называя его "первым сыном Церкви", разумеется Киевской, как старейшего епископа Киевской митрополии, усердно просил его прибыть в Киев к назначенному времени, а также известил, конечно, и прочих епископов и вообще духовенство. Теперь действительно съезд избирателей состоялся. Луцкий епископ Дионисий Балабан, как писали в Москву киевские воеводы (от 3 декабря), приехал в Киев еще 1 декабря и, "не обослався" с ними, остановился в Софийском монастыре, а два другие епископа, Львовский Арсений Желиборский и Перемышльский Антоний Винницкий, вскоре ожидались. Воеводы, не зная, как им поступить в настоящем случае и выговаривать ли тем епископам, что они без государева указа и без благословения Московского патриарха избирают митрополита, просили государя прислать им свой указ. Но указ к 6 декабря и не мог поспеть, и, без сомнения, не был прислан. Сколько собралось духовенства и мирских людей на выборы митрополита, был ли в собрании сам гетман и как происходило избрание, неизвестно. Известно только, что избран был один из тех кандидатов, которые намечены были еще 18 октября в присутствии гетмана Выговского, именно Дионисий Балабан, а не тот кандидат, которого желало киевское духовенство, что Дионисий Балабан давал тогда киевскому и всему малороссийскому духовенству обещание "великому государю яко природному своему царю всякого добра хотеть" и что вскоре затем Дионисий принял от Лазаря Барановича управление митрополией и поселился в киево-софийском митрополичьем доме. Таким образом, акт избрания Киевского митрополита совершился без всякого участия московского правительства, несмотря на все радение царских воевод в Киеве, может быть действовавших только от себя лично.
Оставался впереди еще акт поставления новоизбранного митрополита, и опять началось такое же радение. В Путивле был тогда воеводою известный нам своей приверженностию к патриарху Никону боярин Никита Алексеевич Зюзин. Он находился в дружеских сношениях с Выговским, вел с ним переписку и в генваре 1658 г., между прочим, написал гетману, чтобы избранный на Киевскую митрополию Дионисий Балабан не слал за посвящением к Константинопольскому патриарху, а поехал бы гетман в Москву к патриарху Никону и сам изустно говорил ему о том. Выговский от 25 генваря отвечал Зюзину: "По письму твоему братскому пишу к новоизбранному митрополиту, чтобы он не слал за благословением к Константинопольскому патриарху до тех пор, пока Московский патриарх Никон не сошлется о том с Константинопольским". Разумеется, Выговский обманывал своего мнимого друга, как обманывал тогда и все московское правительство, между тем как Зюзин по каким-то доносам и, всего вероятнее, за свои дружеские отношения к Выговскому вскоре лишился своего места и подвергся царской опале, сколько ни ходатайствовал за него Выговский пред царем и Никоном. В том же генваре прибыл из Москвы в Малороссию по просьбе войска запорожского полномочный посол, окольничий Богдан Матвеевич Хитрово, чтобы от имени государя торжественно утвердить Выговского в сане гетмана и принять от него присягу. В первой половине февраля собралась в Переяславе генеральная рада, и на нее съехалось множество духовенства с новоизбранным митрополитом во главе, который и приводил гетмана к присяге. Хитрово, хотя вовсе не ожидавший встретить здесь нового митрополита, отнесся к нему с должным вниманием и, раздавая гетману и другим особам, светским и духовным, царские подарки соболями, поднес и Дионисию Балабану сорок соболей во сто рублей - ту самую часть, которая в Москве назначена была блюстителю митрополии епископу Лазарю Барановичу, естественно теперь не прибывшему на раду. Но наедине Хитрово заметил Дионисию, что "он, когда был избран на Киевскую митрополию, не присылал бить челом великому государю и просить благословения у патриарха Никона". На это Дионисий отвечал окольничему Хитрово: "От начала св. Крещения Киевские митрополиты один по другом принимали благословение от святейших патриархов Константинопольских, и он, Дионисий, без повеления и благословения Константинопольского патриарха не смеет принять благословение и поставиться на Киевскую митрополию от святейшего Никона патриарха". Так объяснилось, что и поставление вновь избранного Киевского митрополита совершится без всякого участия московского правительства, гражданского и духовного, и это поставление действительно будто бы совершилось вскоре за тем, 28 февраля, разумеется, с благословения Цареградского патриарха. Одного только вправе был требовать царский посол от Дионисия Балабана, чтобы он как архипастырь Киева, находящегося под властию Москвы, вполне был верен московскому государю, и Дионисий пред Хитрово "с клятвою обещался быть под великого государя рукою и всякого добра ему хотеть и на то самого Выговского под клятвою утверждал, чтобы великому государю верно служил". Но в том же феврале месяце посланник польского короля Беневский, бывший у гетмана Выговского, доносил своему государю: "От Киевского митрополита, т. е. отца Балабана, который из Луцка поступил на Киевскую митрополию, имею послание, полное надежды. Этот человек, поступив на митрополию, может принести величайшую пользу, и я надеюсь, что он будет полезен отечеству. Я убедил его занять это место, а без того он не хотел и отказывался. Я видел, что он, сделавшись митрополитом в Киеве, может содействовать нам свободнее. Вообще, он обещает в письме своем самое скорое исполнение надежды на присоединение Малороссии к Польше". Балабан, значит, думал служить двум господам: по видимости - московскому государю, а искренне - польскому королю и вместе гетману Выговскому.